Для проведения операции «Багратион» Ставка планировала задействовать войска четырех фронтов. В рамках подготовленных мероприятий Западный фронт 24 апреля 1944 года был переименован в 3-й Белорусский, а из армий его левого крыла, действовавших на могилевском направлении, сформирован 2-й Белорусский фронт. 31 мая Ставка утвердила окончательный вариант плана и в виде директивы направила его в войска.
Главная роль в предстоящем наступлении отводилась 1-му Белорусскому фронту под командованием К.К. Рокоссовского. Перед его войсками ставилась задача обрушить правый фланг немцев, разгромить жлобино-бобруйскую группировку и, введя в сражение подвижные танково-механизированные соединения, как можно стремительно продвигаться на Слуцк и Барановичи, охватывая с юга и юго-запада главные силы группы армий «Центр» в дуге восточнее Минска. Во исполнение этой задачи генерал армии Рокоссовский создал две ударные группировки. Первая должна была нанести удар севернее Рогачева, взломать оборону противника и совершить глубокий прорыв, сбросив противостоящие немецкие войска в мешок. В ее состав входили 3-я армия генерал-лейтенанта A.B. Горбатова, 48-я армия генерал-лейтенанта П.Л. Романенко и 9-й танковый корпус генерал-майора Б.С. Бахарова.
Вторая ударная группировка атаковала южнее Паричи, замыкая с юга кольцо вокруг немецких войск в районе Бобруйска и развивая наступление на Минск. Эта группировка состояла из 65-й армии под командованием генерал-лейтенанта П.И. Батова, 28-й армии под командованием генерал-лейтенанта A.A. Лучинского и 1-го гвардейского танкового корпуса, которым командовал генерал-майор М.Ф. Панов.
На плечах Рокоссовского лежала особая ответственность. Характер местности в полосе 1-го Белорусского фронта был крайне неблагоприятен, и не только немецкое, но и советское высшее командование считало крупномасштабное наступление здесь невозможным. Еще на стадии разработки плана операции Сталин и другие члены Ставки задавали Рокоссовскому вопрос: как он собирается наносить удар двумя танковыми корпусами и четырьмя общевойсковыми армиями через сплошные, непроходимые топи? Вот именно так думают немцы, отвечал командующий фронтом. Нашего удара отсюда они не ждут. Поэтому их оборона является не сплошной, а очаговой, то есть легкоуязвимой, что фактически предопределяет успех.
Как известно, Сталин дважды предлагал Рокоссовскому пересмотреть принятое решение. И был неприятно удивлен его настойчивостью. Приглядывать за излишне самоуверенным генералом Верховный направил Жукова и Булганина. Первый назначен был координировать действия 1-го и 2-го Белорусских фронтов, второй стал членом Военного совета в штабе Рокоссовского.
2-й Белорусский фронт, которым командовал генерал-полковник Г.Ф. Захаров, выполнял вспомогательные функции. Смысл удара его левого крыла на Могилев заключался в необходимости сковать силы противника и не дать ему возможности снять с этого направления войска для усиления жлобино-бобруйской группировки. Второй вспомогательный удар был запланирован правым крылом фронта на Оршу с целью оказать содействие соседям в разгроме сильной витебско-оршанской группировки немцев. Развивать наступление 2-й Белорусский мог лишь после достижения соседними фронтами решительных успехов. Поэтому войск в его составе находилось немного — 49-я, 33-я и 59-я армии. А генералу Захарову «повезло» еще больше, чем Рокоссовскому: членом Военного совета к нему Сталин назначил товарища Мехлиса Л.3.
Директивой Ставки от 31 мая 1944 года ответственная задача сокрушения левого фланга группы армий «Центр» ставилась перед 3-м Белорусским фронтом. Под стать задаче был назначен и командующий — генерал-полковник И.Д. Черняховский. Главный удар 3-му Белорусскому предстояло нанести во взаимодействии с левым крылом го Прибалтийского и правым крылом 2-го Белорусского фронтов на Витебск с целью разгрома витебско-оршанской группировки противника. Как и у Рокоссовского, для выполнения этой задачи здесь создавались две ударные группы. Первая, в составе 39-й армии под командованием генерал-лейтенанта И.И. Людникова, 5-й армии генерал-лейтенанта М.И. Крылова, 28-й, 153-й и 2-й гвардейской танковых бригад должна была совершить прорыв севернее и южнее Витебска. При этом 39-я армия совместно с войсками 1-го Прибалтийского фронта имела задачу овладеть Витебском. 5-я армия обходила город с юга и через Богушевск, Сенно, Лукомоль продвигалась к верхнему течению Березины.
Вторая ударная группа состояла из 11-й гвардейской армии генерал-лейтенанта К.Н. Галицкого, 1-й армии генерал-лейтенанта В.В. Глаголева, 120-й и 213-й танковых бригад. Ее подвижным войскам ставилась задача взять Оршу и развивать наступление вдоль Минского шоссе на Борисов. Далее в дело должны были быть введены части второго эшелона фронта: 5-я гвардейская танковая армия, 2-й гвардейский танковый Тацинский, 3-й гвардейский механизированный и 3-й гвардейский кавалерийский корпуса.