В Англии эскадра Эльфинстона пополнилась кораблем «Святослав», который из-за повреждений покинул 1-ю эскадру и 27 декабря 1769 г. прибыл в Портсмут. В ходе ремонта на «Святославе» для улучшения мореходности был снят верхний дек, и он из 80-пушечного стал 72-пушечным. Пополнил ряды эскадры Эльфинстона и еще один неудачник из 1-й эскадры — «Северный Орел».
2 апреля 1770 г. эскадра Эльфинстона в составе кораблей «Не тронь меня», «Саратов», «Святослав», «Северный Орел», обоих фрегатов и транспортов вышла в море. Однако уже через 8 дней плавания на «Северном Орле» опять открылась сильная течь, и 16 апреля он вернулся в Портсмут. Стало ясно, что больше в море на «Северном Орле» выходить нельзя, и корабль был продан с торгов в Портсмуте, а вместо него посол Чернышев купил в Лондоне 40-пушечный английский фрегат и назвал его тем же именем. 29 августа 1770 г. экипаж старого «Северного Орла» перешел на фрегат «Северный Орел» и стал дожидаться подхода 3-й Архипелагской эскадры.
В начале мая 1770 г. Эльфинстон подошел к берегам Морей и, не дождавшись указаний ни от Алексея Орлова, ни от Спиридова, высадил десантные войска в Колокифской бухте в порту Рупино и приказал им продвигаться к Миситре. Сам же Эльфинстон, услышав о близости турецкого флота, отправился отыскивать его и действительно 16 мая увидел турецкие корабли у острова Спеце. Не обращая внимания на то, что турецкий флот, состоявший из 10 кораблей, 5 фрегатов и 7 мелких судов, был втрое сильнее его эскадры, честолюбивый Эльфинстон, не дождавшись соединения со Спиридовым, бросился на турок. Турецкий адмирал, полагавший, что перед ним только авангард русского флота, за которым следуют главные силы, поспешил укрыться полстенами крепости Наполи-ди-Романия. Эскадра Эльфинстона преследовала турецкие корабли и даже вошла в зону огня турецких береговых батарей. После трехчасовой перестрелки на больших дистанциях Эльфинстон отошел. Наши корабли получили незначительные повреждения, 10 человек были убиты и ранены.
Продержавшись пять дней у входа в Навплийский залив и получив сведения, что эскадра Спиридова находится в Колокифской бухте, Эльфинстон пошел навстречу адмиралу и соединился 22 мая с ним у острова Цериго.
После ухода эскадры Эльфинстона турецкий флот поспешил выйти из Навплийского залива, и наши соединенные эскадры настигли его уже у острова Бельпуло, где Эльфинстон со своих кораблей с предельной дистанции (2–3 версты) открыл по неприятелю огонь, который был малоэффективен из-за большого рассеивания ядер и слабого их действия. Преследуемые в продолжение двух дней турки наконец скрылись из виду между островами Зея и Фермо, а наш флот зашел в залив Рафти, чтобы пополнить запасы пресной воды.
Между тем отряд Эльфинстона успел овладеть у Негропонта 4-пушечной неприятельской батареей. Действия Эльфинстона были чистейшей воды авантюрой. Используя несколько часов полного штиля, когда парусные корабли Эльфинстона были неподвижны, турки могли, применив для буксировки своих кораблей многочисленные гребные суда, окружить русских и полностью уничтожить. Только нерешительность турецкого командующего Хасан-бея спасла Эльфинстона.
Екатерина постоянно хитрила в кадровых вопросах. В результате и Спиридов, и Эльфинстон считали себя независимыми как друг от друга, так и от Алексея Орлова и обосновывали это данными им рескриптами императрицы.
У Орлова же тоже был рескрипт, но куда более весомый. В нем Екатерина приказывала всем, в том числе Спиридову и Эльфинстону, подчиняться приказам Орлова так, как если бы они исходили от самой императрицы. В подтверждение этого Орлов приказал поднять на «Трех Иерархах» кайзер-флаг.
Алексей Орлов был энергичен, хитер и жесток, но ему пристало быть скорее не военным, а администратором, поскольку он никогда не командовал ни дивизией на суше, ни ботом на море.
Орлов приказал прекратить осаду Корона. Но вместо того чтобы сосредоточить все силы у Наварина, к которому стягивались турецкие войска, Орлов решил брать крепость Модон. Однако в сражении под стенами Модона греческое ополчение при первом же натиске турок обратилось в паническое бегство. Немногочисленные русские десантники отступали организованно, но были вынуждены бросить всю артиллерию. Затем турки осадили Наварин. Орлов приказал взорвать укрепления Наварина, а войскам эвакуироваться на корабли.
11 июня все корабля русских сосредоточились у острова Милос. Командование флотом принял на себя Орлов, подняв кайзер-флаг на «Трех Иерархах».
В донесение Екатерине Орлов причиной всех неудач выставил поведение греков. Екатерина поверила или, по крайней мере, сделала вид. Она утешала Орлова: «Хотя мы и видим теперь, что Морейская экспедиция не соответствовала своими следствиями мужественному от вас предпринятому ее отверстию по причине сродной грекам трусости, легкомыслия и предательства, кои особливо под Модоном толико пакости причинили».