Следственная комиссия и военные суды продолжали действовать. Ксендзов, виновных в участии в политических демонстрациях или в произнесении провокационных проповедей, высылали на жительство во внутренние губернии империи. Из прочих участников манифестаций, наиболее виновных присуждали к каторжным работам, к отдаче в рекруты или в арестантские роты, а других — к заключению в крепостях или к аресту на гауптвахте. Уличенные в соучастии в беспорядках чиновники увольнялись с должностей, равно как и те, чьи жены и дети носили траур и участвовали в уличных процессиях. Прелат Бялобржеский, виновник закрытия боге служения в костелах, был приговорен к смертной казни, но помилован и заключен в Бобруйскую крепость на один год.
17 апреля 1862 г., в годовщину восшествия на престол и в день рождения Александра II, было объявлено помилование многим политическим преступникам, а участь прочих значительно смягчена. Многим из них разрешили вернуться в Царство Польское из ссылки, крепостей и арестантских рот. Среди прощенных было немало ксендзов, в том числе и прелат Бялобржеский. Его возвращение из Бобруйска в Варшаву представляло собой настоящее триумфальное шествие. Мужчины выпрягали лошадей из экипажа, а женщины осыпали прелата цветами. Огромная толпа набилась в храм, где Бялобржеский впервые отправлял богослужение, и приветствовала его восторженными криками.
В начале 1862 г. Лидерс разрешил в ряде городов приступить к работе городским советам (органам самоуправления), а 15 мая 1862 г. прошли выборы в городской совет и в самой Варшаве. Однако избранными оказались исключительно бунтовщики, в том числе четыре человека, недавно возвращенные по амнистии из заключения.
В конце мая 1862 г. вышел высочайший указ: «Его императорскому величеству любезнейшему брату нашему, государю великому князю Константину Николаевичу повелеваем быть наместником нашим в Царстве Польском с подчинением ему на правах главнокомандующего всех войск, в Царстве расположенных».
Следует заметить, что среди петербургских сановников великий князь Константин слыл «красным» за активную поддержку самых либеральных реформ.
Узнав об отставке Лидерса, заговорщики все же решили расправиться с ним. Наместник из принципа ездил и гулял по Варшаве без всякой охраны. 15 июня 1862 г. во время прогулки Лидерса по Саксонскому саду какой-то неизвестный выстрели в него сзади из пистолета. Пуля пробила шею и раздробила челюсть, однако Лидерсу удалось самому добраться до дворца.
20 июня в Варшаву прибыли великий князь Константин Николаевич с супругой. Великая княгиня Александра Иосифовна была беременна, но, несмотря на все предостережения, решилась сопровождать мужа.
Вице-канцлер князь A. M. Горчаков разослал циркуляр по Европе, в котором говорилось: «Приезд в Варшаву государя великого князя Константина Николаевича, отправившегося туда тотчас по получении известия о покушении, будет живым символом решимости правительства не покидать системы примирения и твердости. Он докажет, что одинокие преступления не столкнут власть с пути, почитаемого ею соответствующим потребностям края».
Однако покушение на Лидерса недолго оставалось единственным. На другой же день по приезде, 21 июня, при выходе великого князя из театра в него в упор был сделан выстрел из пистолета. Пуля, пройдя через эполет, легко ранила его в плечо. Великий князь Константин телеграфировал императору: «Спал хорошо, лихорадки нет, жена не испугана, осторожно ей сказали. Убийцу зовут Ярошинский, портной подмастерье».
Новый наместник обратился к полякам с воззванием, где он увещевал их «отречься от всякой солидарности с виновниками совершенных преступлений, зачинщиками беспорядков, сеятелями смуты, терроризирующими и позорящими страну», обещал немедленное приведение в исполнение новых законов об организации Государственного совета Царства, об учреждении учебных заведений, о переводе крестьян с барщины на оброк, о даровании прав евреям, об образовании городских и уездных советов.
В ответ триста знатных панов, съехавшихся в Варшаву, подали адрес графу Андрею Замойскому с просьбой довести содержание этого адреса до сведения великого князя. Там говорилось: «Как поляки, мы можем поддерживать правительство лишь тогда, когда оно станет правительством польским, и когда все области, составляющие нашу родину, будут соединены воедино и будут пользоваться конституцией и свободными учреждениями. В своем воззвании великий князь сам уважил и понял нашу привязанность к родине; но эта привязанность не может быть раздроблена, и если мы любим нашу родину, то всю в совокупности, в пределах, начертанных ей Богом и освященных историей».
В популярном переводе сие означает: пусть нами правит царь, если он заставит работать на нас белорусов и малороссов.