В 1959—61 годах начали появляться рукописные журналы. В Москве, например, распространялся рукописный журнал
В 1961 году бывший студент Историко-архивного института Юрий Галансков издал машинописный журнал
Возникли кружки и организации в республиках.
В 1961 году по Украине прокатилась волна арестов в связи с раскрытием во Львове якобы подпольной организации «Украинский союз рабочих и крестьян». Члены группы: Л. Лукьяненко, И. А. Кандыба, С. М. Вирун и другие — отрицали, однако, что их организация секретная. В программном документе кружка политика советского правительства в отношении Украины подвергалась критике с точки зрения ортодоксального ленинизма. Участники организации предполагали отделение Украины от СССР в качестве независимого социалистического государства на основании конституционного права на самоопределение. Руководитель группы Лукьяненко, отвергая обвинения в создании секретной организации, утверждал, что его группа является законным представителем украинского общественного мнения. Все участники группы были судимы в мае 1961 года за антисоветскую деятельность. Лукьяненко и Кандыба были приговорены к расстрелу. Позднее расстрел был заменен 15 годами лишения свободы.
Процесс Лукьяненко показал, что советские лидеры больше всего боятся движения народов за самоопределение и готовы к подавлению такого рода тенденций самым беспощадным образом.
В 1962 году были произведены аресты в Латвии по обвинению в принадлежности к подпольной антисоветской националистической организации «Балтийская Федерация». Среди арестованных был журналист Виктор Янович Калниш, выпускник Московского педагогического института. Его приговорили к 10 годам лагерей.
В 1963 году два ленинградских инженера В. Е. Ронкин и С. Хахаев написали книгу
В 1964 году была раскрыта организация в Молдавии, называвшаяся «Демократический союз социалистов». Среди арестованных были учитель Н. А. Тарнавский, И. А. Чердынцев, приговоренный к 6 годам заключения в лагере. Другой участник союза Н. Ф. Драгош, напечатавший брошюру
Власти очень нервозно реагировали на всякое проявление национальных чувств в республиках. Особенно это касалось Украины, где только в начале 50-х годов было подавлено повстанческое движение. Одним из способов борьбы против «национализма» было уничтожение национальных реликвий и архивов. 24 мая 1964 года возник пожар в библиотеке Украинской Академии наук. Согласно официальной версии причиной пожара был поджог, совершенный библиотекарем Погружальским по личным мотивам. Негласное расследование показало однако, что поджог был спланирован КГБ и его целью было уничтожение украинских культурных ценностей: среди сгоревших материалов были архивы Украинской Центральной Рады, произведения фольклора, литературы и истории. За два месяца до этого был удален и уничтожен витраж при входе в Киевский университет, установленный в память 150-летия со дня рождения Тараса Шевченко. В мае того же года был наложен официальный запрет на организацию празднеств в честь этого национального украинского поэта.
Темы поисков свободы, любви к Украине, справедливости нашли свое место в произведениях украинских поэтов Лины Костенко, Ивана Драча, Миколы Вингряновского, Виталия Коротича. Идолом украинской молодежи стал поэт Василь Симоненко (умер в 1963 году в возрасте 28 лет от рака). Симоненко как бы продолжил традицию Шевченко.
Пастернак, передавший свою рукопись за границу, разрушил табу и создал прецедент. По его стопам пошли и другие литераторы, например, писатель Тарсис, напечатавший на Западе ряд своих произведений, в которых он подверг критике и осмеянию советский образ жизни (