В августе того же 1743 года, после громкого конфликта на одном из заседаний академического собрания, Ломоносов был арестован и отправлен в караульное помещение Академии. Восемь месяцев, пока он не заболел, его содержали под стражей. В январе 1744-го выпустили из-под ареста, но приговорили к удержанию в течение года половины жалования. Если учесть, что и до этого ему почти год не платили ни копейки, можно представить, в каком тяжелом положении он оказался. Тем не менее борьбы за лабораторию Ломоносов не прекращает, снова и снова обращается к руководству, доказывает, как необходима она для развития отечественной науки. В академическом архиве хранится дело № 747 «О строении Химической лаборатории». Открывается оно бумагой, написанной рукой Ломоносова: «В Императорскую Академию наук представляет той же Академии Адъюнкт Михаила Ломоносов, а о чем, тому следуют пункты: 1. В прошлом 1742 и 1743 годах в генваре и в майе месяцах подал я в Академию наук представление двоекратно о учреждении Химической лаборатории при оной Академии, однако на те мои представления не учинено никакого решения…».
В 1748 году лаборатория была, наконец, построена (по чертежам Ломоносова) и оснащена новейшими приборами и реактивами. Она стала центром научных исследований и базой для теоретических и практических занятий студентов Академии. Это, наверное, и есть главное: в деятельности ломоносовской лаборатории были заложены принципы соединения науки и практики. Более того, она стала, в сущности, первым научно-исследовательским учреждением в России, праматерью всех русских лабораторий и научно-исследовательских институтов. Там Ломоносов с немногими помощниками работал с 1748 по 1757 год, проводил многочисленные исследования фундаментального и прикладного характера, выполнял анализы руд, солей, разработал методики получения окрашенных стекол, неорганических красителей, глазурей и сделал многое, многое еще. В 1757-м он был вынужден оставить свое любимое детище.
Лаборатория просуществовала до 1793 года, когда участок бывшего Бонова двора купил академик Николай Яковлевич Озерецковский, известный естествоиспытатель, знаменитый тем, что открыл место истока Волги. По его распоряжению в 1798-м к зданию лаборатории сделали две пристройки, каменную и деревянную. А в 1811–1812 годах дом удлинили и надстроили вторым жилым деревянным этажом. Капитальные стены при этом сохранили, но своды уничтожили, на месте очага построили лестницу на второй этаж. В XIX веке бывшая лаборатория несколько раз меняла владельцев, в советское время она превратилась в жилой дом.
В первую блокадную зиму верхний деревянный этаж разобрали на дрова. Остатки кирпичных стен первого этажа исчезли уже после войны, причем стены были разобраны не до фундамента, а только до уровня земли. Кирпичная кладка местами даже возвышалась над землей. Археологи обнаружили, что сохранился и фундамент, уходящий в землю на полтора метра, и поставили вопрос о проведении раскопок и консервации руин. Но. на месте бывшей ломоносовской лаборатории до конца 50-х годов XX века стояли дровяные сараи, потом там устроили спортплощадку. Кстати, поначалу находились скептики, которые сомневались, действительно ли эти остатки стен и фундамент — лаборатория Ломоносова. Мало ли зданий было построено и успело исчезнуть за столетия. И тут помог документ сколь уникальный, столь и неоспоримый: план Сент-Илера — аксонометрический (трехмерный) план Санкт-Петербурга 1765–1773 годов. Эта огромная карта-рисунок (масштаб невиданный: один метр в одном сантиметре; изображение Невского проспекта, к примеру, занимает на карте двадцать пять метров) хранится в архиве военно-морского флота. Получить к ней доступ трудно, ее берегут: за два с половиной столетия бумага обветшала и от лишних прикосновений может рассыпаться.