В августе 1918 г. на и без того непростую ситуацию наложилось очередное межведомственное разногласие по вопросу о юрисдикции губернских исполкомов в случае «крайних мер» чрезвычайных комиссий. Наркомат юстиции разработал проект Положения о ВЧК, содержавший пункт, которым предусматривалось утверждение смертных приговоров исполкомами Советов, однако нарком внутренних дел допускал лишь наделение исполкомов
18 сентября наркомат телеграфировал губернским и уездным исполкомам, что он настаивал на включении ЧК в качестве подотдела «с определённой автономией в действиях в отдел управления», в то время как ВЧК — на полной независимости местных ЧК от советских органов власти. НКВД получил 147 ответов (125 — от уездных исполкомов, 22 — от губернских). Преобладающее большинство высказывалось за полное подчинение ЧК исполкомам Советов, причём 99 — за включение их подотделами в отделы управления, а 19 — за включение в исполкомы в качестве самостоятельных отделов (за независимость ЧК от исполкомов — 19 ответов, 10 ответов неопределённые)[779]
.