Понимая, что атаку со стороны нескольких ведомств не выдержать, 15 ноября Ф.Э. Дзержинский и заведующий Иногородним отделом ВЧК В.В. Фомин пошли на уступки судебным органам и революционному трибуналу, внеся приказом серьёзные коррективы в деятельность местных ЧК: «Иногородним отделом получается много жалоб на действия чрезв[ычайных] комиссий, разрешающих дела, подлежащие разрешению судебных инстанций, притом комиссии выносят постановление о наказании на срок или без срока тюрьмы, какие могут исходить только от революционных трибуналов, судов и т.д. […] Чрезвычайные комиссии, являясь органом борьбы, должны применять меры наказания лишь в административном порядке, т.е. меры предупреждения тех или иных законных действий, для чего комиссии и прибегают к арестам (в административном порядке), высылкам и т.д. Незаконченные же следствием дела о незаконных действиях отдельных лиц и организаций должны передаваться в судебные инстанции, каковыми являются революционные трибуналы, народные суды и пр. на предмет осуждения виновных, но ни в коем случае комиссии не должны брать на себя функции этих судов»
[818]. В этой изощрённой формулировке закладывался тот принцип, который составит одну из важных аппаратных составляющих репрессий: в тех случаях, когда обвиняемые становятся заведомо неинтересны компетентным органам, дела подлежат передаче в судебные инстанции. Если ЧК не желает закончить следствие по делу, она может решить его не в административном порядке, а в судебном. Ф.Э. Дзержинский и В.В. Фомин издали приказ вовремя: аккурат в середине ноября 1918 г. на всероссийскую конференцию собрались председатели революционных трибуналов, которые отметили многочисленные факты самочинного определения ЧК подсудности дел трибуналам, изъятия чекистами дел из трибунальского делопроизводства и пересмотра уже вынесенных постановлений (!) трибуналов и судов, параллелизм в работе двух органов. Конференция констатировала, что ЧК присвоила себе принадлежавшее исключительно судебным органам право наложения наказаний в виде лишения свободы на определённый срок, подчеркнула в резолюции необходимость разработки Положения о правах и полномочиях ЧК[819].