И все же враг, который, казалось бы, был изгнан, вновь появился под другой личиной. Это были обращенные в веру. Действительно ли они обратились к христианству? Можно предположить, что многие насильно крещеные евреи, втайне исполняли обряды прежней веры, то есть вновь впадали в ересь, или же, приобщившись к новой вере, оставались приверженными традиционной кухне, не ели свинины и т. п. Их начинали подозревать в ереси. Враг был тем более опасен, чем меньше он был заметен внешне. Перед этой надвигающейся опасностью Изабелла и Фердинанд добиваются от папы издания буллы 1478 г., учреждающей Инквизицию, которая заработала два года спустя в Севилье. Ее главой для всей Испании был назначен в 1483 г. Торквемада, ревностный и непреклонный доминиканец, иудо-христианин. Несмотря на призывы из Рима к умеренности, трибуналы веры работали с таким рвением, что терроризировали население. Во время семилетней чистки 1480–1487 гг. 5000 севильских обращенных евреев, обвиненных в возврате в прежнюю веру, были «примирены» с церковью, понеся обычные наказания и унижения. 700 еретиков были сожжены на кострах. До Толедо очередь дошла в 1486 г. За четыре года здесь было 4850 примирений и 200 казней. В Арагоне жестокость инквизиции, в частности в Валенсии и Теруэле, Сарагосе, вызвала враждебное отношение к новому трибуналу со стороны населения. В общей сложности Торквемада подверг, казни на костре около 2000 человек, в основном обращенных евреев. После декрета 1492 г. о высылке евреев они бежали в Португалию, где, в свою очередь, подобный указ был принят в 1497 г. Тогда-то и произошли события, о которых речь шла выше: людей волоком тащили к купелям для принятия крещения. Конечно, такие крещенные при первой же возможности возвращались в прежнюю веру. Португалия добивается от папы разрешения на создание своей Инквизиции, которая начала работать в 1536 г. С ноября 1538 г. по апрель 1609 г. она насчитывала уже 105 аутодафе. Португальские марраны тогда бежали в Италию, в Анкону, куда им был разрешен въезд Павлом III. Но наступило правление Павла IV и в 1556 г. Инквизиция обрушилась на Анкону. 22 мужчины и одна женщина были сожжены как повторно впавшие в ересь, 27 были "примирены с церковью". 30 обвиняемых, скрывшись, избежали процесса. Бесконечные преследования на Западе привели к тому, что в XVI в. евреи стали искать прибежище в Османской империи и в Польше, которая была для них открыта до "великого потопа" 1648 г.
В истории европейского антииудаизма можно выделить две фазы и две ментальности. Вначале крещение рассматривалось как средство очищения для обращенного в веру от всех пороков народа-богоубийцы. Впоследствии эта добродетель крещения была подвергнута сомнению и на практике стало считаться, что еврей христианин неотъемлем от израильского греховодного наследия. К этому времени антииудаизм, оставаясь в сфере богословия, становится радикальным. Враждебность к крещеным евреям можно подтвердить следующими цифрами: в Валенсии во время бесчинств 1391 г, семь, а может быть, и одиннадцать тысяч евреев приняли крещение во избежание смерти. Феррье приписывают крещение 35 000 евреев и 8000 мусульман. Трудно выразить цифрами другие формы отречения, которые имели место в Испании в тот же период. Наконец, декрет 1492 г. о высылке евреев повлек за собой крещение 50 000 человек и бегство 185 000, из которых в пути погибло 20 000. Крещеные евреи, как и их некрещеные предшественники, селились в основном в городах, численность которых вновь стала критерием того «порога», который прежде способствовал зарождению испанского антииудаизма. Кстати, обращенные в веру евреи, в силу свобод, полученных в результате крещения, продолжали занимать такое же высокое положение в обществе, как и до крещения. На этот раз они превысили уровень благополучия, став советниками, финансистами, сборщиками налогов, сочетались браком с представителями старых христианских семей, а самые усердные вскоре вошли в высшее духовенство и заняли важные должности в религиозных орденах, оставаясь между тем убежденными, что всякое обращение является по сути чистой формальностью. Так, отречение открыло крещеным евреям новые возможности в достижении блестящей карьеры, на что они не могли рассчитывать раньше. Чувством обделенности и зависти старых христиан, к которому примешивалась застарелая враждебность к евреям — сборщикам налогов, можно объяснить первое испанское восстание против крещеных евреев в Толедо 1449 г. Впервые в Испании муниципальные власти, опираясь на "закон пушек и гражданские законы", учитывая все преступления и ереси крещеных евреев, постановляют, что отныне евреи недостойны занимать ответственные должности, частные и общественные, в Толедо и окружающих землях. Так появился в Испании первый документ статуса чистоты крови.