Один из заговорщиков, Фрэнсис Трокмортон, был схвачен властями и сознался в подготовке восстания в случае десанта войск герцога Гиза. Его арест заставил болтунов подумать о собственной безопасности, и Нортумберленд уговорил лорда Паджета бежать из Англии. С его удалением Перси считал себя в полной безопасности, но в один не слишком прекрасный день он, к своему удивлению, очутился в Кровавой башне под надзором сэра Оуэна Гоптона, и тут узнал, что его друг Шелли не только находится в соседней комнате, но и дал уже под пыткой показания. Роль Нортумберленда в заговоре остается неясной; возможно, Шелли рассказал мучителям не только то, что знал, но даже более того. По его словам, Чарльз Паджет привез Перси известие о том, что Папа провозгласил крестовый поход против Елизаветы, что герцог Гиз намерен ввести в Англию иностранные войска, что церковь рассчитывает на содействие католических баронов и, наконец, что Перси выслушал эти новости с одобрением. Между тем сам Паджет в частном письме к Марии Стюарт оценивал участие Нортумберленда в их делах гораздо более скромным образом.
Во всяком случае, Елизавета не торопилась привлекать сэра Генри к суду. Прошел целый год, а он все еще был пленником, ожидавшим приговора суда пэров. Однако открытому расследованию так и не суждено было состояться.
Воскресным утром 21 июня 1585 года наместник Гоптон получил приказ арестовать троих слуг графа и оставить при узнике только подателя данного распоряжения, некоего Томаса Бэльифа. Наместник повиновался.
Когда наступило время ужина, Нортумберленду прислуживал уже один Бэльиф. В десятом часу вечера граф лег спать. Около полуночи тюремщик, находившийся в передней, услыхал громкий крик Бэльифа и позвал стражу; затем сочли нужным разбудить самого наместника. Гоптон вскоре явился и обнаружил графа мертвым в собственной постели: он лежал в нижнем белье под одеялом, и ничто не указывало на какие-либо признаки борьбы или насильственной смерти. Однако, приподняв одеяло, Гоптон увидел, что постель полна крови, а на теле графа под левой грудью зияет рана, похожая на колотую. Оставив Бэльифа при трупе, наместник вышел, запер комнату на ключ и написал рапорт о смерти узника, указав, что она последовала от удара ножом. Но когда Гоптон вернулся в комнату, Бэльиф обратил его внимание на лежавший на полу пистолет. Наместнику показалось странным, что при первом осмотре он его не заметил.
Дело поручили расследовать лорду Совета сэру Кристоферу Гаттону. Вывод следственной комиссии гласил: граф Нортумберленд, удрученный показаниями Шелли, решился на самоубийство, боясь суда, позорной участи изменника и разорения семьи вследствие конфискации поместий. Однако это не совсем согласовывалось с тем, что видели первые свидетели, заглянувшие в комнату графа. Может ли человек сам зарезаться, потом поправить простыни и привести постель в безукоризненный вид? Да, но ведь он мог спокойно лечь в постель и застрелиться – этим аргументом Гаттон и объяснял происшествие, которое сильно взбудоражило Лондон. Тысячи голосов обвиняли королевский Совет в убийстве, и правительство всеми силами старалось потушить общественный интерес к этому делу. Рапорту Гоптона, в котором упоминался нож, не дали хода. В Совете был зачитан длинный доклад о преступлениях графа и его самоубийстве. Затем выпустили в свет памфлет, где приводилось свидетельство слуг Нортумберленда о том, что он замышлял самоубийство. Один из них вроде бы признался, что найденный на полу пистолет принадлежал его господину и что он куплен у Эндрю Мулана, оружейного мастера в Ист-Смитфилде; другой слуга сознался, что привез пистолет в Тауэр и что граф прятал его в камине, но потом, боясь, чтобы он не испортился, засунул его под матрас. Бэльиф всюду рассказывал, что граф, поужинав и отослав его из комнаты, запер дверь на задвижку; затем все было тихо до полуночи, когда вдруг раздался сильный грохот, и т. д.
Несмотря на эти показания, мало кто верил в самоубийство Нортумберленда. Много лет спустя это происшествие называли политическим убийством, и это мнение высказывали люди, которым были хорошо известны тайны двора, – государственный секретарь Роберт Сесил и фаворит королевы Уолтер Рэйли.