Здоровье Рэйли постепенно расстроилось. Человек, привыкший к деятельной жизни на корабле и в седле, годами жил и спал в каменной комнатушке, где воздух был сперт и никогда не топился камин. Рэйли превратился в тень того красавца, который некогда блистал при дворе. Холодными зимами его тело коченело, одна рука потеряла всякую способность двигаться, на другой вспухли вены. Описывая свои страдания в письме к Сесилу, Рэйли с горечью прибавлял: «Я не жалуюсь, я знаю, что это было бы напрасно». Доктор Питер Турнер, осмотрев больного, нашел, что левая сторона его тела совершенно отнялась, пальцы на левой руке сведены, а язык почти не ворочается. Он рекомендовал перевести страдальца в более теплое помещение. Умирающему герою было оказано снисхождение. Его поселили в Садовый дом, где Рэйли суждено было провести благороднейшие годы его жизни.
Он оправился от болезни и всецело отдался науке. В надежде найти универсальное средство от человеческих недугов, дни напролет, год за годом, он сидел в лаборатории, вопрошая природу о ее тайнах. Во время этих опытов он изобрел так называемую «Великую микстуру Рэйли», пользовавшуюся огромным спросом и доверием. Лекарство состояло из смеси мускуса, оленьего рога, безоардова камня, мяты, горечавки, мушкатного цвета, алоэ, сахара, шафрана, спирта и еще двадцати других ингредиентов. Это средство было в ходу у сквайров, барынь, лордов и королей. Искуснейшие Доктора пытались объяснить и улучшить действие микстуры. Французский медик Лефевр по приказанию своего короля написал целую книгу о ее целебных свойствах. Жена Якова, королева Анна, была убеждена, что обязана ей своей жизнью, а ее сын Карл I и внук Карл II не принимали никакого другого лекарства. «Великая микстура Рэйлй» применялась еще и в XIX веке.
С другой стороны, из-за этих занятий на Рэйли стали коситься как на колдуна и безбожника. Поговаривали, что в его комнате, уставленной колбами и ретортами, «обитали все духи, кроме Духа Божьего». Но люди науки приходили сюда учиться, а горожане – за медицинскими советами. Пожелай только, и Рэйли имел бы широчайшую практику как доктор.
Тем временем его жена обивала порог королевской приемной. Силы и надежды покидали ее, и она уже упрекала мужа за то, что, изобретая столько лекарственных и прочих средств, он не изобрел ни одного способа выйти на свободу. Однажды, держа за руки обоих сыновей, она вошла в его комнату, когда он сидел за столом, склонившись над рукописью, и гневно спросила, как он может так жестоко обращаться с женой и детьми, губя свою жизнь в этой комнате за книгами и склянками? Наверное, это была самая тяжелая минута в жизни узника.
Проходили годы. Король обирал Рэйли, отнимая поместье за поместьем. Наконец у него остался только один Шернборнский замок, но Яков вознамерился отобрать и его. Леди Рэйли бросилась к его ногам, прося не отнимать последний хлеб у ее детей. Король грубо прервал ее: «Сударыня, этот замок нужен мне для другого человека» (король хотел подарить Шернборн своему любимцу, Роберту Карру). Тогда леди Рэйли подняла руку и призвала Божью кару на человека, грабившего детей, оставшихся без отца. При помощи друзей Рэйли удалось все-таки защитить свое последнее достояние, но после его смерти Шернборнский замок был отнят у его наследников.
Садовый дом между тем стал не только державным двором английской науки, куда стекались ученейшие люди. Принц Генри приезжал сюда из Уайтхолла послушать знаменитого воина и ученого. Более того, он вместе со своей сестрой, принцессой Елизаветой, доверил ему руководство своей семейной жизнью. Для принца Генри Рэйли написал «Рассуждение о браке между принцем Генри Английским и дочерью Савойского дома», а для принцессы Елизаветы – «Рассуждение о браке между принцессой Елизаветой и принцем Пьемонтским», где отговаривал королевских детей от этих предполагавшихся браков, чем снова вызвал на себя гнев Филиппа III, родственника отвергнутых жениха и невесты. Казалось, что Рэйли основал второе правительство в Тауэре.
Впрочем, с юным принцем он больше беседовал о море и кораблях. Однажды, выйдя от Рэйли после нескольких часов беседы, принц Генри воскликнул:
– Никто, кроме моего отца, не держал в клетке такой птицы!
К сожалению, Генри умер в молодости, не то судьба Рэйли, быть может, сложилась бы иначе.
На одиннадцатом году своего заточения Рэйли окончил первую часть «Всемирной истории» – труда, не имевшего в Англии предшественников, зато породившего сотни последователей (закончить вторую часть ему не позволила смерть). Он также написал «Рассуждение об изобретении кораблей», где на двести лет предвосхитил принципы военного кораблестроения, и «Замечания о морской службе».