Вскоре после прихода большевиков к власти Бонч-Бруевич посоветовал Ленину осуществить национализации частных банков, и непосредственно провёл процесс этой национализации в Петрограде и в Москве. Благодаря этому в распоряжение только что созданного советского государства перешли необходимые для его функционирования денежные средства.
Как уже отмечалось в предыдущей главе Бонч - Бруевич сыграл ключевую роль в разгоне Учредительного собрания, угрожавшего власти большевиков. Причем знаменитый матрос - анархист Анатолий Железняков (Железняк), закрывший Учредительное собрание был за несколько месяцев до этого найден и подготовлен к этой исторической роли непосредственно самим В. Д. Бонч - Бруевичем, о чём он позже упомянул в своей книге "На боевых постах Февральской и Октябрьской революций", вышедшей в свет в 1930 году в Москве.
Когда немцы начали широкое наступление на Петроград, Бонч - Бруевич был назначен членом Комитета революционной обороны Петрограда. И тогда же он вместе с братом Михаилом, бывшим генерал - лейтенантом царской армии доказал Ленину, необходимость в связи германской угрозой Петрограду перенести столицу в Москву.
Руководить организацией переезда Советского правительства в Москву Ленин поручил опять таки В. Д. Бонч - Бруевичу. Он считал, что никто лучше него не справится с этой задачей. Да, в общем - то, тогда Ленин считал, что кроме него, никто другой вообще не справится с этой задачей!
В Москве важных дел у Бонч-Бруевича тоже хватало. Он руководил операцией по разгрому анархистких вооруженных отрядов в апреле 1918, он же непосредственно руководил подавлением восстания левых эсеров в Москве и затем расследованием дела об убийстве германского посла Мирбаха левыми эсерами перед началом этого восстания.
Во время восстания левых эсеров, организованного по приказу европейских банкиров не только левыми эсерами, но и такими их агентами влияния в большевистком руководстве, как Свердлов, Троцкий, Бухарин и ряд других, только хладнокровие и организаторские способности Бонч - Бруевича спасли Ленина не только от потери власти, но и возможно саму его жизнь.
Готовя восстание левых эсеров в Москве, Свердлов в очередной раз прикрылся Троцким. И это прикрытие сработало. Так, за полтора месяца до левоэсеровского мятежа резидент германской военной разведки в Москве - майор Хенинг, действовавший в качестве сотрудника германского посольства, сообщал 24 мая 1918,. в Берлин следующее: "Антанта, как это теперь совершенно очевидно, сумела склонить часть большевистского руководства к сотрудничеству с эсерами. Так, прежде всего Троцкого можно считать не большевиком, а скорее эсером на службе у Антанты". (В. Л. Исраэлян "Неоправдавшийся прогноз Мирбаха" // журнал "Новая и новейшая история" - 1967 - ╧ 6 - с. 63.)
Как и было запланировано заговорщиками, 6 июля 1918 года сотрудник центрального аппарата ВЧК - бывший начальник контрразведывательного отдела ВЧК Яков Блюмкин убил германского посла Мирбаха, что стало сигналом к началу левоэсеровского мятежа. Его главной ударной силой стал Особый отряд ВЧК, которым командовал левый эсер Попов. Этим отрядом в первые часы восстания 6 июля 1918, были захвачены здания ВЧК и Центрального телеграфа.
Вот что об этом позже вспоминал сам Бонч - Бруевич: ""В это время примчался на автомобиле один из товарищей, работавших в ВЧК, и сообщил, что конный полк ВЧК восстал. "Как, - воскликнул возмущенный Дзержинский, - этого не может быть, это ерунда. Я сейчас же поеду туда и разберусь в чем дело". "Ни в коем случае вам туда ехать не надо, - сказал я Дзержинскому, - вы только испортите дело!" Но Свердлов присоединился к мнению Дзержинского, говоря, что это все пустяки, что стоит Феликсу приехать и все будет в порядке. Дзержинский негодовал: "Нет, я поеду к ним во чтобы то ни стало". "Конечно, - поддерживал его Свердлов". Далее Бонч-Бруевич описывает роль Свердлова в происходящем следующим образом: "Видя, что никакие уговоры не помогают, я решился на последнее средство. Я отозвал Ленина и обратил его внимание, что разговор идет совсем не в деловых тонах, что кончится это все весьма печально. Что Дзержинский там будет арестован и положение еще больше осложнится".
После этого между Лениным и Бонч - Бруевичем происходит следующий диалог:
"Ленин: - Но что делать? Видите, как они настаивают?
Бонч - Бруевич: - Это от излишнего возбуждения.
Ленин: - Я им говорил. Но они оба члены ЦК и их мнения самостоятельны.
Бонч - Бруевич: - Да, но здесь не заседание ЦК, здесь не голосование, а лишь мнения отдельных товарищей, и вас они, конечно, послушают
Ленин: - Вряд ли.
Бонч - Бруевич: - Но они члены правительства и своим необдуманным поступком могут поставить правительство в критически тяжелое положение".
Затем Бонч - Бруевич предложил Ленину следующий план подавления мятежа: "Надо немедленно двинуть войска. Надо окружить восставших и предложить им сдаться. Если не согласятся открыть по ним артиллерийский огонь и расстрелять их всех. Одновременно занять войсками центральный телефон и телеграф, и вокзалы".