По окончании курса в духовной академии, отец Николай был посвящен в сан иеромонаха и отправлен в Японию, на службу при русском консульстве, которое пребывало тогда в Хакодате, главном городе острова Матсмая (Иессо или Эзо). В этом же городе проживал со своим семейством жрец главной городской синтоской миа, Савабе-сан, человек старого дворянского рода, пользовавшийся по своему уму и родовитости большим почетом и влиянием в своей местности и получавший значительные доходы от их богоугодных приношений. Жизнь его была исполнена довольства и счастья: семья его радовала, молодая красивая жена любила его всею душой, шестилетний сын подавал большие надежды по своим способностям и уже отлично учился грамоте. Савабе-сан был знаком с нашим консулом И. А. Гошкевичем и посещал его довольно часто, причем встречался с ним и отец Николай, но, видя постоянно холодный взгляд и гордые манеры этого японца, не искал с ним сближения: а тот, как жрец национального культа Ками, считал себя вправе относиться свысока к представителям всех остальных "заблуждающихся" религий. Но вот однажды Савабе вздумал сам вступить с отцом Николаем в разговор с нарочною целью выказать свое презрение и ненависть к христианской вере. Отец Николай спокойно принял этот вызов и еще спокойнее отвечал на все резкие замечания и насмешливые возражения своего противника, разъясняя ему основы христианского учения. Первая беседа их была довольно продолжительна, и чем дольше она длилась, тем серьезнее и задумчивее становился языческий жрец и, к удивлению отца Николая, обратился наконец к нему с просьбой продолжить и на другой день эту беседу. В следующий раз он был уже тих и мягок, видимо заинтересовавшись такими сторонами нового для него учения, каких он и не подозревал дотоле. Взяв кисть и бумагу, Савабе тщательно записывал себе все, что говорил ему отец Николай, избравший предметом второй беседы историю Ветхого Завета. Дальнейшие беседы следовали у них изо дня в день, причем Савабе все менее и менее делал возражений и все более записывал для себя заметки. Так тянулось у них это дело несколько месяцев. Перед отцом Николаем воочию совершался процесс перерождения человека к новой жизни, а в то же время начинался для этого перерождаемого и другой процесс самых тяжких испытаний. Замечательно, что как только Савабе без предубеждения и злобы стал прилежнее вникать в истину и дух христианского учения, на него одна за другою посыпались всяческие беды. Началось с того, что жена его стала обнаруживать признаки помешательства и вскоре затем сошла с ума безнадежно. В то же время и народ от него отшатнулся: прихожане начали укорять его в небрежном исполнении своих жреческих обязанностей, и в городе заговорили, что он предался врагам Японии, христианам. Не было той клеветы, какую на него не возводили бы за это время: друзья от него окончательно отвернулись, доходы от миа сильно уменьшились, началась нужда, а затем вскоре сумасшедшая жена, играя огнем, сожгла ему дом. Но он все это переносил хладнокровно и скорбел лишь о том, что, познав грубые заблуждения язычества, все еще вынужден оставаться жрецом и совершать все требы своего культа, так как в этом заключался единственный источник существования его семьи: отказаться от него значило пустить ее по миру. Он не мог даже, несмотря на свое пламенное желание, принять крещение, так как после этого ему уже нельзя было бы остаться в жреческом звании. Синотский культ допускает наследственность жреческих должностей: поэтому Савабе решился наконец сдать место своему семилетнему сыну, ради того, чтоб вся семья его могла оставаться на иждивении их миа, а сам принял крещение и отдался уже всецело на служение вере Христовой. Тут его посетило новое испытание: чтобы избавиться от преследования местных властей, он должен был, вместе с двумя обращенными им сотоварищами, переселиться временно на Ниппон, где был схвачен и посажен в тюрьму. В то время там кипела междоусобная война (в 1869 году), и Савабе был принят за шпиона противной стороны, но когда недоразумение это разъяснилось и ему удалось возвратиться в Хакодате, здесь над его семьей разразилась новая беда: новый дом, только что отстроенный синтоскими прихожанами для его жреца-сына, сгорел со всем имуществом в пожаре, причиненным артиллерийским огнем во время междоусобного сражения на Хакодатском рейде между приверженцами сегуна и сторонниками микадо. Пришлось ему с семьей поселиться в тесной и темной кладовой близ миа, но 9 октября 1871 года новый пожар в городе истребил и это помещение, причем несчастная семья едва успела выбежать в чем была, — все остальное достояние ее сделалось жертвой пламени. В буквально нищенском состоянии Савабе должен был скитаться по городу, пока наконец не нашел себе в отдельном предместье, на самой окраине города, опустелую, полуразрушенную хижину, где все его семейство разом получило сильнейшую простуду и ревматизм. "Я вижу, — писал о нем в то время отец Николай из Японии в Россию, — я вижу, как он страдает за участь своего сына. Исполненный ревности о Христе, напоминающей ревность апостола Павла, высокое имя которого носит, посвятивший себя безраздельно на дело призыва ко Христу других людей, он в то же время, гнетомый неисходною бедностью, находит себя вынужденным ради родного сына своего оставить его служителем языческих богов. Какое стечение обстоятельств!.. Но что я могу сделать? Оказать единовременную помощь, но это ли нужно? Что будет, если я заставлю Савабе за сына отречься от кумирни и, пропитав несколько времени всех, окажусь потом не в состоянии исполнить свое слово и оставлю семейство, как на зло состоящее из старых, малых и больных, буквально умирать голодною смертью?.. Люди за свои полезные труды получают чины, кресты, деньги, почет. Бедный Савабе трудится для Христа так, как редкие в мире трудятся. Он весь предан своему труду, весь в своем труде, и что его труды не тщетны, свидетельствуют десятки привлеченным им ко Христу. И что же он получает за свои труды? Тяжкое бремя скорбей, до того тяжкое, что редкий в мире не согнулся бы или не сломился бы под этою тяжестью! Высочайшею наградой для себя он счел бы, если бы кто выкупил его сына у языческих богов и отдал ему для посвящения Христу. Какая законная награда и какое утешение было бы труженику, которого, кроме других скорбей, постоянно гнетет мысль, что, призывая чужих ко Христу, он оставляет родное детище вдали от Него заражаться тлетворным воздухом кумирни!"