Процесс был очень неприятен и для Ферми, и для всех ученых Лос-Аламосской лаборатории. Теллер резко выступил против Оппенгеймера, а остальные пытались хранить нейтралитет, хотя на самом деле большинство поддерживало ученого и также осознавало опасность ядерного оружия. В итоге был вынесен вердикт, согласно которому Оппенгеймер угрожал безопасности США, и ученый был освобожден от всех занимаемых должностей. Ферми и другие коллеги выступили против этого решения: они считали Оппенгеймера свободным мыслителем, а не опасным коммунистом. Но таковы были общественные настроения и политическая обстановка в Штатах в тот период: даже Ферми с его безупречным поведением в свое время вызвал подозрение из-за итальянского происхождения. Ферми вернулся к сотрудничеству с Сегре и изучению взаимодействий между пионами и нуклонами. Он создал новый Брукхевенский космотрон, то есть синхротрон, ускоряющий частицы до очень высоких энергий, превышающих два миллиарда эВ, а Сегре продолжил заниматься протонами. При помощи беватрона, запущенного в Беркли в 1954 году, Сегре вместе с Оуэном Чемберленом в 1955 году открыли антипротон, за что в 1959 году были удостоены Нобелевской премии по физике.
Летом 1954 года Ферми приехал в Италию на открытие Международной школы физики в Варение, рядом с озером Комо, которая сейчас носит его имя. На своих последних лекциях он рассказал о главных достижениях физики элементарных частиц, обратив особое внимание на важность изучения взаимодействия пионов и нуклонов в ускорителях и на использование компьютеров для решения физических задач. Конверси и Сальвини, работавшие тогда в Пизанском университете, прислушались к словам Ферми и вскоре создали один из первых электронных калькуляторов в Италии. Во время этого путешествия ученый почувствовал недомогание, а по возвращении в Чикаго ему поставили диагноз: рак желудка в неоперабельной стадии. Последние дни Ферми посвятил работе над книгой по ядерной физике, проводил время вместе с Лаурой, семьей и самыми близкими друзьями. Умер Энрико Ферми 28 ноября 1954 года, пополнив список ученых-пионеров, исследовавших радиоактивность и скончавшихся от опухоли. Вне всякого сомнения, это был один из самых выдающихся мыслителей в истории человечества.
Ряд распада от фермия-257 до нелтуния-237.
Взрыв водородной бомбы «Майк» на атолле Эниветок 1 ноября 1952 года повлек за собой не только разрушения. Хоть это и сохранялось в тайне до 1955 года, уже в декабре 1952-го анализы остатков, проведенные в лаборатории Беркли, показали, что водородная бомба добавила в периодическую таблицу два новых элемента. Они имели атомные номера 99 и 100 и были названы эйнштейнием и фермием соответственно.
Ферми не дожил до того момента, когда элемент с номером 100 был назван его именем, но его существование он предсказывал еще в 1934 году, говоря о трансурановых элементах. Фермий и эйнштейний относятся к семейству актиноидов, и многие его члены не встречаются в природе. Среднее время жизни эйнштейния немногим превышает 20 дней, а фермия — 100, оба эти элемента радиоактивные. Облучение урана-238 огромным потоком нейтронов водородной бомбы привело к появлению тяжелейших изотопов, таких как уран-253 и уран-255, которые в результате бета-распада дали соответственно эйнштейний-253 и фермий-255. Длинные ряды распадов новых элементов, эйнштейния и фермия, были подробно изучены в последующие годы (см. рисунок). Пока работы, ведущиеся в Беркли, были еще совершенно секретными, в мае 1954 года исследовательская группа из Нобелевского института в Стокгольме независимо получила изотоп фермия-250 путем бомбардировки урана-238 изотопами кислорода-16. После смерти Ферми и Эйнштейна и после публикации группой Беркли некоторых результатов международное научное сообщество единогласно решило назвать элемент 99 эйнштейнием, а элемент 100 — фермием.
Через год после смерти Ферми американский физик Сэмюэл Аллисон, также работавший над Манхэттенским проектом, решил переименовать Чикагский институт ядерных исследований в Институт Энрико Ферми. Сегодня он остается одним из передовых центров изучения физики и вместе с другими организациями является частью холдинга, который использует Фермилаб — бывшую Национальную ускорительную лабораторию, названную так в честь Ферми в 1974 году. В Фермилабе находится второй по величине ускоритель частиц после большого адронного коллайдера (или БАК) Европейской организации по ядерным исследованиям (ЦЕРН) в Женеве. Этот ускоритель — одно из важнейших достижений человеческого разума. Он стал продолжением беватрона Беркли и Брукхевенского космотрона, созданного Ферми.
Если беватрон был назван так потому, что в нем можно было получить энергию в миллиарды электронвольт (эВ), то в тэватроне Фермилаба достигаются тераэлектронвольты (ТэВ), то есть 1012 эВ. Благодаря этой невероятной мощи ускорителей сегодня мы можем обнаружить пучки таких маленьких частиц, как нейтрино, с ничтожной массой, примерно в 5 эВ, и разглядеть квантовую структуру материи.