Для осуществления внутриполитических преобразований необходимо было иметь надежный, хорошо работающий государственный аппарат. Годунову удалось привлечь к работе в нем опытных администраторов и добиться некоторой стабилизации его личного состава. Боярская дума практически не принимала участия в решении важнейших государственных дел. Она имела «парадное» значение. Члены Думы осуществляли то, что было решено Борисом Годуновым и его ближайшими советниками. Бояре присутствовали на посольских приемах, одобряли заранее принятые решения, участвовали в торжественных обедах, которые устраивал Борис. Возглавляли они наиболее значительные полки, стоявшие «на берегу» или в порубежных районах на западных и северо-западных границах. По традиции во главе наместнического аппарата в крупнейших городах стояли также бояре. Здесь их полномочия были довольно значительными.
Боярская дума пополнялась фактически только в 1591–1592 гг. В декабре 1592 г. «сказано» было боярство кн. И. И. Голицыну. Тогда же боярином стал кн. Б. К. Черкасский, а ранее (в апреле) — кн. В. А. Гагин. Двое из этих бояр принадлежали к романовскому кругу, которому демонстративно покровительствовал Борис (Б. К. Черкасский был женат на одной из дочерей Н. Р. Юрьева). К маю 1597 г. из окольничих боярином стал кн. Ф. И. Хворостинин[647]
. Несколько увеличилось число окольничих. 4 апреля 1591 г. окольничество «сказано» было С. Ф. Сабурову, к июлю 1591 г. — Н. И. Очину-Плещееву, к лету 1592 г. — М. Г. Салтыкову. К апрелю 1592 г. окольничим стал кн. И. В. Гагин, к весне того же года — кн. И. С. Туренин, к марту 1593 г. — Я. М. Годунов. 15 апреля 1593 г. «сказано» было окольничество кн. А. И. Хворостинину, а в 1594/95 г. упоминается окольничий Д. И. Вельяминов[648]. Подавляющее большинство этих лиц были близкими к Годунову (представители клана Сабуровых — Годуновых — Вельяминовых, а также убийца И. П. Шуйского кн. И. С. Туренин и кн. А. И. Хворостинин).Назначения в Думу 1591–1592 гг. объясняются тем, что Борис в сложной обстановке, вызванной смертью Дмитрия и московскими пожарами, пытался очередной раз консолидировать силы феодальной знати. Именно тогда снова при дворе появились князья В. И. и Д. И. Шуйские[649]
. и возвращен был из опалы Б. Я. Бельский.В корпорации думных дворян изменения произошли сразу же после коронации Федора. В 1583/84 г. Б. В. Воейков отправлен был в Пронск и затем надолго исчез из разрядов. В 1586 г. постригся в монахи М. А. Безнин. После 9 декабря 1586 г., но до 8 апреля 1587 г. (по данным Ю. Н. Мельникова) лишился чина его родич печатник Р. В. Алферьев. К 1 июня 1587 г. этот чин был уже у В. Я. Щелкалова. В 1589 г. думными дворянами были Р. М. Пивов, И. П. Татищев, Ф. А. Писемский и Е. Л. Ржевский. Оставался думным дворянином Д. И. Черемисинов, но чаще он упоминается как казначей[650]
. По боярскому списку 1588/89 г. думными дворянами числились Р. М. Пивов, И. П. Татищев и Р. В. Алферьев[651]. Думные дьяки стали принимать все более активное участие в работе Думы. «Ближней думы большой дьяк» Андрей Щелкалов с 1570 по 1594 г. являлся фактическим руководителем Посольского приказа и всей дьяческой администрации вообще. Это был крупнейший деятель государственного аппарата. После воцарения Федора он сначала поддерживал Н. Р. Юрьева, а потом полностью перешел на сторону Бориса, который сумел оценить его административные способности и доверял ему важнейшие государственные дела. А. Щелкалов, писал И. Масса, «был такой пронырливый, умный и лукавый, что превосходил разумом всех людей. Борис был весьма расположен к этому дьяку… и этот дьяк стоял во главе всех дьяков во всей стране, и по всей стране… ничего не делалось без его ведома и желания». Щелкалов отличался большой трудоспособностью. По словам Массы, он работал как «безгласный мул»[652].Причины выхода в отставку А. Я. Щелкалова в мае 1594 г. не вполне ясны. С. Ф. Платонов усматривал их в «тайных сношениях с Варкочем». Возможно, «большой дьяк» просто состарился (упоминается в источниках с 50-х годов XVI в.). Место Андрея Щелкалова занял его брат Василий, который, по мнению И. Массы, уступал ему в дарованиях[653]
. После отставки Р. В. Алферьева Щелкаловы стали хранителями государевой печати (печатниками).