Несколько иначе вели себя матросские отряды в боях на северном побережье Черного моря. В конце зимы 1918 года в Причерноморье, как и на других участках бывшего российско-германского фронта, началось общее наступление германских и австро-венгерских войск. На смену разгромленным румынам пришли немецкие и австрийские войска, начавшие с 23 февраля 1918 года наступление по территории Северного Причерноморья, а затем и Северного Приазовья. Бои вели австрийская Восточная армия и 11-я немецкая армия. Выйдя 6 марта на дальние подступы к Одессе, германские и австрийские войска начали свое наступление на этот город. Из Севастополя на защиту Одессы в начале марта были направлены несколько матросских отрядов. Один из них под командованием мичмана В. Лященко и комиссара К. Зедина (бывшего штурмана торгового флота) был наиболее многочисленным, хорошо вооруженным, а так же имел артиллерийскую батарею. На подступах к Одессе, в районе железнодорожной станции Слободка, этот отряд вступил в бой с превосходящими силами германских войск, поддерживающими части украинских националистов. Вскоре отряд был окружен превосходящими силами противника. Матросы приняли решение в плен не сдаваться. В ходе завязавшегося боя вражеским огнем была почти полностью уничтожена артиллерийская батарея отряда. К единственному уцелевшему орудию встал командир отряда мичман В. Лященко, пока не был убит. После того, как кончились патроны, оставшиеся в живых матросы, под командованием комиссара К. Зедина, пошли на прорыв в штыковую атаку. Из окружения пробились только 16 человек во главе с комиссаром, причем все они были ранены. На станции Бирзула 16 матросов во главе с К. Зединым, влились в команду бронепоезда, на котором они еще несколько дней вели бои с немцами. Под Одессой некоторое время успешно действовал, Днепровский матросский отряд матроса И.И. Матвеева, будущего командующего Таманской армией.
Захватив 13 марта 1918 года Одессу, немецкие войска спустя несколько дней, 17 марта, овладели Николаевом, а 19 марта – Херсоном. Однако здесь планомерное продвижение противника затормозилось.
На следующий день после оккупации Херсона 20 марта в нем вспыхнуло антигерманское восстание, организованное местным «Союзом фронтовиков».
Восставшие расчленили немецкие войска в городе на несколько частей, и к концу этого же дня, уничтожив несколько сот немцев, выбили противника из города. Попытки немецкого командования на следующий день 21 марта, усилив свою пехоту броневиками, вновь овладеть Херсоном были отбиты с большими потерями. Численность восставших в Херсоне к этому моменту увеличилась в пять раз и достигла 5 тысяч человек.
Вскоре на помощь Херсону из Севастополя прибыл минный заградитель «Ксения» с отрядом матросов под командованием Мокроусова, а также несколько гидросамолетов. После этого восставшие херсонцы, поддержанные огнем корабельной артиллерии и ударами гидросамолетов с воздуха, отбросили немцев на 25–30 километров от Херсона.
Известия о восстании в Херсоне побудили к действиям и «Союз фронтовиков Николаева». Для начала восстания они обратились за помощью в Севастополь. В Николаев из Севастополя прибыл 1-й Черноморский отряд под командованием прапорщика Федько. Однако выбить противника из города не удалось. Силы были неравны. 23 марта германские войска контрударом овладели центром города, вытеснив восставших на окраины. Там бои продолжались до 25 марта, когда повстанцы и матросы отступили из города и рассеялись в его окрестностях. Оттуда они совершали партизанские вылазки против противника на протяжении всего периода германской оккупации.
Подавив восстание в Николаеве, германское командование начало переброску своих сил к Херсону. Вскоре на подступах к городу было сосредоточено 20 тысяч германо-австрийских войск генерала Е. Меца. Утром 4 апреля после длительной артиллерийской подготовки при поддержке броневиков и авиации германо-австрийские войска начали штурм Херсона и 6 апреля, после двух суток ожесточенных боев, овладели городом. После взятия Херсона германское командование, перегруппировало силы и стало готовить операцию по захвату Крыма. На захват Крыма немецкое командование направило 52-й армейский корпус (25–30 тысяч человек) под командованием генерала от инфантерии Р. Коша. По данным различных источников позиции на Перекопе заняли от 5 до 6 тысяч матросов и красногвардейцев, входивших в несколько отдельных отрядов, не имевших единого командования. Серьезного сопротивления немцам эти разрозненные отряды, разумеется, оказать не смогли. Взяв Перекоп, немецкие войска устремились на юг к Севастополю. В ходе этих пятидневных боев в районе станции Альма (Почтовое) матросские отряды дважды отбрасывали немцев к Симферополю. Одновременно с этими боями, матросские отряды в период 20–23 апреля подавили крымско-татарские восстания в городах южного берега Крыма.