Между тем, на пирсе у «Цесаревича» встал кордон немецкой полиции. Съезд с корабля кому бы то ни было был запрещен. Немецкие миноносцы стали у выхода на рейд, следя за русскими кораблями. По наивности немцы полагали, что русские еще хотят воевать и будут прорываться в Циндао силой. Но «Цесаревич» продолжал выгружать боезапас. С броненосца были сняты замки с орудий главного калибра, замки 75-мм орудий, две крышки золотниковых коробок цилиндров среднего давления, а также все винтовки и револьверы, не считая пятидесяти винтовок, необходимых для несения на корабле караульной службы. «Цесаревич» оставался в Циндао до конца войны. Постепенно суровые правила интернирования ослабевали. Было разрешено производить своими средствами любые работы, необходимые для приведения корабля в состояние, удобное для жизни экипажа. Была снята поврежденная мачта, отремонтированы трубы и другие боевые повреждения. Часть офицеров (в том числе адмирал Матусевич и капитан 1 ранга Иванов), дав слово не участвовать более в войне, уехали в Россию вместе с половиной матросов. Командовать «Цесаревичем» остался капитан 2 ранга Шумов, под руководством которого шли все ремонтные работы. Немцы пытались как-то скрасить тоскливую жизнь на русских кораблях. Матросам были выданы невиданные ими доселе велосипеды, офицеров приглашали на редкие приемы.
Пресса и слухи приносили неверные и туманные известия с театра военных действий. Рассыпались надежды на какой-то перелом в ходе войны. 20 декабря 1904 года миноносцы «Бойкий» и «Смелый», вырвавшись из агонизирующего Порт-Артура, пришли в Циндао, принеся на «Цесаревича» известие о страшной и бесславной гибели первой Тихоокеанской эскадры. С надеждой на «Цесаревиче» следили по газетным сводкам о движении 2-й эскадры, а в конце мая— ошеломляющая весть о небывалой катастрофе Русского Флота в Цусиме. Русские моряки в Циндао (да и не только в Циндао) с ужасом поняли, что из пятнадцати эскадренных броненосцев, принимавших участие в войне с Японией, уцелел только один «Цесаревич»! Но уцелел ли? Из Портсмута, где шли мирные переговоры с японцами, пришли известия, что японцы требуют выдачи им всех русских кораблей, интернированных в нейтральных портах. На «Цесаревиче» решили затопить корабль у стенки. Немцы, в ответ, пригрозили суровыми репрессиями вплоть до расстрела виновных. К счастью, все обошлось. Японцы не настаивали на своем требовании о выдаче интернированных русских кораблей; считая триумф своего флота достаточным.
Военно-морская история не знает примеров, подобных сокрушительному разгрому Русского Флота в русско-японской войне; в дальневосточных водах погибли или были захвачены в плен шестьдесят девять боевых и вспомогательных кораблей Русского Флота. Практически перестал существовать не только Тихоокеанский, но и Балтийский флот. Однако, страшнее огромных материальных потерь был моральный удар, от которого русские моряки не оправились до конца и по сей день. Русская океанская стратегия была заморожена на шестьдесят лет!
После ратификации мирного договора с Японией «Цесаревич» получил приказ следовать на Балтику. Эпоха колониальных захватов временно приостановилась: необходимо было думать об обороне и, в первую очередь, об обороне морских подходов к Петербургу. А для этого нужно было возродить флот и, самое главное, боевой дух у подавленного и деморализованного личного состава.
14 ноября 1905 года капитан 2 ранга Шумов вывел «Цесаревича» из Циндао. Броненосцу предстояло длительное плавание на Балтику — в Россию, где он еще никогда не был. Недогруженный (боезапас остался в Циндао), с одной мачтой и поврежденными винтами, окрашенный в светло-коричневый цвет, «Цесаревич» шел через Индийский океан, Средиземное море и Атлантику домой. Позади остались кровавые воды Японского моря, где на полвека нашла себе могилу русская имперская политика, впереди была неизвестность...
2 февраля 1906 года капитан 2 ранга Шумов привел эскадренный броненосец «Цесаревич» в Либаву.[6]
В течение весны 1906 года эскадренный броненосец «Цесаревич» ремонтировался в Кронштадте. В ходе ремонта на корабле, наконец, качественно заделали подводные пробоины от японских торпед и снарядов, сменили винты, поставили новые мачты без массивных боевых марсов, изменили конфигурацию надстроек. В мае 1906 года броненосец «Цесаревич» был зачислен в особый отряд (позднее — Балтийский отряд), сформированный для производства учебных плаваний с корабельными гардемаринами Морского корпуса и Морского инженерного училища Императора Николая I. Кроме «Цесаревича», в отряд вошли броненосец «Слава» и крейсер «Богатырь».