В 12.39 в «Гражданина» один за другим попало два 12" снаряда. Один из них пробил 38-мм броневую палубу по левому борту, повредив коечные сетки, и, взорвавшись, уничтожил каюту командира и прилегающие к ней помещения, вызвав сильный пожар. Второй снаряд пробил борт под средней башней и, взорвавшись, перебил кабель, идущий от вспомогательной динамомашины, провода электроосвещения в носового прожектора, магистральную отливную трубу, пожарную магистраль и несколько вспомогательных паропроводов. Несколько осколков этого снаряда через шахту для выгрузки мусора проникли в 4-ю кочегарку, но никого не ранили. Ядовитые газы от этого снаряда проникли в оба машинных отделения линкора, в результате чего машинисты «Гражданина» были вынуждены надеть противогазы. Кроме того, осколками были разбиты четыре шлюпки. Несколько немецких снарядов взорвалось вблизи «Гражданина», пробив осколками небронированную часть борта. Взрывной волной одного из этих снарядов на носовом мостике был вышиблен из гнезд главный носовой компас. Вспыхнувший на левых шканцах пожар был быстро потушен. «Гражданин» вел интенсивный, но малоэффективный ответный огонь по противнику. Не в силах противостоять натиску противника, русские корабли в 12.40 начали отход по Моонзундскому каналу на север. Хотя немецкие линкоры быстро подавили русскую береговую батарею на острове Моон, они не решились преследовать русских в мелководном проливе, из-за большой минной опасности. Они продолжали обстреливать отходящие на север русские корабли до 12.50, когда расстояние увеличилось до ста тридцати кабельтовых. «Слава», «Гражданин» и «Баян» продолжали идти на север и в районе острова Шильдау были атакованы немецкими самолетами, сбросившими на русские корабли около сорока бомб, но не достигшими прямых попаданий. Огнем зенитной артиллерии линкора «Гражданин» были сбиты два самолета противника.
Тяжело поврежденная «Слава» не могла пройти Моонзундским каналом. Адмирал Бахирев решил затопить «Славу» у входа в Моонзундский канал для преграждения дороги немецкому флоту и приказал «Славе» пропустить вперед «Баяна» и «Гражданина». Однако, выполняя этот приказ, «Слава», допустив ошибку в маневрирования, чуть не столкнулась с «Гражданином» и, уклоняясь, выскочила на мель в стороне от фарватера, после чего была взорвана экипажем. А между тем, «Баян» и «Гражданин» медленно шли на север мелководным Моонзундским каналом. На «Гражданине» трюмный инженер-механик, чтобы уменьшить осадку линкора, быстро организовывал выкачивание за борт пресной воды, выгрузку угля и распределение боезапаса, что позволило линкору благополучно пройти канал и покинуть Рижский залив.
20 октября «Гражданин» прибыл в Ланвик и после короткой стоянки там перешел в Гельсингфорс.[8]
Вернувшись в Гельсингфорс, «Гражданин» включился в бурную политическую жизнь на флоте. Было совершенно очевидно, что война проиграна, и Россия накануне национальной катастрофы: экономический хаос в сочетании с военными поражениями был не той ситуацией, с которой могло бы справиться слабое Временное правительство. На кораблях шумели митинги, в Петроград направлялись вооруженные отряды моряков. Послал своих матросов и «Гражданин». При штурме Зимнего дворца единственным убитым был как раз матрос с линкора «Гражданин». Захват власти большевиками накануне выборов в Учредительное собрание и весьма неприятное слово «диктатура» заставили подавляющую часть флотского офицерства отшатнуться от новой власти. Морской министр Вердеревский наотрез отказался сотрудничать с большевиками, и так называемым Управляющим Морским министерством был назначен бывший командир крейсера «Диана» капитан 1 ранга М. В. Иванов, чьи мотивы перехода на сторону большевиков тоже не совсем ясны. М. В. Иванов прибыл 5 ноября 1917 года в Гельсингфорс добиваться подчинения командования Балтийским флотом. Флот тем отличался от армии, что без офицеров он существовать не мог. Никто из командования флотом не встретил в Гельсингфорсе Иванова.