Весь 1897 год эскадренный броненосец «Император Александр II», действуя совместно с броненосцем «Наварин», продолжал поддерживать хоть какую-то видимость порядка на острове. Время от времени корабли уходили в Пирей, Порос или Смирну для пополнения запасов и профилактического ремонта.
В начале 1897 года к «Александру II» и «На- варину» присоединился пришедший с Балтики новый броненосец «Сисой Великий». Однако, в середине марта, из-за затяжного выстрела в кормовой башне, при производстве учебных стрельб, корабль получил тяжелые повреждения и надолго ушел в Тулон для ремонта. В конце 1897 года с Дальнего Востока в Средиземное море вернулся броненосец «Император Николай I», но вскоре был отозван в Кронштадт. В декабре 1897 года закончивший ремонт «Сисой Великий» и «Наварин» были срочно отправлены на Дальний Восток, и в результате «Император Александр II» остался единственным русским броненосцем, представляющим интересы России в Средиземном море. В 1898 году сменилось командование эскадрой и кораблем. На «Императоре Александре II» снова поднял свой флаг адмирал Скрыдлов, а командиром броненосца стал капитан 1 ранга Хмелевский.
«Император Александр II» продолжал нести свою нелегкую службу в водах острова Крит, отвечая за Ретимский округ, оккупированный десантными отрядами моряков с броненосца и канонерской лодки «Гремящий».
В марте 1898 года из Одессы пришел пароход РОПита, доставивший голодающему от не прекращающихся кровавых беспорядков населению острова триста пятьдесят тонн пшеничной муки. Название парохода было «Император Александр II». Два «Александра II» — броненосец и пароход — стали рядом на рейде. Экипажи перегружали муку на подошедшие баржи для пропорционального распределения между христианским и мусульманским населением района. Часть муки на отдаленные пункты побережья доставляла канонерская лодка «Гремящий». Адмирал Скрыдлов, будучи начальником всех русских сухопутных и морских сил на острове, в октябре 1898 года телеграфировал в Петербург, что ему удалось добиться умиротворения и добровольной сдачи оружия русским экспедиционным войскам как христианского, так и мусульманского населения подведомственного ему Ретимского округа. Адмирал Скрыдлов получил благодарность самого царя, а позднее в числе других адмиралов международного отряда он получил почетное гражданство города Афины. В 1899 году в Пирее адмирал Скрыдлов сдал командование эскадрой, и на «Императоре Александре II» поднял свой флаг адмирал Вальронд. Почти все лето 1899 года броненосец провел в водах острова Крит, базируясь главным образом на Пирей.
В ноябре 1899 года броненосец пришел в Смирну, куда затем пришли другие корабли эскадры: минный крейсер «Абрек», канонерская лодка «Запорожец» и миноносец №119. Проведя строевой осмотр, корабли вернулись в Пирей, куда вскоре прибыл и второй миноносец эскадры — №120.
Вскоре, по пути на Дальний Восток, в Пирей зашли эскадренный броненосец «Петропавловск», на котором в будущие было суждено погибнуть адмиралу С. О. Макарову, и канонерская лодка «Гиляк».
В Пирее корабли обоих отрядов встретили новый 1900-й год и начало нового века.
В январе под брейд-вымпелом капитана 1 ранга Хмелевского «Император Александр II» нанес визит в австро-венгерский порт Полу, доставив туда русского посланника из Афин, а затем вернулся в воды острова Крит, где 26 февраля 1900 года на броненосце поднял флаг новый командующий Средиземноморской эскадрой контр-адмирал Бирилев, прибывший в Судо на канонерской лодке «Запорожец».
В марте 1900 года в сопровождении минного крейсера «Арбек» броненосец посетил французскую военно-морскую базу Вильфранш, откуда под эскортом миноносцев №№ 119 и 120 вышел в Бриндизи, а затем — на Корфу. В мае 1900 года «Император Александр II», выполняя свою задачу демонстрации русского флага, посетил с «Абреком» Гравозу и Бизерту, в июне пришел в Воло, в июле — Еврипо-Халкис, а затем вернулся в греческие воды, где участвовал в морском параде по случаю освящения нового храма в Афоне.
В сентябре на рейде Смирны на броненосце произошла смена командиров. Капитан 1 ранга Хмелевский выехал в Россию, а командование кораблем принял капитан 1 ранга Броницкий.
28 ноября 1900 года броненосец «Император Александр II» в сопровождении канонерской лодки «Кубанец» и минного крейсера «Абрек» прибыл в Бейрут. Командование организовало экскурсию экипажей по святым местам в Иерусалиме с посещением русской православной общины и церкви Гроба Господня.
Новый 1901 год корабль встретил в Пирее, откуда в феврале вышел в Геную под эскортом канонерской лодки «Храбрый», минного крейсера «Абрек» и миноносцев №№ 119 и 120.
В марте «Император Александр II» посетил Барселону.