Огляделись. В носовой части несколько рваных пробоин - это и не давало возможности нормально всплыть, поскольку нарушилась герметичность цистерны носовой группы. Подлодка находилась на видимости Виндавского маяка. Командир решил по радио ничего не доносить - лишние данные для вражеской радиоразведки. Дав полный ход, С-7 пришла в Виндаву. В течение дня повреждения были исправлены, и лодка снова вышла в море.
С отходом наших войск на Ригу, а затем на Тарту, Псков и Таллин командование флота развернуло подводные лодки в Рижском заливе и на западных подходах к нему. В дополнение к действовавшим там подводным лодкам было отправлено еще несколько подводных лодок. Находясь на позиции в Рижском заливе, подводные лодки обнаруживали караваны судов от 20 до 50 единиц, но из-за малых глубин не всегда могли атаковать их. Караваны противника, как правило, прижимались к берегу и таким образом избегали атак наших подводных лодок". Некоторые командиры лодок, обнаружив караван судов, идущий вдоль берега, всплывали в позиционное положение, чтобы отвлечь миноносцы противника и создать благоприятные условия для атак. Однако миноносцы даже и при виде подводной лодки продолжали оставаться на своих местах, в ордере охранения.
С началом боевых действий подводники встретились с рядом трудностей. Остро ощущалось отсутствие надежных средств связи с лодками, находящимися под водой. Приходилось рассчитывать только на передачу радиограмм в ночное время, когда лодки могли всплывать. В этих условиях очень важно было организовать передачу радиограмм равномерно в течение всего темного времени суток, так как даже ночью подводные лодки нередко были вынуждены уходить под воду.
Плохая организация связи серьезно осложняла управление подводными лодками. Так, например, прохождение радиограмм на Л-3 почти всегда падало на начало или конец темного времени суток и, как правило, без учета времени ее нахождения в надводном положении.
В связи с осложнением обстановки на театре в августе всем подводным лодкам, действовавшим на Балтийском море, было приказано вернуться на базу, и к 1 сентября 1941 года они в основном сосредоточились в Кронштадте. Две подводные лодки оставались на позициях в средней части Финского залива и только 6 сентября вернулись в Кронштадт. Все лодки Балтийского флота теперь объединялись в одно соединение. Эта реорганизация придала большую четкость системе управления и повысила ответственность за их боевую деятельность.
К этому времени обстановка для действий подводных лодок коренным образом ухудшилась, так как весь район Финского залива, вплоть до морских подступов к Кронштадту, оказался в руках противника. Выход его на побережье Финского залива в районе Урицк - Новый Петергоф серьезно затруднил плавание от Кронштадта к Ленинграду. Переходы приходилось совершать только ночью, что увеличило опасность и усложняло навигационное обеспечение. Вновь вступающим в строй подводным лодкам для тренировки личного состава и проверки механизмов требовалось провести хотя бы несколько погружений. Использовать для этого можно было только Невскую губу, и то лишь в ночное время.
В середине сентября командующий флотом приказал командирам лодок подготовиться к выходу в Балтийское море. Им приказано было занять позиции в Финском заливе, а также в средней и южной частях Балтийского моря.
9 сентября из Кронштадта в южную часть Балтийского моря вышли подводные лодки. Их командиры имели указание, миновав Финский залив, дать сигнал о благополучном выходе в море. Но в установленное время сигнала не поступило. Однако спустя две недели командир одной из подводных лодок донес, что в Данцигской бухте потопил транспорт водоизмещением в 5000 тонн. С приходом подводной лодки в базу выяснилось, что по вине радистов, перепутавших длины волн, сигнал не мог быть принят, хотя его передавали трижды. Это привело к тому, что выход в море следующих подводных лодок был задержан более чем на две недели. Только 7 октября следующая группа была послана в море.
Из этих подводных лодок наиболее успешно действовала Щ-323, которой командовал капитан-лейтенант Иванцов. За время похода она потопила 4 транспорта общим водоизмещением около 40 000 тонн.
В эти же дни было получено сообщение о появлении кораблей немецко-фашистского флота в северной части Балтийского моря.