В 20-х числах января отряды шейха действительно вторглись в провинцию Шена и забрали в плен много фульбе. Затем воины Борну двинулись к Души, пограничному городу между «империей» Сокото и Борну. В намерения шейха ал-Канеми входило отрезать войско султана, дислоцировавшееся в тех районах, от столицы. Однако, как стало известно, 14 февраля отряды шейха были разбиты и с большими потерями отступили. Войско Белло, в которое входили отряды эмиров Кано и Зарии, преследовало отступавших. У ал-Канеми было захвачено большое количество военного снаряжения, лошадей и верблюдов.
Клаппертон понимал, что «война с Борну опрокинула все его планы и намерения». В этой обстановке путешественники по сути дела оказались на положении узников Белло. Капитан тяжело переживал свои неудачи при попытках восстановить дружеские контакты с султаном. Его здоровье, подорванное изнурительными тропическими болезнями и трудностями пути, все более ухудшалось. Последняя запись в дневнике сделана путешественником 12 марта 1827 года. Клаппертон рассказывает об очередной попытке добиться разрешения Белло на продолжение путешествия на восток, к бассейну Шари и Адамауа, или через Зарию, в южном направлении. На этот раз капитан вообще не был удостоен ответа. Эта неудача окончательно сломила Клаппертона. Лихорадка его усилилась; в конце марта он заболел еще и дизентерией. Ослабленный организм но выдержал, и Хью скончался. Лэндер похоронил его 13 апреля 1827 года в Чангари, в пяти милях к востоку от Сокото.
Так погиб в расцвете сил тридцатидевятилетний прославленный английский путешественник, смелый и вдохновенный исследователь, которого любили и уважали все, кто работал, странствовал и служил вместе с ним.
Его верный товарищ Ричард Лэндер остался теперь в дебрях Западного Судана с одним лишь проводником Пэскоу. Он хотел было отправиться в Фунду, в надежде достичь Нигера (султан отпустил его сразу же после смерти Клаппертона, очевидно, не придавая особенного значения «личному слуге» путешественника), однако ему не позволил это сделать правитель Зарии. Приходилось отправляться обратно той же дорогой, по которой в прошлом году они с Клаппертоном пробирались в Сокото.
Достойно удивления, как удалось Лэндеру, без денег и «подарков», так необходимых в африканских странах, спустя девять месяцев, в ноябре 1827 года, благополучно добраться до побережья. Ричард даже доставил в Бадагри в целости и сохранности большой чемодан с имуществом и дневниками Клаппертона. В порту было полно португальских работорговцев, задумавших погубить англичанина. Вполне естественно, что те, кто еще занимался работорговлей, не имели оснований радушно встречать представителя страны, военные корабли которой крейсировали у побережья с целью, как полагали работорговцы, пресечения контрабандного вывоза невольников. У местных торговцев были свои причины быть недовольными прибытием Лэндера. Как уже отмечалось, они занимались посредническими операциями, и большая часть торговли Ойо с европейцами проходила через их руки. Если англичанам удастся установить прямые контакты со странами внутренних областей Нижнего Нигера, то торговля с йоруба перейдет непосредственно к ним и экономика Бадагри и соседних городов окажется полностью подорванной.
Против Лэндера был составлен заговор. Его обвинили в интригах, направленных на свержение правителя. Адули потребовал, чтобы англичанин снял с себя обвинение, пройдя через «испытание ядом». Сообразительный Лэндер, перед тем как принять ядовитое вещество, выпил сильное рвотное средство и тем избежал отравления.
Спустя несколько недель, 20 января 1828 года, Ричард отплыл в Англию, вместе с ним отправился и переводчик Пэскоу; в апреле они были уже в Портсмуте.
Записки Клаппертона и Лэндера о пребывании на Нижнем Нигере чрезвычайно занимательны и, что особенно важно, написаны объективными наблюдателями. «Все жители Англии могут читать и писать, они также достаточно знакомы со многими государствами земного шара; и лишь об этой стране (то есть о странах бассейна Нижнего Нигера) они совершенно ничего не знают и ошибочно считают, что ее населяют голые дикари, которые не признают никакой религии и находятся в состоянии, близком к диким животным. В то же время я сам, на собственном опыте убедился, что они цивилизованные, знающие, гуманные и благочестивые люди», — писал Клаппертон. Это стремление видеть вещи такими, каковы они есть, безо всяких предубеждений и предрассудков, характерно для путевых записок Клаппертона и Лэндера, которые вскоре по возвращении Ричарда были опубликованы. Написанные чистосердечными и правдивыми свидетелями жизни тогдашней Африки, эти книги нашли широкую читательскую аудиторию как в Европе, так и несколько позднее в самой Африке.