Нацизм для Эдит Штайн оказался проблемой не только в силу того, что она была еврейкой. С ранней юности Эдит, презиравшая «громогласные"ура"официального патриотизма», тем не менее чувствовала себя немкой и придавала этому ощущению большое значение. Она писала Роману Ингардену, одному из своих коллег по феноменологическому кружку, сгруппировавшемуся вокруг Гуссерля, что не может быть влюблённой в Германию, поскольку нельзя быть влюблённой в саму себя: «Я сама — Германия, или, вернее, часть её». А что теперь? Как ощущать себя частью этой Германии? «Горе этой стране», — пишет сестра Тереза Бенедикта в январе 1938 года.
Остро чувствуя свою принадлежность и к немецкому народу, и к еврейскому, и к Церкви, и к человечеству и, что бесконечно важно иметь в виду, будучи далека от любого индивидуализма, затворница не от мира, но для мира, она, без сомнения, пыталась не только противостоять антисемитизму нацистов, но и осмыслить его. Об этом (в частности, о своём письме Пию XI) Эдит Штайн рассказывает в очерке «Как я поступила в Кармель в Кёльне», однако текстов, в которых бы шла речь об этом, до нас почти не дошло.
Исключение составляет одна её фраза, записанная 9 ноября 1939 года сестрой Ренатой Святого Духа, которая станет потом первым биографом Эдит: «Сестра Бенедикта оцепенела от горя:"Тень Креста ложится на мой народ"». Вообще в этот период выражение «мой народ» становится в языке Эдит одним из ключевых. Речь идёт здесь, разумеется, не о том, что в период Холокоста над евреями исполнилось то проклятие, которое они сами призвали на свои головы словами «кровь Его на нас и на детях наших» (Мф 27.25), как поняла слова Терезы Бенедикты сестра Рената, а о чём-то другом. О чём именно?
6 сентября 1938 года, принимая группу паломников из Бельгии, Пий XI сказал им: «В духовном плане мы — семиты». Его слова подхватил Жак Маритен, прокомментировавший их следующим образом: «Антисемитизм… это движение, в котором мы, христиане, не можем принимать никакого участия… В духовном плане мы — семиты: ничего более веского никогда не было сказано христианином против антисемитизма, и этот христианин — преемник святого Петра». И далее: «Антисемитизм нацистов есть по своей сути безумное отрицание Откровения с Синая и Закона 10 заповедей, в нём особенно проявляются… сверхъестественные страх и ненависть к христианству, к Закону Евангелия и к Царю Иудейскому… принявшему плоть от Девы Израиля».
Скорее всего, Эдит Штайн говорила именно об этом: Ветхий Завет для неё неотделим от Нового, поэтому евреи, обречённые нацистами на уничтожение именно по той причине, что Бог в Библии провозглашает их избранным народом, тогда как таковым, по их мнению, являются арийцы, умирая, в своём мученичестве становятся свидетелями правды не только Ветхого Завета, но и Евангелия, а следовательно, Креста. Как младенцы из Вифлеема.
Эдит Штайн переступила порог Кармеля как раз в то время, когда начиналось массовое уничтожение евреев. С точки зрения ряда её друзей, этот шаг спасал её от концлагеря, однако сама она думала по–другому: «О, в это я не верю. Меня несомненно вытащат отсюда; во всяком случае, я не могу считать, что меня оставят в покое».
Сестра Бенедикта была права. Когда 2 августа 1942 года в монастырях Голландии было арестовано 245 беженцев из Германии, евреев, принявших католичество, она оказалась среди них. В специальном циркуляре рейхскомиссара по этому поводу говорилось: «Мы должны считать являющихся католиками евреев стопроцентными евреями и нашими злейшими врагами… по этой причине мы должны сделать так, чтобы они были депортированы на восток как можно скорее».
Она была арестована прямо в монастыре и увезена в концлагерь, сначала в Вестерборк, потом — в Освенцим. «Предательница», которая «отвергла» веру отцов, оказалась среди еврейских детей, за которыми, по некоторым данным, ухаживала в концлагере в последние дни своей жизни. Правда, конкретных свидетельств о том, что именно делала в лагере сестра Тереза Бенедикта в период с 2 по 9 августа 1942 года, нет, но в годы Первой мировой войны она окончила курсы сестёр милосердия и по–настоящему серьёзно работала в госпиталях, причём не только среди раненых, но и в отделении детской травматологии.
На железнодорожном вокзале в Шифферштадте сестру Бенедикту в монашеском одеянии увидела одна из её бывших учениц. Она успела крикнуть: «Передайте привет сестрам святой Магдалины. Меня увозят на восток». И передала ей клочок бумаги, на которой успела написать карандашом: «Привет! От тех, кого увозят в Польшу. Сестра Терезия Бенедикта».