При устранении следствия сущность ФСК как структуры приближалась к типичным спецслужбам, служба контрразведки переставала быть правоохранительным и, главное, карательным репрессивным органом.
Непрерывные изменения задач спецслужб, их дробление и последующее объединение нарушили систему обеспечения безопасности в самое сложное и тяжелое время развала СССР и становления новой России. Можно предположить, что таким образом осуществлялся поиск путей совершенствования деятельности спецслужб, оправданный и естественный при рождении российской государственности. Однако часто это были политически мотивированные шаги, направленные на уничтожение существовавшей в советское время слаженной системы безопасности и чекистских кадров, которые проходили переаттестацию через многочисленные «комиссии по благонадежности», выводились за штаты при каждой реорганизации и оставались без работы до очередного назначения и переназначения. Спецслужба постоянно, целенаправленно и сознательно разрушалась, реорганизовывалась, что создавало условия для разграбления страны, всесилия коррупционной чиновничьей власти.
В 1993 году при отстранении от должности Баранникова из Министерства безопасности в подчинение Службы охраны Президента были переданы специально предназначенные для борьбы с террором спецподразделения «Альфа» и «Вымпел». Этим решением Президента органы госбезопасности фактически были разоружены, а в штатах ФСК вообще каких-либо специальных вооруженных подразделений не предполагалось. На заседании Совета безопасности в октябре 1993 года во время обсуждения вопроса о применении силовой составляющей в разрешении конфликта вокруг Белого дома мною было заявлено об отсутствии в МБ военизированных подразделений.
Следует отметить, что все организационные и штатные изменения проводились в спецслужбах по указам Президента. При этом серьезно нарушалось федеральное законодательство, так как основная компетенция органов государственной безопасности должна определяться только законами.
Одновременно под маскировкой внедрения цивилизованных методов работы наблюдалось усиленное стремление насаждать западные ориентиры. Из-за бугра российской верховной власти шли рекомендации о необходимости проведения люстрации в отношении сотрудников органов госбезопасности советского периода с целью «коренного реформирования» российских спецслужб, приобщения их к стандартам западных стран. Конгресс США рекомендовал скорректировать деятельность российской контрразведки таким образом, чтобы ограничить или не осуществлять вовсе контроль за пребыванием и передвижением дипломатического корпуса по территории страны. Посол США Страус (это ему передавалась документация по расположению технических средств в здании американского посольства) в беседе со мной предлагал не «шпионить друг за другом, не вербовать людей из моего посольства». Мой ответ американскому послу: «Мы можем дать обещание пойти на этот шаг, если спецслужбы США прекратят вести разведывательно-подрывную работу против российского государства; тогда и мы не будем вербовать садовников и гувернанток в американском посольстве». После словесного обмена мы оба от души рассмеялись, так как понимали, что подобное для обеих сторон были нереальным.
Государственный секретарь ФРГ Шмитбауэр, курировавший деятельность своих спецслужб, в переговорах предлагал меньшее зло: не работать друг против друга «агрессивными методами, особенно техническим проникновением в дипломатические и жилые помещения, где проживают немецкие граждане».
А сколько оказалось западных советников в коридорах российских министерств, и все они проявляли теплую, прямо-таки сердечную заботу о будущем России. В этот период не без влияния и подстрекательства таких господ принимались многие судьбоносные для страны решения, к чему можно отнести и ликвидацию Министерства безопасности. Спасибо Всевышнему, что избавил меня от подобных консультантов из числа иностранцев или советников типа Буковского — Калугина, как у последнего председателя КГБ СССР Бакатина.
Немалую роль играли чисто субъективные факторы. Депутат Госдумы Алексей Митрофанов отмечал, что Президент Ельцин с настороженностью относился к органам государственной безопасности, особенно после ухода из его команды Баранникова; период правления Ельцина был периодом расцвета МВД. Ельцин не любил чекистов. Тогда КГБ — ФСК постоянно реформировались и давились.
После августа 1991 года органы госбезопасности страны пережили неоднократную реорганизацию со сменой вывесок, сокращением штатов, оценкой профессиональной и политической пригодности сотрудников. В 1991 (после Фороса) и в 1993 (после октябрьских событий) проводилась масштабная аттестация руководящих сотрудников: президентские и депутатские комиссии работали по «чистке кадров».