Мальчик температурил, и почти каждый час его навещала няня Бетти Гоув. Она в 22 часа и обнаружила пропажу. Окно было открыто, а на подоконнике лежал конверт. Линдберг запретил его трогать и вызвал полицию. Прибывшие местные копы высокой квалификацией не отличались. Они обнаружили на газоне под окном следы босых ног, но даже не удосужились сделать с них гипсовые слепки или хотя бы сфотографировать. К утру следы смыл дождь. Неподалёку от дома нашли сломанную лестницу, но промокшее дерево сделало невозможным качественно снять отпечатки пальцев. В конверте оказалась безграмотно написанное требование выкупа в $50 000. Киднепперы приказывали не сообщать о похищении в полицию и прессу, но начальник полиции Нью-Джерси полковник Норманн Шварцкопф не мог упустить возможность прославиться.
Наутро о похищении сына Линдбергов узнала вся страна. Нью-Эствилль осадили журналисты и любопытные. Энн Спенсер Линдберг через газеты попросила похитителей не причинять вреда её сыну, сообщив, что и в какое время привык есть Чарли-младший. Вся Америка сочувствовала несчастным родителям. В разгар шумихи восемь человек «признались» в причастности к похищению. После проверки часть из них оказались сумасшедшими, а остальные – мечтавшими о славе дураками или мошенниками. Обстоятельства похищения, смаковавшиеся газетами, в чуть изменённом виде легли в основу знаменитого детектива Агаты Кристи «Убийство в Восточном экспрессе».
8 марта в одной из нью-йоркских газет появилось открытое письмо к преступникам бывшего учителя Джона Ф. Кондона, который предлагал себя в качестве посредника для передачи выкупа. Неожиданно похитители ответили автору письма и назначили ему встречу на кладбище Сент-Раймонд в Бронксе вечером 2 апреля. Линдберг, без ведома полиции, передал посреднику требуемую сумму в золотых сертификатах – ценных бумагах, считавшихся в годы Великой депрессии более надёжными, чем простые банкноты. Номера всех сертификатов он переписал.
На встречу с Кондоном явился человек в шляпе и с закрытым платком лицом, говоривший с сильным немецким акцентом. Он забрал деньги и сообщил, что ребёнок находится на судёнышке «Нелли», пришвартованном у острова Елизаветы. Линдберг, сидевший за рулём машины, стоявшей у ворот кладбища, слышал голос похитителя. Он сразу же вылетел в указанное место, но никакого корабля не обнаружил. Поиски ребёнка и преступников зашли в тупик. 12 мая, через 73 дня после похищения, водитель грузовика натолкнулся в лесу, в шести километрах от дома Линдбергов, на детский труп. Экспертиза выяснила, что Чарльз-младший погиб от травмы головы сразу после похищения.
В сентябре 1934 года мужчина, говоривший с немецким акцентом, расплатился на автозаправке 10-долларовым золотым сертификатом, номер которого значился в списке, распространённом полицией. Его задержали. Дома у плотника Бруно Гауптмана, нелегального эмигранта из Германии, обнаружили $15 000 из выкупа Линдберга. На стене кухни нашли написанный карандашом домашний телефон посредника Кондона, а экспертиза доказала, что одна из перекладин лестницы, использовавшейся при похищении, была сделана из доски, лежавшей на чердаке Гауптмана. Эксперты подтвердили, что записки с требованием выкупа писал Гауптман. Улик было множество, но все – косвенные. Гауптман яростно отпирался. Он утверждал, что деньги ему оставил знакомый (уже умерший на момент ареста плотника), а происхождение надписи и доски ему неизвестно. Суд над ним начался 2 января 1935 года. Адвокаты защищали немца из рук вон плохо. Когда Линдберг, давая свидетельские показания, заявил, что голос подсудимого – это тот самый голос, который он слышал два года назад на кладбище в Броннксе, всем стало ясно, что судьба Гауптмана решена. Его приговорили к смертной казни, апелляцию предсказуемо отклонили, и 3 апреля 1936 года Бруно Гауптмана усадили на электрический стул. Он так и не сознался в преступлении, и до сих пор периодически поднимается вопрос о его виновности.
Ещё во время рассмотрения апелляции супруги Линдберги с сыном Джоном, родившимся через пять месяцев после похищения Чарли-младшего, уехали в Европу. Американской публике это не понравилось. Она понимала, что Линдберги страшно устали от шумихи вокруг их семейной трагедии, но зрителям хотелось досмотреть эту драму до самого конца, а главные герои в кульминационный момент вдруг убежали со сцены. Некоторые газеты в досаде даже высказали абсурдное, но сенсационное предположение: не сам ли Линдберг убил своего сына? Сенсация быстро увяла, но осадочек в душе публики остался. Ещё больше американцам не понравилось то, как Линдберг вёл себя в Европе. По поручению ВВС США он знакомился с авиационными достижениями нацистской Германии и шумно ими восхищался. Во время открытия берлинской Олимпиады он сидел на одной трибуне с Гитлером, а Геринг наградил коллегу-пилота орденом Германского орла. Американской прессе всё это не понравилось.