5 марта Дамаскин возвращается на остров и правит обителью долгих 42 года, до самого дня своей кончины 23 января 1881 года. Оказавшись так стремительно на самой вершине монастырской власти, Дамаскин претерпел немало интриг и неприятностей от старшей братии. Зависть к стремительной его карьере глодала их сердца. Но он-таки преодолел все это, навел в монастыре беспрекословнейший порядок, а обладая от природы действительно незаурядными организаторскими и хозяйственными способностями, начал преобразовывать обитель.
Перво-наперво в 1840 году стал перестраивать скит Всех Святых. Вместо келий из дикого камня возведены были здания из обожженного кирпича. Скит был обнесен кирпичного стеною. укреплен коваными ажурными воротами, по углам восьмигранными декоративными башнями. Скит перестраивал архитектор Брандт, а впоследствии он был перестроен еще раз по проекту Алексея Максимовича Горностаева. В этом облике можно и сейчас видеть сие белокаменное чудо.
В 1852 году была выстроена обширная зимняя гостиница монастыря.
В 1853 году — Храм Святителя Николая сотворил так же, как и гостиницу, Алексей Горностаев, а в 1858 году — келейный корпус.
В 1855 году возвели скит святого Александра Свирского (тоже по проекту Горностаева).
В 1856 году строится большой деревянный странноприимный дом для богомольцев-бедняков.
В 1858 году из Старой Ладоги, из монастыря Василия Кесарийского, по благословению Святого Синода разбирают и перевозят возведенный валаамскими иноками в 1618 году деревянный храм. Ставят на острове Серничан. Основывается новый скит во имя Иоанна Крестителя. Возводя храм заново, A.M. Горностаев ставит его на каменную подклеть, в которой обустраивает церковь зимнюю во имя Трех Святителей, и рядом строится восемь домиков-келий для одиночного проживания. Этот скит Иоанна Предтечи становится скитом с самым строгим уставом. Не только богомольцам, но и монахам монастыря на этот остров, получивший новое название — Предтеченского, не дозволяется ступать без особого благословения отца настоятеля.
В 1863 году строится водопроводный дом. Покупаются две паровые машины. Впервые строится водопровод. Одна из машин приводит в движение насосы водопровода, другая — станки механических мастерских и лесопилку.
В 1865 году в келейном корпусе Никольского скита устраивается домовая церковь во имя преподобного Иоанна Дамаскина.
1868 год. На острове Лембос строится скит во имя Ильи Пророка (с тех пор — остров Ильинский).
1870 год. На противоположном берегу озера, где сохранялась пустынька Дамаскина, обустраивается скит во имя иконы Коневской Богоматери.
1871 год. Строится в восточной стороне от монастыря даже не дом, а целое каре зданий для наемных рабочих — «работный дом». В нем же конюшни, каретные сараи, кузница, огромный амбар — хранилище овса для конного завода, и в том же году закладывается большой коровник, завершенный в 1881 году. В нем и сейчас размещается монастырская молочная ферма.
В 1873 году создается скит Аврамия Ростовского. Выстроен был целый комплекс: большой деревянный храм, келейные корпуса, хозяйственные постройки. В этот же год на Путиловском заводе в Петербурге отливается 1000-пудовый Андреевский колокол для новой, уже выстроенной колокольни. (Колокол, увы, не сохранился: в советское время был разбит, разрезан автогеном и сдан в утиль!)
И наконец, в 1876 году в версте от монастыря (на восток) строится церковь «Во имя всех отец, в посте и молитве просиявших». Рядом ставится великолепная колокольня. Церковь и колокольня в стиле модерн были созданы архитектором Карповым. Увы, Алексея Максимовича Горностаева (светлая память этому талантливому, удивительному человеку) уже не было в живых. Могила его находится в Сергиевой Пустыни, что по Старопетергофской дороге, невдалеке от Стрельны под Петербургом. Настоятелем Сергиевой Пустыни был в свое время епископ Игнатий Брянчанинов.
Вблизи этой церкви Дамаскин велел вырыть себе могилу. Она простояла отверстой более пяти лет, ожидая навеки принять в себя необыкновеннейшего валаамского настоятеля. Около этого храма и возникло со временем верхнее, так называемое игуменское, кладбище. Нижнее кладбище подле него стало местом Упокоения монастырской братии. Кстати, и место это под кладбище было отыскано и определено как таковое самим Дамаскиным.