Повесть состоит из трех частей, взаимопереплетенных в повествовании. Одна в жанре путевого очерка рассказывает о нравах рабочих поселков, расположенных по берегам Ангары, другая посвящена лирическим воспоминаниям о детстве, о той поре, когда «жили бедно, но весело и дружно», об утраченной «малой родине», которая оказалась на дне Братского моря. В третьей части идет разговор о сложностях писательского ремесла, о неудовлетворенности начинающего художника, заглядывающего в бездны и тайны человеческой психики. Виктору снится свой персонаж, который осуждает его за попытку изобразить последние видения умирающего человека, ибо они непостижимы.
В размышлениях героя повести находят отклик сомнения Распутина о праве художника «переступать последнюю черту», чтобы услышать голос тех, кто уже ушел с этой земли и унес с собой частицу недоступной живущим истины.
Впервые в этой повести столь явно видны апокалиптические мотивы, связанные с рекой. Распутин создает два образа мироздания – до затопления Братского водохранилища и после. Первый дан в воспоминаниях героя. Центром допотопного бытия является река – основа жизни, разворачивающейся по берегам. Река воплощает могучие силы природы, в сезонных ритмах которой происходит постоянное, циклическое обновление жизни. Река обладает руслом, соответственно, качествами упорядоченности и стабильности. Воплощаемый ею онтологический принцип порядка транслируется на весь береговой космос, частью которого является и патриархальное общество людей. С другой стороны, река в очерке – метафора самой жизни. Это значение актуализируется в связи с образом острова, который сравнивается с кораблем, плывущим по течению (Ноев ковчег?):
«Знаешь, что стоишь на твердой земле, но под ногами, передвигаясь, мелко подрагивает, поворачивает то влево, то вправо, и ты уже не в состоянии сопротивляться – плывешь куда-то осторожно и загадочно».
Мироздание после потопа становится чужим, безжизненным пространством:
«Из края в край вода лежала покорно и глухо одной необъятной равниной, подавляя своей тяжестью унылые и низкие берега. Воздух над ней был пуст, не носились в нем стрижи со свистящим, отрывистым звуком, не заливались ласточки, не собирались они в дружные, гомонящие – хоть уши затыкай! – стаи, чтобы отогнать ястреба».
Если раньше вода была голубой и прозрачной, то теперь она становится мутной и серой; при вступлении теплохода в водохранилище Виктор наблюдает абсурдное зрелище торчащих из-под воды верхушек деревьев. Затопление окультуренного пространства, в осмыслении В. Распутина, становится проявлением энтропии, разрушением, в результате человеческой деятельности, божественного миропорядка.
Самым большим страхом Виктора в детстве был страх, что река может исчезнуть, «обнажив на память о себе голое, каменистое русло, по которому будут бегать собаки». Исчезновение не только реки, островов, но и русла, означает для писателя конец стабильности, надежности и осмысленности человеческого бытия. Мир трансформируется, становится безжизненным и неузнаваемым: «Все сошлось и размылось в одной длинной и отчужденной картине тайги»; разрушается богоуставновленный порядок жизни.
Родные места, пишет Распутин, «лишившись чего-то главного, основного, какого-то центра, собиравшего их воедино, в один круг, они разбрелись кто куда, превратились в отдаленно знакомые, постаревшие от времени уголки и казались всего лишь воспоминаниями, которые также могут явиться где угодно».
Распутин 1970-х гг. оценивает современную ему действительность сквозь призму природно-космического порядка бытия. В это время складывается особая распутинская поэтика, основанная на представлениях о божественной гармонии бытия. Залогом такого гармонического восприятия мира является человек, живущий и трудящийся на земле в соответствии с богоустановленным миропорядком, в согласии со своей совестью.
Именно эти люди становятся главными героями его повестей и рассказов – умирающая старуха Анна из «Последнего срока», Настена из «Живи и помни», поставленные автором в критические пограничные ситуации, противостоящие тем, кто отделил себя от мировой гармонии собственным эгоизмом и животным инстинктом (дети Анны, Андрей Гуськов).
В «Прощании с Матёрой» это деление выходит за пределы одной семьи, охватывает уже всю ойкумену, делит ее на мир живых и мертвых, границей меж которыми служит все та же Река. И когда воды потопа стремятся захлестнуть Матёру – Остров Блаженных, обетованную землю крестьянских праведниц-старух во главе с Дарьей, оставшихся охранять свое Древо Жизни, тот самый «царственный листвень», из-под сюжетной поверхности повести начинает всплывать ее подлинная суть – история крестьянской Атлантиды-Аталанки.