Политическое руководство Куйбышева имело большое значение и в борьбе с басмачеством в Фергане. Необходимо было не только громить басмачей, но и высвобождать из-под их влияния обманутых баями и муллами бедняков и середняков. К Куйбышеву сходились все нити руководства политической работой по ликвидации басмачества. Он писал прокламации и воззвания к населению, лично отбирал и инструктировал агитаторов *и направлял их в массы. Агитация постепенно стала подрывать корни басмаческого движения. Многие бедняки, обманом вовлеченные в банды, стали понимать, что им с басмачами не по пути, что главари басмаческих шаек, по существу, отстаивают интересы баев и духовенства. Вследствие этого многие басмаческие отряды стали редеть и распадаться.
Так же победно закончилась борьба против Сеид-Алима, эмира бухарского. Этот тиран немилосердно угнетал трудовой народ Бухары. В стране нарастало народное возмущение. Героический пример трудящихся России, сбросивших с себя вековое иго царизма, вдохновлял бухарский народ на борьбу. И он восстал против ненавистного эмира.
Но восставшим не хватало оружия. К тому же они были неопытны в военном деле. Войска эмира нанесли им тяжелое поражение.
Тогда руководители восстания послали в штаб советских войск Туркестанского фронта делегатов с просьбой поддержать народную революцию в Бухаре.
Реввоенсовет, возглавляемый Фрунзе и Куйбышевым, решил удовлетворить эту просьбу и прийти на помощь восставшему народу. Так поступили еще и потому, что, как стало известно, сам эмир Сеид-Алим, подстрекаемый империалистической Англией, готовился к нападению на Советскую Россию. Нужно было опередить его и немедленно нанести удар.
Вооруженные силы, которые советское командование могло послать в Бухару, были в четыре раза меньше, чем войска эмира. Однако Куйбышев и Фрунзе были твердо уверены в победе. Они знали, что красноармейцы будут сражаться за честь своей Родины, за освобождение трудящихся Бухары.
Предстоял трудный, утомительный поход по пескам раскаленной, безводной пустыни, где повсюду сновали шайки басмачей. Много бессонных ночей провели Фрунзе и Куйбышев, подготовляя этот поход, составляя план боевых операций.
В конце августа 1920 года, в шестидесятиградусную жару, двинулась красная конница, за нею пехота, артиллерия. Под ногами бойцов зыбучие пески. А сверху палило раскаленное солнце. По синему небу плыли и таяли белесые облака, гонимые разгоряченным ветром.
Боевые операции против войск эмира начались успешно. Ими руководил непосредственно Фрунзе, выехавший на фронт. Куйбышев же оставался в Ташкенте и оттуда оказывал всяческое содействие. Между собою Фрунзе и Куйбышев держали связь по телеграфу. 31 августа, в самый разгар боев за город и крепость Бухару, Куйбышев вызвал к прямому проводу Фрунзе:
— Здравствуйте, Михаил Васильевич! Вызвал вас, чтобы информироваться не столько в обстановке, которая вам, очевидно, недостаточно ясна за отсутствием связи, сколько о ваших впечатлениях и предположениях. Сообщаю, в Ташкенте бухарскими революционерами с нашего согласия или, вернее, при нашей инициативе арестован в консульстве бухарский консул со всеми его служащими.
— С обстановкой действительно знаком не вполне. В близлежащих районах, то есть на шахризябском и зиаэддинском направлениях, все обстоит благополучно: вероятно, Китаб занят еще вчера, но донесения не поступало, ибо идет конной почтой. Несколько озабочиваюсь обстановкой под Бухарой, где дело должно было быть решено если не в первый, то во второй день, а между прочим, до сих пор нет известий по окончательному разрешению вопроса. Вчера отдал приказ командарму I бросить на помощь что можно со стороны Чарджуя. Сегодня буду производить группировку в районе Кизил-Тепе для удара с северо-востока; сегодня же предварительно предполагаем занять район Кермине. В общем и целом операция пока что развивается успешно. Настроение твердое.
Проинформировав друг друга о положении на фронте и в крае, Фрунзе и Куйбышев договорились о плане дальнейших действий.
Их совместные усилия вскоре увенчались полным успехом. Однако победа над врагом потребовала от советских войск большого напряжения. Нестерпимый зной расслаблял тело и волю бойцов. Мучительная жажда истощала силы. Непролазные пески замедляли движение.
Но все лишения и препятствия были преодолены.
Из мертвой пустыни советские войска, наконец, спустились в цветущую долину. Показалась красочная Бухара, столица эмира. С разных сторон подошли к ней красноармейские полки, обложили ее, взяли в крепкие клещи.
Эмир со своими войсками укрылся за толстыми стенами крепости Старой Бухары. Надо было брать ее штурмом.
Свинцовым дождем из ружей и орудийными снарядами были встречены отряды штурмовиков. Целый день шла кровопролитная битва, но победа не была одержана. С рассветом второго дня штурм возобновился, но также безуспешно.