Еще в конце июня Ленин благоразумно покинул Петроград, отправившись в Финляндию отдохнуть на даче отнюдь не бедствовавшего большевика Владимира Бонч-Бруевича. В этом был не столько политический расчет, сколько физическая необходимость: тяжкая болезнь сосудов мозга, которая через неполных семь лет сведет его в могилу, вдруг резко обострилась, потребовав кратковременного, но полного отхода от дел. При первом же известии о беспорядках в Петрограде Ленин вернулся, обратился с балкона дворца балерины Кшесинской, где разместился штаб большевиков, к небольшой толпе, но был встречен без всякого воодушевления. Приказ о его аресте, как и об аресте других большевистских лидеров, тем временем уже был подписан.
Благодаря своевременной утечке информации из министерства юстиции, Ленину и Зиновьеву удалось скрыться, а Коллонтай вместе с Шадурской арестовали еще на шведско-финляндской границе. Зою, впрочем, почти сразу же отпустили, а Александру поместили в известную (существующую и поныне) петроградскую тюрьму Кресты. Туда же были уже заключены Троцкий, Луначарский, Раскольников, Ганецкий по обвинению в причастности к афере с германскими деньгами; Каменев, Дыбенко, Владимир Антонов-Овсеенко и другие большевики — по обвинению в организации заговора против Временного правительства. Через несколько дней Коллонтай перевели в Выборгскую женскую тюрьму. Условия заключения были не Бог весть сколь суровыми. Во всяком случае, Миша и Зоя имели возможность не раз ее посетить, снабдив не только предметами первой необходимости, но и домашними пирогами, пирожными, трюфелями — Александра была немыслимой сладкоежкой.
Арест еще выше поднял и без того уже достаточно высокий ее престиж в партийных кругах. Ни до, ни после он ни разу не поднимался до такого уровня. Валькирия Революции, как и остальные арестанты и беглецы, незримо присутствовала на тайно открывшемся Шестом партийном съезде. Реальный президиум съезда, руководивший его работой, составили пять человек: Сталин, Свердлов, Ломов, Ольминский и Юренев, почетный — и самый главный — Ленин, Зиновьев, Каменев, Троцкий, Коллонтай и Луначарский. Стенограмма не велась, подлинные протоколы не сохранились. Девять лет спустя Институт истории партии безуспешно пытался установить, кто же в точности на этом съезде был избран членом ЦК. Путем опроса свидетелей и сопоставления имевшихся документов удалось установить 22 имени. Вместе с Лениным, Троцким, Зиновьевым, Каменевым, Бухариным, Рыковым, Сталиным, Свердловым была избрана и Коллонтай. Даже вовлекшая ее в революцию и ставшая партийным функционером Елена Стасова в ЦК не попала.
Дыбенко писал узнице Выборгской тюрьмы восторженные письма, но бдительная стража послания председателя Центробалта «гражданке Коллонтай» передавать отказалась. Обитатели Крестов использовали прогулки для политических собраний, в которые нередко вовлекались и другие арестанты, весьма далекие от политики. Троцкий предпочитал оставаться в камере и писать, но иногда выходил и он — в заграничном плаще и мягкой фетровой шляпе. Однажды во время общей прогулки с воли пришла весть о том, что около 4000 так называемых «межрайонцев» (меньшевики-интернационалисты, центристы, большевики-«примиренцы» и прочие) оптом приняты в партию. В их число входил и Троцкий, равно как и те, с кем Коллонтай жила и работала в Париже, в частности Луначарский. Это известие гулявшие по двору тюрьмы встретили криками «ура» и на радостях послали стражника в город за бутылкой водки… Через несколько недель после принятия в партию Троцкий уже стал членом ее Центрального Комитета.
Коллонтай пребывала в худшем положении — в женской тюрьме не было ни одной политической арестантки. На свидания в основном приходила Зоя, изредка Щепкина-Куперник. Проводив их, Коллонтай тотчас садилась за письма к ним же: не успела наговориться. «Моя бесконечно любимая, дорогая, близкая моя! — писала она Зое. — Ты только что ушла, только что кончился мой праздник — свидание с тобой. […] В первые дни я много спала. Кажется, выспалась за все эти месяцы напряженной работы […] Ощущение, будто я не только отрезана, изолирована от мира, но и забыта».