Тогда как она, восторгался автор, считая излишним иллюстрировать свои слова соответствующими примерами, «при всех ее недостатках, замечательна в нашей исторической литературе как одна из первых попыток ввести научные приемы при разработке русской истории и историческую критику, без которой история немыслима как наука» (хотя тут же ученый говорил, что Ломоносов подметил в диссертации «довольно справедливо какое-то особенное довольство, с которым Миллер указывает все неудачи и неуспехи славян. Хотел ли Мюллер, писавши так, показать свое беспристрастие во времена, когда считалось чуть ли не святотатством сомневаться в истине баснословий Синопсиса, или же он, как иноземец, питал затаенное чувство против России и русских, что не редкость между иноземцами, даже навсегда поселившимися в России, только в речи его есть не мало неприятного для самолюбия русских...», и что Ломоносов «весьма верно» указал на неправоту Миллера, выводившего имя Холмогор «от Голмгардии, которым его скандинавцы называли»). Чувство неприятия Ломоносова-историка, защищавшего «мнение киевского Синопсиса о славянстве варягов» и «во имя патриотизма и национальности» идущего на все тяжкие, усиливалось разговорами о том, что он проводил «в исторические исследования национальное пристрастие и нетерпимость...», что патриотические соображения «в его исторических трудах были всегда на первом месте» и что с 1755 г. большая часть его времени поглощается на «ожесточенную» борьбу с его личными врагами-иностранцами, которой «предавался наш академик со всем увлечением и жаром, которых в нем не могли истребить лета и никакие сторонние соображения».
Голос Пекарского-защитника норманиста Миллера и одновременно голос Пекарского-обвинителя «ожесточенного» патриота Ломоносова, «человека страстного, постоянно взволнованного, рассерженного, негодующего», только и занимавшегося «со всем увлечением и жаром» травлей личных врагов-иностранцев, звучал и в том, что если бы даже Миллер «действительно намеренно выставлял одни темные стороны, то и тогда его можно бы было упрекать в пристрастии и увлечениях, недостойных серьезного ученого, но все это еще очень далеко от политической неблагонадежности. Между тем Ломоносов именно к этому клонил свои обвинения», когда критиковал труды Миллера, опубликованные в «Ежемесячных сочинениях» (обвинения Ломоносова против Миллера, подчеркивал автор, «главнейшее касались цензуры статей его, а также и вообще Ежемесячных сочинений. Ломоносову казалось, что историограф был недостаточно патриотом в своих статьях по русской истории и этнографических исследованиях», что в январе 1761 г. он собрал эти обвинения в статье и послал ее к президенту Академии), что он Миллера считал врагом «просвещения в России», что «запальчиво нападает» на Байера «за его сближение имен первых русских великих князей с скандинавскими» и с «болезненной раздражительностью» отнесся к планам Шлецера и сообщил о нем в Сенат, т. к. тот «ему казался уже неблагонадежным и по политическим соображениям».
В конечном итоге Пекарский заключил (а точно так считал и Шлецер), что «не подтверждается мнение, что Ломоносов сделал в области естественных наук великие открытия, будто бы оставшиеся неизвестными до нашего времени только по равнодушию русских к отечественным гениям» («нашлось, - продолжал далее исследователь, - также не мало опровержений тому, чтобы великий наш писатель был постоянно тесним и угнетаем, отчего будто бы он и не успел осуществить все задуманное им. При всей своей гениальности и необыкновенных дарованиях у Ломоносова, как у всякого человека, были свои слабости, недостатки, и они вредили ему в жизни не менее его врагов»). Автор также привел слова Миллера, высказанные им в недатированном письме неизвестному, собиравшемуся написать историю Московского университета (а это где-то 1760-1770-е гг.), и которые, как при этом было подчеркнуто Пекарским, дают «нам понятие о том, как понимал Мюллер обязанности историка: "Так как вам угодно мне доверить ее, то позвольте вам предварительно высказать мои мысли на счет составления такой истории. Все заключается в трех словах: быть верным истине, беспристрастным и скромным. Обязанность историка трудно выполнить: вы знаете, что он должен казаться без отечества, без веры, без государя"»[88] (в устах норманистов эти слова станут, в нарушение принципа историзма, главным аргументом в пользу Миллера- историка и главным аргументом не в пользу Ломоносова-историка).