В генерал-губернаторстве высшие и средние звенья управления были германскими. Вместе с тем здесь оккупанты сохраняли низовое управление и некоторые элементы старого польского государственного аппарата: посты бургомистров в городах, а в гминах и деревняхвойтов и солтысов оставили полякам. Оккупанты сохранили ряд экономических институтов буржуазной Польши: торгово-промышленные палаты, кооперацию в деревне и т. д. Причина, по признанию Гитлера, была и в отсутствии кадров для полной замены польской администрации. В генерал-губернаторстве сохранились некоторые законы, принятые польским санационным правительством, но в основном действовало фашистское «право», исходившее из того положения, что только тот, кто принадлежит к германской расе, может считаться полноправным гражданином. Польское население было лишено политических прав. Были запрещены все польские политические партии, профессиональные союзы, культурные, научные и общественные организации. Поляки не имели гражданства и составляли бесправную массу «туземцев», «недочеловеков». Еще ниже стояли евреи и цыгане. Вся польская политическая и культурная жизнь перешла в подполье.
Гитлеровцы, исходя из расистских постулатов, геополитических теорий о жизненном пространстве, разработали планы «нового порядка» на европейском континенте. Первым полигоном для испытания теорий германского фашизма в их наиболее циничной и открытой форме стала Польша. В основу оккупационной политики были положены принципы уничтожения национального облика захваченной территории, национального самосознания поляков; истребление активных политических деятелей, национальной интеллигенции и низведение народного образования до самого низкого уровня; ассимиляция части местного населения; физическое истребление большего числа «непригодных к германизации»; превращение захваченных земель в аграрный придаток германской «империи»; создание на территории Польши плацдарма для нападения на СССР. Все это должно было воспрепятствовать освободительной борьбе. Эксплуатация экономики и рабочей силы, вплоть до уничтожения еепосредством непосильного труда, и организация голода в стране должны были способствовать уничтожению населения. Повышение брачного возраста —уменьшению воспроизводства населения. Однако со временем на проведение изменений этой политики стали влиять военные нужды германского империализма, а также положение на советско-германском фронте.
Начало организованному истреблению польского народа было положено в сентябре 1939 г., когда гитлеровские войска стремились уничтожить не только персонал польской армии, но и гражданское население. В результате погибло, по некоторым данным, около 200 тыс. гражданских лиц. Отправка в лагеря 420 тыс. пленных, боевые потери и эмиграция значительной части чинов Войска Польского – все это привело к сложностям в организации военного подполья, лишило его притока молодежи, способной носить оружие, и опытных руководителей.
Гитлеровцы еще до начала военных действий разработали планы уничтожения «руководящего элемента». Гауляйтеры на польских землях считали, что ликвидация творческой интеллигенции, политических и общественных деятелей явится необходимым условием деградации польского народа, воспрепятствует в будущем возрождению научного и культурного творчества, организации освободительной войны. Ликвидация «руководящего элемента» началась на «присоединенных» землях. «Политическое очищение почвы» проходило с середины сентября до конца декабря 1939 г. на основе проскрипционных списков, составленных еще до войны. В ходе «акции» особое внимание обращалось на политически активных лиц, особенно левых взглядов, лиц, активно участвовавших в антигерманских акциях.
В генерал-губернаторстве уничтожение «руководящего элемента» началось также в 1939 г. Черты планомерности ему придали в 1940 г. (акция АБ – «чрезвычайная пацификационная акция»). В результате ликвидации «руководящего элемента» погибли 52 тыс. человек. В частности, были убиты руководители левого крыла в ППС: Н. Барлицкий и С. Дюбуа, сторонники единого фронта с компартией и Народного фронта. Следующая волна уничтожения «враждебных элементов» прошла в связи с началом войны с Советским Союзом. Заключению подлежали строптивые ксендзы, «враждебные поляки» и коммунисты. Арестовано было несколько сот коммунистов и членов начавших создаваться рабоче-крестьянских организаций, социалистов и радикальных деятелей Стронництва людового.