В мае войска под командованием Джона Бургойна сняли осаду Квебека; Бенедикт Арнольд был вынужден отступить в Монреаль, а затем командовал арьергардом Континентальной армии, оставившей форт Сен-Жан (по свидетельству лейтенанта Джеймса Уилкинсона, он последним покинул форт перед приходом англичан). Конгресс велел Вашингтону послать в Канаду подкрепление, и генерал Салливан с тремя тысячами солдат отправился вверх по Гудзону; в распоряжении главнокомандующего осталось не больше десяти тысяч. «Нас ждет кровавое лето в Нью-Йорке и Канаде, — писал Вашингтон брату Джеку в конце мая, — именно сюда, сдается мне, будут брошены основные силы неприятеля, а мы, как ни жаль, к этому не готовы: нет ни людей, ни оружия».
Вашингтон бывал в Нью-Йорке только дважды, и ему требовалось лично осмотреться на местности. Однако вместо этого он был вынужден торчать в ставке, одолеваемый бесконечной бумажной работой, в том числе перепиской с Конгрессом. Основываясь на планах генерала Ли, он занялся возведением на каменистой возвышенности над Гудзоном двух фортов-близнецов, которые получили названия форт Вашингтона и форт Конституции; эти аванпосты должны были помешать англичанам подняться по реке в Канаду. Генерала Грина он поставил командовать Лонг-Айлендом, и его люди вместе с вновь прибывшей стрелковой ротой из Пенсильвании расположились в Бруклине. Кэти Грин и Люси Нокс со своими младенцами приехали к мужьям.
На Бруклинских высотах строился форт Стерлинга, а на противоположном берегу, у поселка Грейвсенд, еще три укрепления: форт Патнэма в честь Руфуса Патнэма, разработавшего чертежи укреплений, форт Грина в форме звезды на Ямайской дороге и форт Бокса, названный по имени майора Даниеля Бокса, одного из офицеров Грина. Каждый бастион был окружен широким рвом, они соединялись между собой системой траншей длиной в милю. Вооружившись топорами, солдаты рубили деревья, чтобы пушки могли стрелять без помех. Дисциплину установили суровую: солдат, ушедший без позволения, должен был неделю отработать без отдыха.
К началу июня в распоряжении Континентальной армии имелось 121 орудие на Манхэттене, на побережье Нью-Джерси, на Губернаторском острове и в Бруклине. Ежедневно на улицах и на городском выпасе проводились учения, чтобы превратить вчерашних крестьян в солдат.
Войска были расквартированы в пустующих домах, в том числе в роскошных особняках, которые быстро утратили свои пышные интерьеры. Королевский колледж, одно из самых больших и красивых зданий в городе, переделали под армейский госпиталь; книги из библиотеки вывезли, чтобы солдаты не сожгли их в печках.
Двадцать первого мая Вашингтон отправился в Филадельфию для консультаций по поводу военной стратегии, оставив вместо себя генерала Патнэма; за ним волочился шлейф слухов о том, что главнокомандующий хочет подать в отставку. Слухи не подтвердились: под давлением генерала Конгресс решил для привлечения новых солдат учредить премию в десять долларов за добровольное поступление в армию, а также создать военный совет под руководством Джона Адамса, который занимался бы вопросами армейского набора и снабжения войск. Кроме того, Вашингтон уговорил Джозефа Рида примкнуть к армии в должности генерал-адъютанта (начальника административного управления), но в чине полковника, вместо Горацио Гейтса, которого Конгресс отправил в Канаду.
В Филадельфии все разговоры вертелись вокруг провозглашения независимости Объединенных колоний от Великобритании; Вашингтон поднял на смех тех членов Конгресса, кто «до сих пор питается деликатесами примирения». Он знал, что Виргинский конвент в Уильямсберге уже высказался за независимость и Джордж Мэйсон сочинил Декларацию прав, в которой были строки: «Все люди рождаются равно свободными и независимыми и имеют определенные неотъемлемые естественные права… в том числе право на жизнь и свободу с правом приобретения и обладания собственностью и стремления к счастью и безопасности». Этот текст был впоследствии обработан Томасом Джефферсоном.
Джон Хэнкок, благодарный за спасение своей собственности в Бостоне, заказал Чарлзу Уилсону Пилу портрет Вашингтона на фоне освобожденного города. Главнокомандующий согласился позировать с большой неохотой. На портрете он выглядит вовсе не торжествующим победителем, а усталым, осунувшимся, даже плохо выбритым, озабоченным тяжелыми мыслями. В дневнике Пила содержится запись от 1 июня 1776 года: «Сегодня Континентальный конгресс объявил Объединенные Колонии свободными и независимыми штатами». Возможно, он несколько опередил события: 7 июня Ричард Генри Ли внес в Конгресс проект резолюции, провозглашавшей, что «Объединенные Колонии являются свободными и независимыми штатами».
Шестого июня Вашингтон вернулся к армии и был встречен барабанным боем и парадом пяти полков, маршировавших по Бродвею мимо статуи Георга III.