Василию казалось, что его честолюбивым мечтам никогда не суждено сбыться. Не прошло и двух месяцев после опалы, как радостный перезвон кремлёвских колоколов возвестил о венчании на царство Дмитрия, который был провозглашён великим князем Владимирским, Московским и Новгородским. Через год, однако, отец помиловал Василия, назначив великим князем Новгорода и Пскова, а позднее и великим князем всея Руси. Внука же своего, венценосного Дмитрия, и мать его Елену Иван Васильевич велел посадить за сторожи.
И вновь Василий в недоумении: что заставило отца изменить своё мнение о нём? Хитрые уловки матери или пошатнувшееся здоровье, мысли о скорой кончине и убеждение, что именно сын, а не внук наилучшим образом продолжит начатое им дело устроения Руси?
Василий Иванович всегда с большим почтением относился к своей матери. Она повидала мир, хорошо знала людей и свои познания стремилась передать сыну. С отцом у них были сложные отношения. Будучи женщиной чрезвычайно хитрой, Софья Фоминична оказывала на него сильное влияние, и Иван Васильевич, чувствуя это, сердился, старался поступать вопреки её намерениям и тем не менее делал так, как она хотела. Несмотря на противодействие большинства бояр, его мать сумела убедить великого князя в том, что только сын, а не внук, сможет стать достойным преемником.
Хотя Василий находился в те дни под стражей, ему стало известно, каким образом его мать, сама подвергшаяся опале, смогла добиться своего. Главный удар она направила не на Дмитрия, это вызвало бы раздражение у Ивана Васильевича, а на князей Патрикеевых и Семёна Ряполовского. Софья Фоминична нередко говаривала мужу о своём сожалении относительно того, что стала женой русского великого князя, с которым не считаются другие государи.
- Я отказала в руке своей богатым, сильным князьям и королям ради веры, пошла за тебя замуж, не ведая, что другие государи смеются над тобой. Взять хоть Казимирова отпрыска Александра. Его послы тебя даже великим князем всея Руси не величают. Кто виноват в этом? Твои нерадивые слуги, помышляющие только о бражничестве, а не о чести своего господина!
И вот то, чему Иван Васильевич первоначально не придавал существенного значения, вдруг стало весьма важным. Князья Патрикеевы и Семён Ряполовский, поступившиеся именем государя во время переговоров с литовским господарем Александром, угодили в опалу. Но эта опала лишь обнажила все заблуждения ближайших советников великого князя, которые внушали ему мысль о возможности и необходимости союза с Литвой и Молдавией. После того как Молдавия попала в кабальную зависимость от Ягеллонов, ошибки советников стали очевидными даже для слепого. События развивались так, как предвидела умудрённая житейским опытом Софья, и Иван Васильевич не мог не признать этого. Тогда-то он и снял опалу со своего сына.
Василий Иванович, с готовностью приняв на свои плечи бремя больших и малых забот, считал своим долгом по всем делам советоваться с матерью, Софьей Фоминичной. Казнённый по его приказу боярин Берсень-Беклемишев был прав, говоря Максиму Греку, что теперь государь наш, запершись сам-третей у постели своей матери, всякие дела делает.
Родные братья всю жизнь занозой сидели в его сердце. Умирая, Иван Васильевич наказывал им слушаться старшего брата во всем, почитать его как отца своего. Они же, презрев отцовскую волю, всячески пакостили ему, Василию, держали связь с заклятыми ворогами Руси, грабили принадлежащие ему селения, переманивали на свою сторону его бояр и князей.
Взять хоть Семёна калужского. В 1511 году видоки и послухи поведали великому князю о подготовке удельного князя к бегству в Литву. Он, Василий, велел Семёну незамедлительно явиться в Москву. Тот, догадавшись о намерениях старшего брата, начал просить его через посредство митрополита Варлаама, епископов и других братьев о помиловании. Василий простил провинившегося братца, но переманил у него бояр и детей боярских. Через семь лет Господь Бог прибрал Семёна.
Другой брат, Дмитрий углицкий, также немало бесчестил его, велел людям своим грабить деревни, принадлежавшие князю Ушатому. Когда же Василий Иванович вступился за своего слугу, Дмитрий не соизволил даже ответить ему. Господь Бог прибрал Дмитрия в 1521 году.
Наиболее нелюбим великим князем ныне здравствующий брат Юрий. Ещё в самом начале княжения Василия Ивановича литовский господарь Жигимонт направил к Юрию посольство вроде бы для того, чтобы просить его содействовать примирению между Русью и Литвой. На самом же деле Жигимонтов посол во время тайной беседы поведал удельному князю, что до литовского великого князя дошли достоверные слухи, будто многие князья и бояре, покинув брата его, Василия Ивановича, пристали к нему. Мало того, Жигимонт заверил Юрия, что хочет быть с ним в любви и крестном целовании, готов оказать ему любую помощь в его притязаниях на великокняжеский престол.