Новое выступление, видимо, произошло «в субботу сыропустную» 25 февраля 1609 года. Царю пришлось выслушивать с Лобного места обвинения в том, «что он человек глуп и нечестив, пьяница и блудник, и всячествованием неистовен, и царствования недостоин». Об открытом недовольстве правлением царя известно из послания патриарха Гермогена, обращенного к тем, кто переметнулся на сторону Лжедмитрия II: «И которая ваша братья, в субботу сыропустную, восстали на него государя и ложныя и грубныя слова изрицали, яко же и вы, тем вины отдал, и ныне у нас невредимы пребывают, и жены ваши и дети також во свободе в своих домех пребывают». Патриарх пытался убедить врагов царя, что семьи изменивших ему людей больше не преследуются, — это, судя по всему, и было одной из главных причин недовольства. Из другого послания патриарха Гермогена выясняются другие обвинения, прозвучавшие тогда в адрес царя: «На царя же восстание их таково бе: порицаху бо на нь, глаголюще ложная, побивает де и в воду сажает братию нашу дворян и детей боярских, и жены их, и дети в тайне, и тех де побитых с две тысячи; нам же о сем дивящеся и глаголющим к ним, како бы сему мочно от нас утаитися, и их вопрошающим: в каково время и на кого имянем пагуба сия бысть?» Патриарх Гермоген недоумевал, откуда могли взяться такие невероятные цифры казненных. Сам он, в свою очередь, укорял тех, кто переметнулся на сторону самозванца: «Не свое ли отечество разоряете, ему же иноплеменных многия орды чюдишася, ныне же вами обругаемо и попираемо?» Патриарх убеждал перестать поддерживать тушинского «царика» и обещал, что «о винах ваших у государя упросим».
Подобные обвинения в адрес царя Василия Шуйского исходили из Тушина. Они, несомненно, будоражили московский «мир», уставший от осады. Царю же сложно было спорить с ними. В тушинских грамотах умело выделялись слабые стороны правления царя Василия Ивановича: «Князя де Василья Шуйского одною Москвою выбрали на царство, а иные де городы того не ведают, и князь Василей де Шуйской нам на царстве нелюб и его де для кровь льется и земля не умирится, чтоб де нам выбрати на его место иного царя». Отвечая на этот в общем-то справедливый упрек, патриарх Гермоген создал формулу русского централизаторского самодержавия: «
Другое выступление против царя Василия Ивановича последовало с той стороны, откуда он меньше всего мог ожидать удара. В Москве был открыт заговор боярина Ивана Федоровича Крюка-Колычева, якобы замышлявшего убить царя Василия Шуйского в Вербное воскресенье 9 апреля 1609 года. «Новый летописец» писал об этом: «Боярин Крюк Колычов, на него сказал царю Василию Василей Буторлин, что он умышляет над царем Василием и в Тушино отпускает. Царь же Василей повеле поимати, и многих людей с ним переимаху, и ево и многих людей пытаху; и после пытки его повеле казнить на Пожаре, а кои в ево деле были, посадиша по тюрмам». Необычным здесь было то, что в измене обвинили одного из самых приближенных к царю Василию Ивановичу бояр, когда-то пострадавшего вместе с князьями Шуйскими после дела о неудавшемся разводе царя Федора Ивановича и Ирины Годуновой. Ивана Федоровича Крюка-Колычева называли даже «временщиком» царствования Василия Шуйского. И вот звезда боярина закатилась из-за каких-то очень темных обстоятельств. Слишком, видимо, уже был раздражен и обескуражен царь Василий Шуйский многочисленными изменами, поэтому поверил доносам на ближайшего боярина.