В конце 1448 года Василий II созвал наконец съезд епископов, главной темой которого было соборное поставление наречённого митрополита Ионы на кафедру. Оригинальность этого замысла состояла в том, что со времён Крещения Руси глава Церкви утверждался константинопольским патриархом. Только после этого он становился полноправным первоиерархом. Избрание митрополита собором русских епископов не противоречило церковным канонам, однако нарушало древнюю традицию и, в сущности, означало разрыв с патриархатом. Флорентийская уния 1439 года и история с митрополитом Исидором сильно уронили авторитет Константинополя в глазах московских «ревнителей православия». Однако иерархи понимали и другое. Утратив связь с константинопольским патриархом, они не только отступали от «заветов мудрой старины», но и оставались один на один с московской великокняжеской властью, тяжёлую руку которой дал почувствовать ещё Дмитрий Донской. Всё это заставляло иерархов весьма осторожно относиться к идее автокефалии (то есть «самоглавия», организационной самостоятельности) Русской церкви.
В декабре 1448 года в Москве собрались владыки, возглавлявшие крупнейшие епархии, — Ефрем Ростовский, Авраамий Суздальский, Варлаам Коломенский, Питирим Пермский. Ровно год назад они выступили с обличением Дмитрия Шемяки. Теперь им предстояло новое ответственное дело: избрать на митрополию намеченного великим князем на эту роль рязанского владыку Иону. Новгородский архиепископ Евфимий и тверской владыка Илья лично не явились, но прислали грамоты с согласием на избрание Ионы. В воскресенье 15 декабря 1448 года состоялась официальная церемония избрания Ионы первым русским автокефальным митрополитом.
(Святитель Иона до конца своих дней вынужден был доказывать сомневающимся законность своего возвышения. В завещании он говорит об автокефалии: «И сие убо створи сын нашь великый князь не кычением (кичливостью. —
Первое, что сделал Иона в новом качестве, — возвёл ростовского архиепископа Ефрема в сан архиепископа. Летописец объясняет это тем, что некогда ростовский владыка Феодор, племянник преподобного Сергия, получил сан архиепископа от константинопольского патриарха. Теперь митрополит Иона дал тот же сан владыке Ефрему. Такое скоропалительное повышение слишком похоже на заранее условленную награду. Не этот ли Ефрем был руководителем «избирательной кампании» Ионы? Недаром же Василий II провёл с ним два памятных дня в марте 1448 года на ростовском владычном дворе...
Возведя Иону на митрополичий престол, Василий II вправе был ожидать от него полной лояльности. Новый митрополит не замедлил её выразить. «По поставлении своём на митрополию Иона разослал окружную грамоту, обращённую к князьям, боярам, воеводам и всему “христоименитому людству” об изменах князя Дмитрия и отлучении, наложенном на него всем освящённым собором, если он возобновит свои покушения на великого князя, “на христианское нестроение и кровь”» (94, 403).
Весна 1449 года была на редкость ранней. Весеннее тепло волновало кровь. Дмитрий Шемяка, не выносивший долгого безделья, решил отбить у Василия II свою давнюю опорную базу — Кострому. Отсюда в случае успеха он мог начать очередное наступление на Москву. Конечно, начиная эту войну, Шемяка нарушал обещания и клятвы, которые он дал Василию II при заключении мира в Костроме зимой 1447/48 года. Но, может быть, и его, как недавно Василия, освободил от страшных клятв какой-нибудь верноподданный игумен?
За два года перед тем, в начале 1447 года, Василий II одолел Шемяку при помощи тверского князя Бориса Александровича. На сей раз Слепой едва ли мог рассчитывать на поддержку тверичей. 25 марта 1449 года, в самый праздник Благовещения, Тверь стала жертвой ужасающего пожара. Тверская летопись так говорит о его последствиях: «...потере град Тверь, и стена вся, и князя великого двор, и церкви и двори вси; а зажгли его Ростопчины дети, Иванко да Степуря. А зажгли его у Вользкых ворот пониже, на низ по Вълзе; а загорелся на раней зоре...» (25, 494). Называя имена поджигателей, летописец не сообщает, в чьих интересах они действовали. Однако вполне вероятно, что к пожару Твери приложил руку Дмитрий Шемяка. Сведение счетов с помощью «красного петуха» было обычным явлением в ту эпоху. Сожжением Твери Шемяка отомстил князю Борису за измену — переход на сторону Василия и захват Ржева. Но ещё важнее было то, что тверской пожар, а также тяжба Бориса Тверского с королём Казимиром IV, отнявшим у него Ржев, лишали великого князя главного союзника в той новой войне, которую готовился начать весной Галичанин.