Прибыв в Новосибирск, Ватутин сразу включился в привычный ритм штабной работы. Как и во время службы в штабе Северо-Кавказского военного округа, он принимает участие в инспектировании войск, в подготовке и проведении учений. В тот период в войсках округа происходило много изменений, связанных с дальнейшим наращиванием мощи Красной армии. На вооружение поступали новые танки Т-26, Т-28, БТ, Т-35, зенитные пушки и пулеметы, автоматическая винтовка С. Г. Симонова. Уходила в прошлое милицейско-территориальная система — всё больше частей и соединений становились кадровыми.
Совершенствовалась и боевая подготовка войск. Воины-сибиряки, а Ватутин теперь принадлежал к их числу, выступили инициаторами Всеармейского движения за отличное владение огневой, лыжной и маршевой подготовкой. Именно тогда родились в округе девизы «Лыжи — крылья солдата», «Сибиряк — значит отличный огневик». В целях повышения качества боевой и политической подготовки, улучшения физического воспитания и культурного досуга личного состава в войсках округа стали традицией длительные пешие и лыжные переходы.
Вскоре после первомайских праздников Ватутина вызвал к себе командующий войсками округа комкор Ян Петрович Гайлит (Гайлитис). Справившись о текущих делах, о том, как Ватутин освоился на новом месте, командующий протянул ему секретный приказ наркома обороны СССР Маршала Советского Союза К. Е. Ворошилова за № 058 от 11 апреля 1936 года «О формировании Академии Генерального штаба РККА».
— Ознакомьтесь, Николай Федорович, — с характерным прибалтийским акцентом сказал Гайлит. — А потом перетолкуем.
Гайлит был латыш по национальности. Участник Первой мировой войны, подпоручик, он в 1917 году принял сторону советской власти. В годы Гражданской войны командовал бригадой, дивизией, корпусом. В 1920-х годах — командующий войсками СибВО. В дальнейшем Гайлит командовал войсками Кавказского военного округа, был заместителем начальника Главного управления РККА, слушателем Военной академии им. М. В. Фрунзе, помощником командующего Минским укрепленным районом. Из Белоруссии его направили вновь командовать войсками СибВО. Так что это был опытный военачальник.
Приказ был небольшой, состоял всего из шести пунктов. Перед глазами Ватутина быстро побежали лаконичные строки: «1. Сформировать в г. Москве Академию Генерального штаба... 2. Академию подчинить непосредственно Начальнику Генерального Штаба РККА. 3. В 1936 г. в академии развернуть 1-й курс на 125 человек слушателей, которым приступить к занятиям с 1 сентября с.г. 4. Срок обучения 1,5 года. 5. Начальнику Строительно-квартирного управления РККА т. Левензон подыскать в 10-дневный срок помещение... 6. Командующим войсками военных округов и начальникам центральных управлений НКО выдвинуть кандидатов для поступления на 1-й курс академии в 1936 г. из числа лиц командного состава, изъявивших желание и окончивших одну из военных академий (преимущественно Военную академию имени М. В. Фрунзе) и на практической работе доказавших свою способность к работе в штабах крупного масштаба. Списки кандидатов представить Начальнику Генерального Штаба РККА к 10 июня с.г.».
Прочитав приказ, Ватутин возвратил его командующему.
— Как вы смотрите на то, чтобы вас направить на учебу в новую академию, — продолжил разговор Гайлит. — Я еще раз ознакомился с вашим личным делом, аттестациями и могу сказать, что вы полностью соответствуете требованиям, изложенным в приказе. Желаете учиться?
— Товарищ командующий, но я без году неделя, как в округе, — пытался было возразить Ватутин.
— Я это знаю. Также знаю, что за короткий срок вы зарекомендовали себя самым положительным образом, о чём мне уже доложил начштаба округа комдив Зиновьев. Учитесь, пока есть возможность...
Ватутину оставалось только поблагодарить командующего за оказанное доверие, что он и сделал. Так в судьбе нашего героя произошел очередной поворот. Сохранился приказ № 52 от 19 октября 1936 года, подписанный временно исполняющим должность командующего войсками округа комдивом И. З. Зиновьевым, об откомандировании Ватутина в академию: «Начальник 1 отдела штаба округа полковник Ватутин Н. Ф. согласно приказа Народного Комиссара командируется в Академию Генштаба РККА в качестве слушателя академии. Тов. Ватутин пробыл в должности начальника 1 отдела штаба округа всего лишь полгода. Однако и за столь короткое пребывание в штабе округа тов. Ватутин проявил себя чрезвычайно ценным штабным командиром. Будучи хорошо подготовленным, грамотным командиром, тов. Ватутин очень много способствовал оперативно-тактической подготовке высшего командного состава и штабов округа. Чрезвычайно ценная способность тов. Ватутина Н. Ф. — это его скромность, исключительная требовательность к себе, очень серьезное отношение к делу — служили образцом для всего командно-начальствующего состава штаба округа. Ныне, расставаясь с уважаемым Николаем Федоровичем, приношу ему глубокую благодарность за большую, исключительно ценную работу, проделанную им в штабе округа, и награждаю его ценным подарком».