С весны 650 г. началась мучительная агония восстания. Ассирийцы осадили Вавилон, Барсиппу, Сиппар и Куту. Здесь их главные силы были скованы. Отлично укрепленные города храбро защищались. Основные усилия ассирийцев были направлены на то, чтобы халдеи и эламиты не помешали осаде. Отныне исход войны решался боевыми операциями в плавнях Приморья и действиями ассирийской агентуры в Эламе.
На юге борьбу с халдеями вел Бэл — ибни, один из крупнейших политических и военных деятелей Вавилонии того времени. Халдей по происхождению, Бэл — ибни находился на ассирийской службе и отличился при защите Урука. В апреле 650 г. Ашшурбанипал назначил его наместником Страны Моря, поручив ему борьбу с Набу — бэл — шумате. Бэл — ибни успешно справился с этой задачей. Набу — бэл — шумате, потерпев несколько поражений и потеряв остров Дильмун, где хранились его сокровища, вынужден был покинуть Страну Моря и уйти в приморские районы Элама. Отсюда он повел против Бэл — ибни партизанскую войну. Это была борьба на истощение, и Бэл — ибни вел ее, мало считаясь с приказами Ашшурбанипала. Он чувствовал себя в Стране Моря самостоятельным князьком, и ассирийскому владыке приходилось это терпеть. Более того, Ашшурбанипал даже пожаловал Бэл — ибни чин туртана, высшее воинское звание в Ассирии.
Весной 649 г. Элам, оправившись от потрясений, вызванных поражениями Умманигаша II и переворотом, снова вступил в войну. Эламский царь Таммариту вторгся в Среднюю Вавилонию, где ассирийскими войсками командовал вавилонянин Мардук — шарру — уцур. И на этот раз положение спасла ассирийская секретная служба, всемерно способствовавшая новому перевороту в Эламе. Мятеж против Таммариту поднял Индабигаш, который не принадлежал к старому царскому дому, запятнавшему себя в глазах эламитов непрерывными предательствами, военными неудачами и сговором с ассирийцами. Разбитый Индабигашем Таммариту со своими братьями, родственниками и кучкой приближенных бежал морем. Его судно запуталось в лабиринте приморских плавней. Таммариту перебрался в лодку и после долгих скитаний еле живой от голода попал в плен к Бэл — ибни. Тот отправил пленника в Ниневию, где разыгралась сцена, описанная Ашшурбанипалом в следующих словах:
«Таммариту, его братья, его семья, семя дома его отца, вместе с 85 князьями, своими сторонниками, бежали от Индабигаша. Нагишом на своих утробах они приползли и явились в Ниневию. Таммариту облобызал ноги моей царственности и подмел землю своей бородой. Он занял место у колеса моей колесницы, зачислил себя для исполнения рабской службы мне. По велению бога Ашшура и богини Иштар, он умолял мое величество свершить его суд, оказать ему помощь. Он стоял передо мной и славил доблесть моих могучих богов, которые пришли мне на помощь. Я, Ашшурбанипал, широкое сердце, не помнящий зла, прощающий грехи, оказал милость Таммариту и поместил его самого вместе с семенем дома его отца в моем дворце».
Вместе с тем Ашшурбанипал заключил мир с новым эламским царем Индабигашем. Элам вышел из войны, но в то же время Индабигаш решительно пресек попытки ущемить суверенитет своей родины и отказался выдать ассирийцам Набу — бэл — шумате, укрывшегося на эламской территории.
Шамаш — шум — укин и вавилоняне оказались в полной изоляции. На помощь им пришли только арабы. Отряд бедуинов шейха Абиятэ прорвался в Вавилон через кольцо ассирийской блокады и бок о бок с вавилонянами защищал их город до конца.
Ассирийской армией, осадившей Вавилон, Барсиппу, Сиппар и Куту, командовал вавилонянин Мардук — аплу — иддин. Сперва он овладел Кутой, обеспечив свой осадный лагерь от нападений с тыла. Вавилон был сильно укреплен самими ассирийцами, строившими его стены, и теперь ассирийские солдаты беспомощно топтались перед ними целых два с половиной года. Мардук — аплу — иддин лишь все туже и туже стягивал кольцо блокады в надежде, что голод в конце концов заставит вавилонян сдаться.
Запасы провианта в Вавилоне начали истощаться. В деловом документе, составленном в городе в ноябре 650 г., читаем: «В эти дни в стране были голод и нужда, и даже мать не открывала двери своей дочери». Через год, в декабре 649 г., в документах делались такие пометки: «В эти дни город был осажден, и в стране были голод и нужда, народ умирал от недостатка пищи». По свидетельству Ашшурбанипала, вавилоняне «из—за голода ели мясо своих сыновей и дочерей, жевали кожаные ремни,… умирали от чумы, нужды и голода», а арабы, «которые вступили в Вавилон, из—за нужды и голода ели мясо друг друга».
Как часто бывает в годину бедствий, в Вавилоне нашлись негодяи, которые припрятали продовольствие и спекулировали им, наживаясь на страданиях своих сограждан. У них можно было купить из — под полы за 1 сикль (8,4 г) серебра 3 суту (15 л) ячменя, по цене в 10 раз выше обычной. Они охотно скупали у состоятельных людей земельные участки и рабов. А бедняки, чтобы спастись от голодной смерти, продавали им в рабство своих детей и самих себя.