Пророчество Иеремии сбылось. В мае 603 г. Навуходоносор снова отправился в поход, поставив своей целью покорить Иудею. Вавилоняне везли с собой осадные орудия, предназначенные для взятия Иерусалима. Иоаким покорился, не дожидаясь осады, и обязался платить дань Вавилону. В 602 г. Навуходоносор завершил покорение Заречья.
Вавилонское господство в Заречье, однако, не могло быть прочным, пока не был сокрушен Египет. В 601 г. Навуходоносор, как обычно, явился с армией в Заречье, собрал дань, а затем к нему подошли союзные скифские отряды, и в декабре он двинулся в Египет. Но фараон Нехо успел подготовиться к отпору. В ожесточенном сражении египтяне остановили врага. Навуходоносору пришлось отступить и вернуться в Вавилон. Потери вавилонян, особенно в коннице и колесницах, были настолько велики что понадобилось целых 20 месяцев, прежде чем Навуходоносор сумел восстановить боеспособность своей армии. Но и Египту победа досталась такой дорогой ценой, что фараон Нехо вообще отказался от мысли в ближайшие годы вести борьбу с Вавилоном за азиатские провинции.
В Заречье неудача Навуходоносора вызвала подъем антивавилонского движения. Иудея прекратила платить дань Вавилону. Пророки антивавилонской партии уверяли народ: «Не увидите меча, и голода не будет у вас, но постоянно мир дан вам на сем месте». На Иеремию, продолжавшего утверждать обратное, обрушились гонения. Даже его земляки из селения Анатот сочли нужным предупредить его: «Не пророчествуй во имя Яхве, чтобы не умереть тебе от рук наших».
И опять Иеремия оказался прав. В декабре 599 г. вавилонские авангарды снова появились в Заречье. Навуходоносор решил сломить Иудею. Целый год вавилоняне и их клиенты опустошали иудейскую землю. Наконец, в последних числах декабря 598 г. Навуходоносор выступил из Вавилона с главными силами и через месяц, в конце января 597 г., достиг Иерусалима.
Иоаким не посмел сопротивляться. С дарами он явился к Навуходоносору, но тот приказал заковать его в цепи и отправить в Вавилон. Затем Навуходоносор передумал: Иоаким и его приближенные были убиты, а их трупы без погребения брошены у ворот Иерусалима. На иудейский престол Навуходоносор посадил Иехонию, 18–летнего сына Иоакима. 3023 знатных иудея были уведены в вавилонский плен. Однако и этого Навуходоносору показалось мало. Вавилонская армия снова подступила к Иерусалиму. Иехония, видя, что сопротивление бесполезно, в марте 597 г. сдал город без боя. Навуходоносор увел в плен самого Иехонию со всей семьей, около 7000 воинов и около 1000 ремесленников. Вавилоняне захватили в качестве добычи все сокровища царского дворца и храма в Иерусалиме. Это произошло в начале мая 597 г., через 3 месяца 10 дней после воцарения Иехонии.
Так в 597 г. начался знаменитый «вавилонский плен» иудейского, народа. Общее число пленников достигло 10 тысяч человек, не считая угнанных вместе с ними домочадцев. Это был цвет иудейского народа, его имущие и наиболее социально — активные слои. Но часть иудейского гражданства осталась на родине. Навуходоносор сохранил автономию Иудеи и назначил ее царем Седекию, младшего сына царя Иосии, дядю Иехонии. Он наложил на иудеев дань и взял с Седекии клятву хранить верность Вавилону и не вступать в сношения с Египтом.
Земли и прочее имущество угнанных в плен иудеев перешли в руки «бедного народа земли», оставшегося в Иудее. Пленники, находясь в Вавилонии, долго не могли примириться с этим. Они считали только себя истинным Израилем, а законным царем только Иехонию. томившегося в вавилонской темнице. К оставшимся на родине иудеям они относились с презрением, именуя их «очень плохими смоквами», а себя называли «очень хорошими смоквами».
Египет оставался безучастным зрителем расправы над Иудеей. Война за «ассирийское наследство» закончилась. Вавилон стал хозяином всей Сирии, Палестины и Финикии. В вавилоно — египетском соперничестве наступила пауза.
В эти годы внимание Навуходоносора и вавилонян было приковано к скифской угрозе. У ног хищных кочевников лежали разграбленные ими Мидия, Урарту, Манна, Ассирия, Заречье, Малая Азия. Только Египет и Вавилония, самые богатые страны Ближнего Востока, избежали этой участи. Египет был слишком далек и недоступен. И вот жадные взоры степняков обратились на Вавилон, который до этого времени считался их союзником.