Набонид в полном смысле слова был «своим человеком» олигархии, и халдеи, естественно, не могли согласиться на его воцарение. Они продолжали поддерживать Лабаши — Мардука. В Вавилонии оказалось два царя, причем в Сиппаре, например, одни признавали Лабаши — Мардука, другие — Набонида. Нависла реальная угроза гражданской войны, которая не входила в расчеты ни олигархии, ни Набонида. И тогда Набонид прибег к ловкому политическому ходу. Он женился на царице — египтянке Нитокрис, вдове Навуходоносора II, и усыновил царевича Бэл — шар — ру — уцура (Валтасара), сына Навуходоносора II и Нитокрис. Тем самым Набонид привлек на свою сторону халдеев, считавших Валтасара более законным наследником престола, чем Лабаши — Мардука. Кроме того, Валтасар был связан с деловыми кругами Вавилона, в частности с домом Эгиби. Лабаши — Мардук оказался в изоляции. В июне 556 г. он был убит, и престол остался за Набонидом.
Переворот 556 г., как и переворот 560 г., закончился компромиссом между олигархией и халдеями. Олигархи не допустили перехода царской власти по наследству и посадили на престол своего человека, но все же им пришлось сделать уступку принципу легитимизма: Набонид породнился со своей династией, и рядом с ним появился царевич — халдей Валтасар. Старый спор так и не был решен.
В Мидии убийство Лабаши — Мардука, захват вавилонского престола Набонидом и его женитьбу на египтянке Нитокрис расценили как враждебные акции и предлог для войны. В 555 г. против Вавилона выступила союзноя с Мидией киликийское царство Хуме — именно его в 557 г. Нергал — шарру — уцур защищал от нападения соседнего царства Пиринду, союзника Лидии. Набонид разбил киликийцев без особого труда. В честь победы во время праздника Нового года 28 апреля 554 г. он подарил храмам Эсагиле в Вавилоне, Эзиде в Барсиппе и Эмешламу в Куте 100 талантов 21 мину (3040,6 кг) серебра, 5 талантов 17 мин (160 кг) золота и 2850 пленных киликийцев.
Затем Набонид посетил города Урук, Ларсу, Ур и другие, сделав богатые дары их храмам. Однако за спиной Хуме стояла Мидия. В 554 г. мидяне перешли вавилонские границы и осадили Харран.
Территория Вавилонской империи представляла собой полумесяц, в самом центре которого находился Харран. Овладев этим городом, мидяне одним ударом отрезали бы Вавилон не только от богатого Заречья, но и от Египта и Лидии, его потенциальных союзников. Набонид никак не мог допустить падения Харрана. Он с армией стоял в Хамате, в центре Сирии, но не решался на открытое сражение с мидянами. Исход войны был решен в Иране. Здесь в 553 г. против мидийского царя Астиага подняли восстание персы во главе со своим царем Киром. Мидянам пришлось срочно снять осаду с Харрана и спешить на защиту своей родины. Вавилон избавился от войны с Мидией.
И вот в это — то время пришел конец согласию между олигархией и «ее человеком» Набонидом, который, оказалось, имел свой собственный взгляд на царскую власть и не собирался быть послушным орудием в чужих руках. Поводом для столкновения послужил вопрос о восстановлении храма Эхулхул в Харране.
В свое время Харран принадлежал к числу привилегированных городов Ассирии. Эхулхул, храм бога луны Сина, в последний раз был восстановлен с большой пышностью Ашшурбанипалом столетие назад. В 610 г. его разграбили скифы. Теперь Набонид начал в Эхулхуле реставрационные работы, не жалея ни золота, ни серебра, ни кедров. К строительству привлекли войска и все население империи от Газы на египетской границе до Персидского залива. Набонид разыскал закладные камни ассирийских царей Салманасара II (859–824 гг.) и Ашшурбанипала (669–627 гг.) и восстанавливал храм по ассирийскому, а не вавилонскому образцу. Он осмелился поставить в Эхулхуле такого же быка, какой стоял перед вавилонской Эсагилой, и не скрывал намерения придать Эхулхулу то значение, которое имел ниппурский храм Экур, древняя шумеро — вавилонская святыня.
Олигархия верно усмотрела в действиях Набонида посягательство на права и прерогативы крупнейших храмов Вавилонии, попытку найти опору среди провинциалов, особенно арамеев, поставив их рядом с вавилонским гражданством. И олигархия организовала отпор царю, настроив против него гражданство, и так недовольное налогом — урашу, который ему приходилось платить по случаю строительства в каком—то провинциальном Харране. Вавилоняне отказались строить Эхулхул (т. е. платить урашу). Но Набонид твердо стоял на своем. Он заявил им: «Пока я не закончу строительство Эхулхула и не осуществлю мое желание, запрещаю праздники и отменяю праздник Нового года!» Таким тоном с вавилонянами никто еще не разговаривал со времен Синаххериба и Ашшурбанипала. А далее за словами последовали дела, беспримерные в вавилонской истории: царь покинул свое царство и не появлялся в Вавилоне целых 10 лет подряд!