17 декабря 1927 г. приказом АОУ ОГПУ № 288 были объявлены новые штаты ЭКУ ОГПУ, в состав которого стало входить девять отделений и Канцелярия. По его штатам проходит уже 151 человек.
Преобразования коснулись не только Центрального аппарата, но и местных экономических подразделений.
Созданные экономические отделения зачастую входили на правах структурных подразделений в секретно-оперативные отделы. В связи с этим Коллегией ВЧК 29 апреля 1921 г. было принято решение об организации экономических отделов в Губчека отдельно от секретно-оперативных, и в первую очередь предлагалось организовать такие отделы в промышленных районах.
Данное решение способствовало налаживанию прямых связей ЭКУ Центра со своими линейными подразделениями на местах.
28 августа 1921 г. приказом ВЧК № 272 при местных Губчека были организованы самостоятельные экономические отделы. При организации отделов их разбили на 1-ю и 2-ю группы. К 1-й группе относились Губчека Москвы, Петрограда и Харькова, ко 2-й — 22 промышленных центра, в остальных Губчека экономические отделения продолжали входить в состав секретно-оперативных отделов.
Экономические отделы 1-й группы были разбиты на четыре специальных отделения, ведущих работы в области промышленности, продовольствия и сельского хозяйства; мелкой и кустарной промышленности; по общим делам (остальные отрасли хозяйства и административной жизни).
В крупных торговых городах, где имелись таможни, могли быть организованы 5-е отделения.
8 сентября предыдущий приказ был дополнен: экономические отделы 2-й группы были созданы еще в пяти областях.
Местные аппараты ЭКО вначале строились в соответствии со значением губернских и областных отделов, т. е. категория ЭКО соответствовала категории местных органов. 5 апреля 1922 г. приказом ГПУ № 40 было объявлено штатное расписание и таблица распределения по категориям губернских отделов ГПУ. По особому штатному расписанию было создано ЭКУ Госполитуправления и ЭКО Московского, Петроградского губернских отделов и Госполитуправление Украины. По первой категории прошло 20 губернских промышленных центров, по второй — 36, по третьей — 39. По штатному расписанию в отделениях по первой категории предусматривалось создание экономотделов из семи человек, по второй — из пяти, по третьей — из двух. В ЭКО ПП — 10 человек.
Кроме того, приказом ГПУ от 17 мая того же года особые отделы Петроградского, Западного, Юго-Западного, Северокавказского военных округов и Туркестанского фронта предлагалось слить с соответствующими полномочными представительствами и организовать при них экономические отделения, по штатному расписанию которых должны были проходить 10 человек.
По приказу ГПУ № 133 от 12 июля 1922 г. по штатам первой категории стали проходить восемь человек, второй — пять, третьей — один, четвертой — один, в ЭКО ПП — 15 человек.
Распределение по категориям проводилось по политическим принципам, что зачастую не соответствовало экономическим интересам. Так, например, к 1-й категории были отнесены ЭКО Воронежского, Тамбовского губотделов, а к третьей — ЭКО таких районов, как Харьковский и Грозненский.
Для урегулирования этого вопроса был издан приказ ГПУ № 189, где ЭКО распределялись по принципу экономического значения района. Было выработано четыре категории ЭКО. По штатному расписанию по первой категории стали проходить 11 человек, второй — шесть, третьей — три, четвертой — один. Согласно приказа ГПУ № 133 в полномочных представительствах в ЭКО был оставлен штат в 15 человек. В Москве, Петрограде и ПП Украины были-установлены внекатегорийные штаты, а для ЭКО Донецка и Екатеринбурга — особые.
Всего по СССР по экономической линии работали 620 человек.
20 февраля 1923 г. для непосредственного обслуживания хозорганов на местах при губотделах ГПУ были объявлены новые штаты экономотделений, которые от важности промышленного значения района так же, как и предыдущие, делились на четыре категории (приказ ГПУ № 62). По штатам первой категории проходили одиннадцать человек, второй — шесть, третьей — три, четвертой — один. Всего на территории РСФСР было организовано 68 отделений, из коих вне категории — три, 1-й категории — 8; 2-й -16; 3-й — 13; 4-й — 28.
Для координации и централизации работы местных экономотделений отделения губотделов, где находились полномочные представительства ОГПУ, были объединены с экономотделами ПП.
Последним были приданы функции окружных отделений, направляющих и регулирующих работу местных ЭКО. Этим была достигнута централизация местных органов. ЭКУ освободилось от непосредственного руководства 68 аппаратами, сведя эту работу к руководству восемью аппаратами ПП.
В связи с сокращением штатов приказом ГПУ от 20 февраля 1923 г. экономические отделения на местах, там, где они были предусмотрены, вошли в секретно-оперативную часть, которая объединяла также работу секретного, особого, контрразведывательного, информационно-агентурного и регистрационно-статистических отделений.