Заседания биологического отделения в дни выборов 1946 года в Академию наук превратились в поле острой борьбы. Т. Д. Лысенко выдвинул кандидатом в члены-корреспонденты своего ученика А. А. Авакяна. В результате многодневной борьбы и я и А. А. Авакян были избраны. Но на этом выборная борьба не кончилась.
Избрание на заседаниях отделений утверждается общим собранием АН СССР. Только после голосования на общем собрании оно получает все правовые основания. Т. Д. Лысенко на общем собрании АН СССР выступил с протестом. Он зачитал следующее заявление:
"Считаю своим долгом как ученый, болеющий за судьбы нашей советской генетической науки и в известной степени отвечающий за ее развитие в Академии, довести до сведения Общего собрания академиков мое мнение по поводу избрания Николая Петровича Дубинина членом-корреспондентом.
Дубинин не имеет никаких реальных заслуг ни в области научной биологической теории, ни в области практики. В то же время Дубинин является вожаком антимичуринской группы генетиков, представляя в нашей генетической науке идеологию консервативных и даже реакционно настроенных в идеологическом отношении зарубежных биологов.
Я считаю своим долгом выступить с настоящим заявлением как с мотивом моего голосования против утверждения кандидатуры Николая Петровича Дубинина членом-корреспондентом Академии.
Академик Т. Д. Лысенко
4.XII.46 года".
Однако это заявление Т. Д. Лысенко успеха не имело. Общее собрание Академии наук СССР утвердило выборы, проведенные биологическим отделением.
Следует сказать, что в то время Т. Д. Лысенко занимал весьма влиятельное положение в сельскохозяйственной науке, в Высшей аттестационной комиссии (ВАК), в Комиссии по присуждению Государственных премий.
Некоторые ученые, работавшие ранее в области классической генетики, исходя, видимо, из неправильно понятых перспектив будущего развития советской биологии, отказались от своих взглядов и заявили о своей приверженности идеям Т. Д. Лысенко. Среди них оказались Н. И. Нуждин и X. Ф. Кушнер, старые сотрудники Института генетики, работавшие в нем еще при Н. И. Вавилове.
В 1945 году Н. И. Нуждин на материале дрозофилы попытался обосновать некоторые идеи Т. Д. Лысенко об адекватной направленной наследственной изменчивости. Эти данные вошли в его докторскую диссертацию, которая была послана мне на рецензию. Я не согласился с рядом глав этой диссертации. Возник конфликт как на самой защите, которая проходила в Институте эволюционной морфологии АН СССР, так и при прохождении этой работы в Высшей аттестационной комиссии.
Защита этой диссертации состоялась в круглом зале биологического отделения на Большой Калужской, 33, который был полностью заполнен людьми.
Ученый совет проголосовал за присуждение соискателю степени доктора биологических наук. Я подал протест в Высшую аттестационную комиссию. Настал день, когда Н. И. Нуждин и я были вызваны для объяснений на пленум ВАК. Хорошо помню, что на этом заседании ВАК председательствовал С. В. Кафтанов, присутствовали академики Т. Д. Лысенко, А. Н. Колмогоров, А. А. Благонравов, Б. Н. Юрьев, президент Академии педагогических наук И. А. Каиров и другие. После выступления я вышел из зала заседания и сел в дальнем углу соседней комнаты. Спустя несколько минут из этого же зала вышел взволнованный Нуждин. Он встал, ожидая кого-то у двери. Через две минуты вышел Лысенко, что-то сказал Нуждину и, улыбнувшись, ушел обратно. Нуждин стоял один, лицо его сияло. Но я не сожалел о своем поражении, зная, что в сражениях за научную генетику впереди будет еще много невзгод. Да и разве это было поражение? Если и да, то только формально. На самом же деле это была моя большая победа в нравственном отношении.
Прошло немного времени после этого, и стала создаваться вполне благоприятная обстановка. На банкете, посвященном выборам 1946 года в Академию наук СССР, С. И. Вавилов подошел ко мне и провозгласил тост за развитие истинной генетики. Напротив меня сидел член-корреспондент А. П. Виноградов, будущий академик и вице-президент Академии наук СССР. С. И. Вавилов приветствовал его и пожелал успехов науке о Земле. Затем он приветствовал избранного тогда самого молодого академика Мстислава Всеволодовича Келдыша, будущего президента Академии наук СССР.
Президиум Академии наук СССР во главе с С. И. Вавиловым проводил серьезную, продуманную работу по развитию генетики в нашей стране. Я много раз беседовал по этим вопросам с Сергеем Ивановичем и всегда получал от него полную поддержку. Поскольку Институт генетики под руководством Т. Д. Лысенко современными проблемами генетики не занимался, была договоренность об организации нового института, под названием Института цитологии и генетики, которому предполагалось поручить исследование проблем наследственности с широким привлечением методов математики, физики и химии.