Тем не менее деятельность подразделения оставалась не на высоте поставленных задач, причиной чего был, с одной стороны, часто недостаточный профессионализм исследователей, а с другой — недостижимый уровень, на который им следовало выйти. Существовала чудовищно преувеличенная оценка числа германских женщин, умерщвленных в процессе инициированной церковью многовековой охоты на ведьм, в 9 500 000 жертв: такое количество без аргументации, опирающейся на исследования, привел в своем сочинении Альфред Розенберг (а до него, хотя без конкретной цифры, Матильда Людендорф). Подкрепить эту оценку своими исследованиями члены подразделения так и не смогли. В ходе разысканий им удалось подтвердить только несколько десятков тысяч смертей, что руководство Главного управления имперской безопасности сочло свидетельством профессиональной непригодности. Ввиду этого в начале 1944 года по приказу Гиммлера деятельность исследовательской группы
Hexenkommando была официально прекращена.Справедливости ради стоит добавить, что искать материалы в раздираемой войной Европе было весьма затруднительно, и со стороны архивов, куда обращались члены группы, сотрудничество с ними, как это вытекает из переписки, было крайне вялым и неохотным. Материал, который удавалось получить группе д-ра Левина, собирался в результате долгих переговоров с архивариусами, антикварами, букинистами и т. д. Любопытно в данном отношении дело о нелегальной торговле архивными материалами, приобретение которых Левином финансировалось за счет средств Главного управления имперской безопасности. О фальсифицировании документов, взятых из государственных архивов, см. показания узника концлагеря Заксенхаузен Герберта Бланка в протоколах Нюрнбергского процесса, а также раздел бухгалтерских книг
Hexenkommando, инв. №V.a-V.b.Последние записи о деятельности исследовательской группы датируются январем-февралем 1944 года, однако некоторые ее члены продолжали переписываться и позднее. Их корреспонденция является частью картотеки инв. №УП и рассортирована по фамилиям отправителей в алфавитном порядке (VII.a.-VII.m.).
В конце войны весь обширный архив
SS-Hexen-Sonderkommando был вывезен и спрятан, вероятно, кем-то из сотрудников подразделения. В 1946 году он был обнаружен в городе Слава Слёнска на территории современной Республики Польша и включен в Польский государственный архив в Познани. Копии документов находятся в Государственном архиве во Франкфунте-на-Майне.