Важные эволюционные выводы сделаны и в области молекулярной филогенетики голосеменных и покрытосеменных растений, когда в ходе многолетних работ были накоплены и сопоставлены данные по скорости нуклеотидных замен не по одному, а сразу по нескольким рибосомным генам. Результаты молекулярной палеогенетики привели к выводу о монофилии двух основных групп растений и к тому, что их разделение произошло очень давно, около 350 млн. лет назад. По любым масштабам — задолго до того, как сформировались все ныне живущие и вымершие группы голосеменных растений. И тут возникло трудное несоответствие: классические палеоботаники не находят никаких следов появления покрытосемянных ранее чем 140 млн. лет назад. Предстоит решить: надо ли тщательно искать следы прародича покрытосемянных или же данные молекулярной филогенетики плохо отражают реальный ход эволюции и, как метафорически писал Любищев, некоторые деревья придется пустить на дрова? (Антонов, 2000). Достижение согласия между феносистематикой и геносистематикой — трудная, необходимая и реальная задача. Здесь важен диалог и осознание дилеммы правильности и точности.
1.3. Плюралистическая методология в истории науки
1.3.1. Принцип несовместимости и контраста
Для описания споров и противоречий в развитии генетики весьма продуктивны эпистемологические подходы, развитые П. Фейерабендом (1986). Проанализировав понятийную структуру и основания, на которых в науке строятся гипотезы, а также социально-психологические особенности динамики знаний, П. Фейерабенд обосновал тезис о принципиальном сходстве науки и мифологии. Он предвидел естественное возражение оппонентов, что наука основана на фактах и гипотезах, которые непосредственно отображают действительность, в то время как религия и мифы устремляются в область грез, где все возможно и далеко от реальности.
Это обычное возражение П. Фейерабенд парирует доводом, что каждая идеология и форма жизни имеет свои позитивные достижения.
Эпистемология Фейерабенда включает принцип плюралистичности и пролиферации научных гипотез. Гипотезы обычно выдвигаются на интуитивном предрассудочном уровне и селектируют факты в свою пользу, никогда не охватывая весь их имеющийся в данное время набор. Монбланы фактов одной гипотезы обычно оставляют без внимания Гималаи фактов, которые находят приют в другой гипотезе и до поры до времени держатся в запасниках или объясняются дополнительными гипотезами
Несовместимость гипотез П. Фейерабенд вовсе не считает слабостью. Гипотезы следует сравнивать не с фактами (которых всегда множество и они противоречивы), а с другими гипотезами, ибо предрассудки обнаруживаются скорее всего благодаря контрасту исходных постулатов и выводов. Именно благодаря контрастам и множеству альтернативных допущений появляются стимулы искать и обнаруживать новые, не предусмотренные данной концепцией факты. "Методологическая единица", на которую следует опираться при анализе состояния и динамики развития определенной области знания, образуется "всем множеством частично пересекающихся, фактуально адекватных, но взаимно несовместимых теорий". И на этом П. Фейерабенд настаивает особо (1986. с. 170).