1. Гель-электрофорез нуклеиновых кислот. В геле фрагменты молекул ДНК и РНК движутся тем быстрее, чем они меньше. Подбирая условия, можно разделять олигонуклеотиды, отличающиеся по длине всего на один нуклеотид.
2. Расщепление ДНК рестриктазами. В 1970 г. В. Арбер из Швейцарии и X. Смит из США открыли ферменты, с помощью которых бактерии расщепляют попавшую в них чужеродную ДНК — рестриктазы. Рестриктазы обычно узнают короткие последовательности — палиндромы длиной 4–6 оснований. Обрабатывая нить ДНК разными рестриктазами, "нарезают" ее на отдельные фрагменты, которые уже можно анализировать и сравнивать, идентичны ли они у особей разных генотипов.
3. Синтез ДНК по матрице РНК. В 1972 г. Говард Темин и Дэвид Балтимор (США) открыли обратную транскриптазу, или ревертазу, фермент, осуществляющий синтез ДНК по матрице РНК. С помощью ревертазы, выделив из клетки или ткани определенную РНК, можно синтезировать ее ДНК — копию, которая должна соответствовать структуре данного гена.
4. Молекулярное клонирование или генная инженерия. Метод позволяет встраивать любой отрезок ДНК в бактериальную плазмиду и получать рекомбинантную ДНК. Этой плазмидой затем заражают бактерию-хозяина. Метод был разработан в 1972 микробиологом Полем Бергом (США), удостоенным Нобелевской премии.
5. Ф. Сенгер и М. Гилберт разработали методы чтения ДНК последовательностей в отдельных фрагментах, позволяющие за несколько часов "читать" последовательности длиной в тысячи нуклеотидов.
6. Полимеразная цепная реакция — метод, разработанный в конце 80-х годов, позволяющий тысячекратно умножать определенный отрезок ДНК, взятый в минимальном количестве из любой ткани (слюна, ткани музейного экспоната и т. д.). Метод оказался применим для анализа ДНК даже музейных препаратов, например, мозга мумии 7000–летней давности; он пригоден для зафиксированных в формалине и парафине образцов.
Набор этих методов сделал возможным выделение и анализ структуры и функции любого желаемого гена.
3.3. К истории открытия мобильных элементов
Генезис открытия мобильных генетических элементов (МГЭ), изменивших лик современной генетики, необычайно поучителен с точки зрения судьбы научных идей и истории науки. Здесь как нельзя лучше видна справедливость глубокого замечания А. А. Любищева (1975, 2000), что прошлое науки это не кладбище гипотез, а собрание недостроенных архитектурных ансамблей, прерванных по дерзости замысла или недостатку средств. С другой стороны, история этого открытия показывает, что многие идеи и факты существуют десятилетиями, будучи на периферии доминирующей доктрины (парадигмы) и рассматриваясь в ней как курьез или исключение. А потом они становятся центральными, и становится малопонятным, почему на них не обращали внимания.
Основные факты и интеллектуальный контур (то что называется в работах по истории науки framework), приведшие к открытию мобильных элементов, были получены в разных областях генетики. Лишь в конце 70-х годов они соединились анастомозами и привели к единой концепции. Этими направлениями были:
1. Анализ свойств высокомутабильных или нестабильных генов у растений и дрозофилы (Emerson, 1914; Demerec, 1926–1940).
2. Исследования Б. МакКлинток по цитогенетике нестабильности у кукурузы и выдвинутая ею гипотеза о контролирующих подвижных элементах (McClintock, 1951–1965).
3. Обнаружение в 1968–1972 гг. нового класса инсерционных мутаций у бактерий, вызванного внедрением чужеродного сегмента ДНК длиной в несколько сотен оснований (Starlinger, 1984; Saedler, Starlinger, 1991).
4. Одновременное открытие двумя группами исследователей в СССР и в США в 1977 г. мобильных генов у дрозофилы
5. Генетические доказательства инсерционной природы нестабильных мутаций в лабораторных линиях дрозофилы (Green М. М., 1967, 1969) и нестабильности аллелей, выделенных из природных популяций в период вспышки мутабильности (Golubovsky, Ivanov, Green, 1977; Golubovsky, 1980).
3.3.1. Первые попытки анализа нестабильных генов (1914–1941)
Само представление о существовании особого нестабильного состояния наследственных факторов было введено в науку Гуго де Фризом в 1901 г. Но еще до 1900 г., в 1896 г., он стал изучать нестабильность у львиного зева