Рукоположенный в двадцать четыре года (1675), он вскоре стал настоятелем монастыря новых католиков, где перед ним стояла трудная задача примирить с римской верой молодых женщин, недавно отделившихся от протестантизма. Они слушали его сначала неохотно, потом смиренно, потом с нежностью, потому что в Фенелона легко было влюбиться, а он был единственным доступным мужчиной. В 1686 году его отправили в регион Ла-Рошель для помощи в обращении гугенотов. Он одобрил Отмену, но осудил насилие и предупредил министров короля, что принудительное обращение будет поверхностным и преходящим. Вернувшись в монастырь в Париже, он опубликовал (1687) «Трактат о воспитании девочек», почти руссоистский в своей поддержке мягких методов. Когда герцог де Бовилье был назначен королем гувернером своего восьмилетнего внука Людовика, герцога Бургундского, он обратился к Фенелону за воспитанием мальчика (1689).
Молодой герцог был гордым, упрямым, вспыльчивым, порой свирепым и жестоким, но обладал блестящим умом и живым остроумием. Фенелон считал, что укротить его может только религия; он привил ему страх и любовь к Богу; в то же время он завоевал уважение своего воспитанника дисциплиной, сдобренной сочувственным пониманием подросткового возраста. Он мечтал реформировать Францию, сформировав из нее будущего короля. Он учил юношу абсурдности войны и необходимости развивать сельское хозяйство, а не отталкивать крестьянство налогами на строительство роскошных городов и финансирование агрессивных войн. В «Диалогах мертвых», которые он написал для своего ученика, он заклеймил как «варварское то правительство, где нет никаких законов, кроме воли одного человека…. Тот, кто правит, должен быть прежде всего послушен закону; в отрыве от закона его личность — ничто». Все войны — это гражданские войны, поскольку все люди — братья; «каждый из них бесконечно больше обязан человеческой расе, которая является великой страной, чем конкретной стране, в которой он родился». 118 Король, не посвященный в эти эзотерические наставления и видя чудесное улучшение характера своего внука, наградил Фенелона архиепископством Камбрейским (1695). Фенелон посрамил многих прелатов тем, что девять месяцев в году жил в своей резиденции. Остальное время он проводил при дворе, стремясь повлиять на политику и время от времени продолжая поучать герцога.
Тем временем он познакомился с женщиной, которая должна была стать его роковой женщиной. Мадам Жанна Мари де Ла Мотт-Гюйон, вышедшая замуж в шестнадцать лет, овдовевшая, красивая и богатая в двадцать восемь, имела у своих ног целый мир ухажеров. Но она получила интенсивное религиозное воспитание как необходимую защиту от честолюбивых мужчин; она не нашла адекватного выхода своему благочестию во внешнем соблюдении католических обрядов; и она чутко прислушивалась к мистикам своего времени, которые предлагали душевный покой не столько через исповедь, причастие и мессу, сколько через погружение в созерцание вездесущего божества, полное и любовное предание себя Богу. В такой божественной любви мирские дела не имели значения; в этом возвышении духа можно было пренебречь всеми религиозными ритуалами и все же достичь небес не только после смерти, но и при жизни. Испанский священник Мигель де Молинос был осужден инквизицией (1687) за проповедь такого «квиетизма» в Италии; но движение распространялось по всей Европе — в «пиетизме» Германии и Нидерландов, среди квакеров и кембриджских платонистов в Англии, среди дэвотов во Франции.