В США Берн начал свою карьеру практикующего психиатра, одновременно продолжая обучение, специализируясь в области психоанализа. В 1941 г. он вступил в Армейский Медицинский Корпус в качестве психиатра. Армейский опыт Берна дал мощный толчок его развитию как психотерапевта, отточив природную наблюдательность и интуицию. От армейского психиатра требовалось за минимальное время принять решение о годности человека для действующей армии. С опорой на постулаты ортодоксального психоанализа сделать это было крайне затруднительно. Это подтолкнуло Берна к критическому переосмыслению многих теоретических принципов, казавшихся ранее незыблемыми. К бытности Берна в Армейском Медицинском Корпусе относится также первый – и весьма успешный – опыт групповой терапии. О нем он кратко упоминает в предисловии к своей книге «Трансактный анализ в группе» (1966; рус. пер. – 1994):
После демобилизации в чине майора Берн начинает широкую практику, одновременно сам проходит анализ у выдающихся психоаналитиков. Правда, его собственный анализ не был успешно доведен до конца. Берн прервал его после того, как психоаналитик запретил ему вторую женитьбу до окончания анализа (заметим, что все четыре его брака были неудачными). Возможно, и этот личный опыт послужил одной из причин разрыва с традиционным психоанализом и подтолкнул Берна к развитию собственной системы.
С конца 40-х годов Берн начинает разрабатывать проблему интуиции. Результаты его экспериментов и теоретических построений отражены в цикле из шести статей, публикуемых им с 1949 по 1962 г. в журнале «Психиатрический ежеквартальник».