В Тобруке не имелось противотанковых полков, хотя противотанковые подразделения, имевшие в общей сложности около 70 орудий, были разбросаны по всей крепости. За ПВО Тобрука отвечала 4–я бригада полевой артиллерии, которая имела 18–94–мм пушек и несколько бофорсов — 40–мм автоматических пушек, которые назывались «пом—пом» за их характерный лающий звук при стрельбе. Часть зениток была расположена в окопах на внутреннем оборонительном периметре, чтобы прикрыть порт. 2–й южноафриканский полк легкой зенитной артиллерии имел несколько мобильных батарей, которые были разбросаны по всей крепости. Однако тяжелые зенитные батареи были сняты с позиций и отправлены в Александрию.
Наконец, в распоряжении генерала Клоппера находились войска 88–го района, которыми командовал бригадный генерал Л.Ф. Томпсон. Под его командованием находилось около 10000 человек тыловых служб, о которых южноафриканцы почти ничего не знали. Готт оставил в Тобруке полковника Г.Э.Р. Бастина, бывшего преподавателя тактики в Южноафриканском военном колледже, чтобы наладить взаимодействие между Томпсоном и Клоппером. Бригадный генерал Томпсон командовал артиллерией во время первой осады и хорошо знал крепость. Клоппер по радио попросил штаб 8–й Армии назначить Томпсона своим заместителем, но Ритчи не торопился отвечать, и это назначение так и не успели утвердить.
Генерал—майор Г.Б. Клоппер, командир 2–й южноафриканской дивизии и комендант крепости Тобрук, в 1939 году, во время мобилизации в Южно—Африканском Союзе, был начальником службы подготовки пехоты и танков. Позднее он временно занимал пост начальника всей службы военного обучения. Он был известен как хороший администратор и славился умением создавать сплоченные подразделения. Во время осады Бардии Клоппер, тогда еще полковник, был начальником оперативного отдела штаба (G–1) 2–й южноафриканской дивизии, которой тогда командовал генерал—майор И.Ф. де Вильерс. Затем Клоппер был произведен в бригадные генералы и стал командиром 3–й южноафриканской пехотной бригады. Этот пост он занимал 4 месяца, после чего 14 мая получил новое звание и новую должность. Он командовал дивизией всего несколько недель и носил генеральские погоны только месяц. У Клоппера практически не было опыта маневренной войны, которую вел Роммель. Многие из офицеров его штаба тоже были новичками, они еще не успели сработаться, и в штабе постоянно шли споры.
Штаб Клоппера размещался в пещерах Пиластрино, там, где дорога из Пиластрино в Тобрук пересекала нижнюю террасу (Соларо). Именно оттуда он руководил первой фазой битвы. Генерал и его офицеры жили всего в сотне ярдов от пещеры в розовом домике под шикарным названием «Розовый Дворец».
Генерал Клоппер не пытался взять на себя единоличное командование гарнизоном. Барнетт писал: «Тобруком командовал, как в то время было принято у англичан, раздираемый спорами коллектив». 15 июня в 14.00 Клоппер вызвал своих командиров бригад и объявил, что он назначен комендантом крепости. Никакие тактические вопросы не обсуждались, хотя Уиллисон позднее подошел к Клопперу и сообщил, что, по его мнению, диспозиция войск является неудовлетворительной. Он напомнил, что в 1941 году внешний периметр удерживали все 3 пехотные бригады. Сейчас из 3 бригад одна охраняла побережье. Как командир танковых сил, он потребовал передать ему под командование все бронеавтомобили. Уиллисон также полагал, что артиллерия размещена неправильно. Часть батарей находилась слишком далеко от периметра, зато Другие стояли слишком близко к нему. Он напомнил, что транспорт не замаскирован, но зато разбросан по всей крепости. Клоппер вежливо поблагодарил его за сделанные замечания и не предпринял решительно ничего.
Утром 16 июня генерал Ритчи прилетел в Тобрук на трофейном Физелер «Шторхе» и встретился с Клоппером и Готтом. Генерал Готт был убежден, что крепость продержится 4 или 5 месяцев даже без помощи Королевского Флота. Он зашел так далеко, что предложил командующему 8–й Армией назначить его, Готта, комендантом Тобрука. Однако Окинлек имел другие планы. Он отвел XXX корпус в тыл в район Мерса—Матрух, чтобы на его основе сформировать и подготовить ударное соединение, которое возглавит новое наступление. XIII корпусу Готта были переданы все мобильные соединения, в том числе 7–я бронетанковая дивизия (4–я бронетанковая, 7–я моторизованная, 3–я индийская моторизованная бригады) — всего 66 танков, 6 сводных колонн и по одной бригаде из 50–й Нортумберлендской и 1–й южноафриканской дивизий. Окинлек предполагал, что немцы либо начнут наступление на границе Египта, либо атакуют Тобрук. Второй вариант он считал более вероятным. Тобрук получил приказ подготовить крепость к обороне на случай, если Роммель окружит ее. Окинлек твердо заверил, что Эль—Адем и Бельхамед будут удержаны.