Впрочем, организация конвойной службы после приказа Черчилля от 5 сентября 1939 года о введении системы конвоев потребовала немало времени. И если движение конвоев из Англии в США и Канаду началось уже 7 сентября, это еще не означало, что ВМС оказались в состоянии обеспечить эффективный эскорт. Из-за недостатка сил конвои охранялись небольшими группами кораблей. Так Джон Адамс вспоминал, что конвой, вышедший 9 сентября из Ливерпуля, охраняли только два «старичка»-эсминца 1917 года постройки «Уокер» и «Вэнквишер». «Ну как могут всего лишь два эсминца обеспечить адекватную защиту?» — записал младший лейтенант Адамс в своем дневнике. Охранение сначала осуществлялось на крайне ограниченных участках пути.
Эпизодически конвои прикрывались авиацией Берегового командования английских ВВС, а в районе подходов к Галифаксу — канадской авиацией. Для того чтобы на переходе через Атлантику торговые суда могли хоть как-то отпугнуть германские субмарины, их стали оснащать «противолодочными» орудиями — как правило, устаревшими 76, 102 или 120-мм пушками, извлеченными из арсеналов, и зенитными артиллерийскими и пулеметными установками. Эти средства не только оказывали моральную поддержку экипажам судов во время плавания, но вынуждали немецких подводников действовать осторожнее при атаках конвоев, особенно из надводного положения.
Проблема заключалась и в том, что, отконвоировав торговые суда, следующие на запад до 15° западной долготы, военные корабли должны были оставаться на месте и ждать конвои, идущие в Англию. Осуществить эти «рандеву» в начале войны оказалось совсем не просто при неблагоприятных погодных условиях или ночью — радиолокационными станциями были оснащены в то время очень немногие эскортные корабли. Джон Адамс вспоминал, что в условиях плохой видимости конвой мог уйти от района встречи миль на 120, и один раз им пришлось разыскивать его в течение четырех дней.
Не сразу удалось определиться и по составу судов в конвое, численному и в зависимости от скорости хода. Омыт показал, что оптимальным числом в составе конвоя являются 45–60 судов, построенных в 9-10 кильватерных колонн с интервалами между колоннами в 5 кабельтовых (926 м), с дистанцией между судами в колоннах 3 кабельтовых (555 м). При таком построении конвой занимал около 4 миль (7,4 км) по фронту и 1,5–2 мили (2,8–3,7 км) в глубину. В зависимости от скорости океанские конвои стали подразделяться на три группы: тихоходные, со скоростью хода до 7,5 узла; быстроходные, со скоростью 9-10 узлов; войсковые, со скоростью 12–15 узлов.
Непростым оказался и вопрос координации действий конвоируемых судов и кораблей эскорта. Во главе конвоя стоял коммодор. Дональд Макинтайр вспоминал: «Коммодоры океанских конвоев, как правило, назначались из отставных адмиралов и старших офицеров флота, которым присваивались действующие звания коммодоров флота Ее Величества… В их обязанности входило поддержание дисциплины внутри конвоя и обеспечение безопасного судовождения. Требовалось умение руководить конвоем как единым целым… Коммодоры являлись вышестоящими по отношению к командирам эскортов. Они всегда вели себя с большим достоинством, настаивали на беспрекословном соблюдении буквы закона в том, что касалось распределения обязанностей. Короче, отношения были напряженными. К счастью, коммодоры обладали большой учтивостью и сдержанностью и часто принимали как руководство к действию предложения командиров эскортов, которые, по их мнению, были лучше информированы относительно общей ситуации, нежели они сами… Мы работали командой и питали друг к другу взаимное уважение. Страна многим обязана этим людям… Многие из них вернулись на военную службу из отставки, чтобы отдать свой опыт и знания стране. Они, как никто другой, понимали, насколько важно поддерживать в конвоях безупречную организацию и обеспечивать слаженность действий, несмотря на постоянные попытки противника разрушить их».
Оказалось, что на практике поддерживать безупречную организацию и обеспечивать слаженность действий довольно сложно. Макинтайр сетовал: «Контроль за конвоем, занявшим слишком большую площадь, всегда становился проблемой. В те далекие дни радиотелефон, установленный на наших кораблях, нельзя было использовать для передачи сообщений открытым текстом, поскольку они могли содержать весьма ценную для противника информацию. Все сообщения необходимо было шифровать… или отправлять их с помощью визуальных средств связи.
Где это было возможно, распоряжения и команды передавались сигнальным прожектором в течение всего светового дня. Час за часом мигали огни, передавая сообщения находившемуся рядом кораблю, а тот, в свою очередь, передавал их соседу. Маленький штат сигнальщиков демонстрировал в те дни чудеса ловкости. Они обеспечивали связь в любых погодных условиях и при любой видимости.