Одновременно его имя стало появляться в печати. Многие недостатки в планировании боевой подготовки, организации и технического оснащения российских ВВС были затронуты в работе Крутеня «Кричащие нужды русской авиации». Как горький, но справедливый упрек звучали его слова, брошенные в адрес многих коллег: «Наши летчики, как мотыльки, беспечно порхающие с аппарата к женщине, от женщины на бутылку, потом опять на аппарат, потом на карты. Отжарил боевой полет — и брюшко вверх. Внеполетной работы нет». Упрек был услышан, тем более что сама логика жизни — необходимость противостоять опасному и опытному врагу, огромные потери, кадровые изменения в летном составе — заставила наших пилотов относиться к своим обязанностям с большей ответственностью.
25 мая 1915 года он был назначен исполняющим должность, а 12 ноября 1915 года утвержден командиром 2-го армейского авиаотряда, ему было присвоено звание штабс-капитана. В воздушном бою 30 июля 1915 года одержал первую воздушную победу. В начале весны 1916 года, прибыв в Москву на завод «Дукс», он некоторое время занимался испытанием и приемкой новых самолетов. Здесь он познакомился с другим выдающимся русским летчиком — Арцеуловым. Константин Константинович оставил бесценные воспоминания о Крутене: «Небольшого роста, коренастый, плотно скроенный, с приветливым открытым лицом, всегда одинаково спокойный, сдержанный в жестах, он производил очень приятное впечатление».
Очень скромный в быту, Крутень вел спартанский образ жизни, весь уклад которой был направлен на развитие летных способностей. Все свободное время Евграф Николаевич проводил на аэродроме, наблюдая полеты других, и пользовался каждым случаем полетать на самолетах разных типов.
По возвращении на фронт Крутень всерьез поставил перед командованием вопрос о создании специальных — истребительных авиагрупп. Первое из подобных соединений летом 1916 года возглавил лучший русский ас Козаков. Сам же Крутень с марта 1916 года — командир 2-го авиационного отряда истребителей. 6 марта на счет Крутеня была записана первая воздушная победа. 11 августа он сбил «Альбатрос С. III», опустившийся у позиций русских войск. Еще через два дня он сбил разведывательный «Румплер», совершивший вынужденную посадку на русской территории, в районе станции Столбы. Экипаж пытался сжечь машину, но не успел и был захвачен в плен казаками.
В ноябре 1916 года Евграф Николаевич, как один из лучших российских истребителей, был направлен «по обмену опытом» во Францию, где воевал в прославленной эскадрилье «Аистов». Сражался под командованием капитана А. Брокара. В боях под Амьеном и Нанси, летая на «Спаде», он одержал одну «бесспорную» и одну вероятную победы, после чего был направлен в Англию для закупки новых аэропланов.
Вернувшись на Родину в марте 1917 года, Крутень был произведен в капитаны и вернулся на должность командира 2-й истребительной авиагруппы, действовавшей на Западном фронте. Авиагруппа состояла из 3, 7 и 8-го корпусных авиаотрядов. На принадлежавшем командиру авиагруппы боевом «Ньюпоре-XVII» красовался стилизованный портрет Ильи Муромца в шлеме. С апреля 1917 года — командир 2-й боевой авиационной группы.
Крутень внес большой вклад в разработку теории воздушного боя, написав на основе собственного практического опыта и издав брошюры: «Наставление летчику-истребителю», «Воздушный бой», «Военная авиация во Франции», «Что думалось в Лондоне», «Нашествие иноплеменников». В своих работах он предложил ввести практику парных полетов и обосновал основные требования к самолету-истребителю: вертикальная и горизонтальная скорость, верткость, высокий «потолок».
Командир 2-й авиагруппы был эталоном для подчиненных. 9 июня 1917 года он уничтожил над своим аэродромом немецкий «Фоккер» и взял в плен летчика. Вскоре над аэродромом появилась еще одна вражеская машина: командир эскадрильи, в которой служил германский пилот, решил выяснить судьбу своего подчиненного. Крутень прервал допрос пленного, поднял свой «Ньюпор» в воздух и тут же сбил излишне любознательного гостя. Это была его последняя воздушная победа.
В отношении побед Е. Крутеня, как никого другого, имеются значительные разногласия. Очень часто указывается, что он одержал 15 и более побед в воздушных боях, но эти данные невозможно проверить: значительная часть документов русской военной авиации погибла в годы Гражданской войны. Достоверными сегодня принято считать 6 личных побед летчика.
19 июня 1917 года, при возвращении с очередного боевого задания, его аэроплан неожиданно перешел в пикирование и врезался в землю, пилот погиб.
Известный летчик, впоследствии генерал-майор авиации, И. К. Спатарель считал, что Крутень получил в бою тяжелое ранение.
Похоронен Евграф Николаевич на Лукьяновском кладбище Киева, перезахоронен стараниями Героя Советского Союза А. Н. Грацианского рядом с Петром Нестеровым.
Памятник на могиле аса поставлен на средства советского авиаконструктора О. К. Антонова.