Действительно, в греческом руководстве царила паника. Коризис не имел железной руки Метаксаса, а генерала Папагоса последние события на фронте, судя по всему, привели в полное отчаяние. Как утверждает «Большая стратегия», уже 16 апреля он предложил Уилсону эвакуировать английские войска из Греции. 18 апреля на совещании высшего военно-политического руководства страны в Татое под Афинами Папагос заявил, что считает военное положение безнадежным. В этот же день англичане приняли решение начать подготовку к эвакуации своих войск, начало которой было запланировано на 28 апреля. Сражаться фактически продолжала только британская авиация, но к 21 апреля у англичан осталось только 18 «Харрикейнов» из состава 33-й, 80-й и 208-й эскадрилий, остальные были уничтожены в неравном противостоянии с люфтваффе. 23 апреля остатки трех эскадрилий перелетели на аэродром Аргос, где в тот же день большинство самолетов (13 штук) было уничтожено налетом немецкой авиации; одновременно здесь были добиты и остатки греческих ВВС. Все оставшиеся «Бленхеймы» уже с 20 апреля были задействованы для переброски летно-технического состава ВВС на Крит.
Греческое правительство раскололось — часть министров выступила за переговоры с немцами и капитуляцию на почетных условиях, другая часть заявила, что необходимо продолжать сопротивление, даже если для этого войскам придется покинуть территорию страны. Вечером того же 18 апреля премьер Коризис застрелился. Новым главой правительства стал Эммануил Цудерос. Он был сторонником продолжения сопротивления — но тут пришла новая беда: взбунтовалось руководство Эпирской армии. Генералы сместили Питцикаса и самовольно поставили на его место командира 3-го армейского корпуса генерала Цолагоклу. Уже 19 апреля тот выслал к немцам парламентеров и вечером следующего дня от имени греческого правительства подписал с командиром лейбштандарта СС «Адольф Гитлер» Зеппом Дитрихом соглашение о «перемирии с Германией».
Возможно, на позицию греческих генералов повлияло явное нежелание союзников-англичан оказывать немцам серьезное сопротивление — вкупе с надеждами на то, что немцы сохранят Греции независимость. Однако уже 21 апреля генерал-фельдмаршал Лист заставил греческих генералов подписать новое соглашение — на этот раз в нем прямо говорилось о капитуляции. Впрочем, Гитлер в свою очередь это соглашение тоже не утвердил, заявив, что капитуляцию должна принимать в том числе и Италия — а именно этого греки хотели избежать любой ценой. В этот же день немцы заняли Янину, а генерал Уилсон принял решение перенести начало эвакуации на 24 апреля.
Рубежом прикрытия эвакуации был выбран Фермопильский проход, на который еще 19 апреля, согласно предыдущему плану, начали отходить вышедшие из боя части австралийской и новозеландской дивизий. Чтобы обойти эту линию, немецкое командование организовало переправу на остров Эвбея с целью пройти по нему и переправиться обратно на материк у Халкидики, в тылу британских войск. Однако эта операция оказалась бессмысленной, так как англичане в итоге отказались от обороны Фермопил, используя их лишь как один из рубежей прикрытия своего быстрого отхода.
Окончательный вариант капитуляции был подписан генералом Цологоаклу в Салониках 23 апреля 1941 года. На следующий день греческий король Георг II и кабинет министров покинули Афины на британской летающей лодке, перебазировавшись в столицу Крита Канию, которой на ближайший месяц предстояло стать греческой «столицей». В этот же день генерал Уилсон, оставив на Фермопильской позиции по две бригады от каждой из своих дивизий, начал отвод остальных войск. 24 апреля немцы атаковали позицию и на следующий день овладели ей, потеряв, по утверждению британцев, 15 танков. Вечером 25 апреля британский арьергард отошел к Фивам — на последний рубеж прикрытия эвакуации.
Однако британское командование уже не пыталось организовать оборону на континенте, а было озабочено лишь отводом своих войск. Именно этим объясняется тот невероятный факт, что 26 апреля небольшому немецкому парашютному десанту удалось совершенно беспрепятственно захватить Коринфский перешеек, отделяющий полуостров Пелопоннес от остальной континентальной Греции.
Этот перешеек имеет в ширину всего 7 км, его пересекает судоходный Коринфский канал, представляющий из себя узкий каньон, пробитый в скалах. Это место идеально приспособлено к обороне, и если бы англичанам удалось отвести свои войска на Пелопоннес, оборонять его можно было бы сколь угодно долго.