Султан не был ни дураком, ни трусом, но ему пришлось серьезно призадуматься, когда 20 июля 1806 года командиры традиционной армии при поддержке духовенства подняли бунт в Эдирне. Войска нового строя были выведены из-под командования европейцев, во главе их был поставлен один из бунтовщиков, Алемдар Мустафа-паша. Год спустя янычары и ученики медресе ворвались во дворец, и султан отдал толпе на растерзание семнадцать офицеров нового войска. Головы несчастных были насажены на колья и выставлены на всеобщее обозрение у дворцовых стен, но и такой жертвы в который раз оказалось недостаточно. 29 мая 1807 года великий муфтий в ответ на обращение мятежников издал фетву, разрешающую низложить султана. Бедный Селим вернулся в заточение, а султаном был объявлен Мустафа IV, уже успевший повредиться в уме. И снова бешеные толпы янычар носились по улицам, убивая всякого, кто продолжал носить форму нового образца, и безнаказанно занимаясь грабежами.
Но за два года, проведенные с остатками войска нового строя на Дунае, Алемдар Мустафа-паша успел переменить свои взгляды и сам стал сторонником реформ. Его армия вошла в Константинополь 1 июля 1808 года, взяла столицу под контроль, а 7 июля окружила дворец, и Алемдар потребовал восстановить на троне Селима III. Пусть Мустафа IV и был безумцем, он все же сообразил, что сохранить власть сможет, лишь оставшись единственным живым потомком Османа мужского пола. Селим отчаянно защищался, но был зарезан в покоях своей матери главой черных евнухов и его подчиненными. Когда Алемдар прорвался во второй двор, крича, что ему нужен султан Селим, навстречу ему вышел Мустафа и хладнокровно приказал своим слугам показать Алемдару мертвое тело. Должно быть, Мустафа полагал, что и Махмуд убит, как он приказывал; но, когда солдаты Алемдара схватили султана, его младший брат выбрался из своего укрытия, живой и невредимый. Великого муфтия убедили дать фетву о низложении Мустафы, и Махмуд II, которому в то время было двадцать три года, был провозглашен султаном.
Целых восемнадцать лет Махмуд выжидал и готовил почву для того, чтобы положить конец бесчинствам янычар. Год за годом он потихоньку назначал на высшие должности проверенных людей — сам ага янычар был его сторонником. Был создан и вымуштрован на западный манер не имеющий отношения к янычарским полкам артиллерийский корпус. Кроме того, за эти восемнадцать лет Махмуду удалось подорвать власть надменных аянов Анатолии и Балкан, удачно воспользовавшись чередой случайных смертей, вспышками семейной вражды и судебной властью. У ворот Топкапы аккуратным полукругом были выставлены головы владыки Албании Али-паши и его сыновей.
Алемдар, спаситель, приверженец и первый великий визирь султана, прожил недолго. В ноябре 1808 года, меньше чем через пять месяцев после трагических событий в Константинополе, он был убит во время очередного мятежа янычар. Попытавшись возобновить реформы Селима, он задумал создать еще одно войско современного типа — «Секбан-и Джедид». Янычары не собирались с этим мириться; когда они осадили резиденцию великого визиря, тот укрылся в пороховом погребе и погиб вместе с множеством других людей, когда погреб взорвался. При поддержке флота части «Секбан-и Джедида» попытались оттеснить бунтовщиков от Топкапы. Неприцельная пальба с кораблей, стоявших в Золотом Роге, не очень-то напугала янычар, зато загорелось множество домов, в результате чего погибли тысячи людей. При поддержке разъяренной толпы янычары окружили дворец и к тому же перекрыли подачу туда воды. В этот критический момент Махмуд последовал недавнему примеру брата и велел задушить Мустафу, после чего в качестве единственного живого представителя дома Османа при посредничестве улемы подписал договор с янычарами: султан сохраняет власть, но обязуется расформировать «Секбан-и Джедид», солдатам которого была обещана полная неприкосновенность. Однако стоило им выйти за ворота дворца, как их тут же изрубили на куски; были убиты и многие представители знати, выступавшие в их поддержку.