В исходе 1763 года в комиссию были доставлены описи всем церковным, монастырским и архиерейским землям, ведомости о числе крестьян и количестве доходов; оказалось крестьян 910 866 душ: между прочим, Троицкая лавра владела более чем 120 000 крестьян, Кириллов Белозерский монастырь имел около 35 000. Положено было все эти имения взять из духовного ведомства и поручить так называемой Коллегии экономии, которая должна была собирать с крестьян по 1 р. 50 коп. в год с души; от этой Коллегии экономии происходит употребляющееся и до сих пор название «экономических крестьян».
Для монастырей и архиерейских домов, разделенных на три класса, для ружных церквей и для чиновников синодального ведомства составлены были штаты; что же оставалось за этими расходами, определено на содержание духовных училищ, инвалидных домов, госпиталей; белое духовенство освобождено от сборов деньгами и хлебом на духовные училища; отставных военных запрещено отсылать в монастыри для прокормления, а назначены им для жительства украйные города и пенсии из экономических доходов.
Присоединение западных русских областей по трем разделам Польши было важнейшим событием в истории русской Церкви. Униаты толпами начали обращаться в старое православие. Поляки, не имея возможности препятствовать этому силою, стали внушать, что соединение с русскою империею будет непродолжительно, что западные русские области отойдут опять к Польше, но православное церковное начальство спешило рассеять эти ложные внушения, успокаивая жителей, что они не потерпят никакой неприятности от обращения к вере предков и что вторичное соединение их с Польшею невозможно. В два года, от 1794 до 1796, более полутора миллиона униатов обратилось в православие.
Вместо прежней петровской Медицинской канцелярии учреждена была в 1768 году Медицинская коллегия, которой обязанность состояла в сохранении народа посредством врачебной науки, воспитания русских докторов, хирургов и аптекарей, в надзоре за исправностью аптек; в Москве был департамент этой коллегии. Учреждены были фабрики для хирургических инструментов. Каждый город обязан был иметь городового и уездного врача; русских лекарей для этого недоставало, вызвали многих из Германии по контракту. Приказы общественного призрения имели обязанность учреждать народные госпитали и больницы и надзирать за ними, заводить домы для неизлечимых больных и умалишенных.
В 1768 году введено было оспопрививание; чтоб подать добрый пример, императрица привила оспу себе и четырнадцатилетнему сыну своему, наследнику престола Павлу Петровичу. Ни один лекарь, ни один священник в России не противился оспопрививанию, как это было в Западной Европе. В Петербурге учрежден был особый дом для оспопрививания; сначала денежными наградами приманивали родителей, чтоб они приносили туда детей своих, но скоро это средство оказалось ненужным. В 1772 году оспопрививание начало распространяться даже и между сибирскими инородцами.